[définition] Votre définition de l'espèce ?

[invite27934a1f]

Il faudra aller voir du coté de région plus variable. Trouver le ou les "bons gènes" c'est un peu la limite de la méthode...

Oui, c'est en grande partie la limite de cette méthode étant donnée que choisir les "bons gènes" reviendrait à choisir le facteur de sélection des individus pour savoir s'ils appartiennent à l'espèce étudiée, et donc par conséquent à choisir l'étendue de l'unité que l'on appelle espèce". Et ce malgré le fait qu'on choisirait un seuil "universel".

De plus, les lois de la probabilité nous rappellent que pour avoir les meilleurs résultat, il faut que les caractéristiques étudiées soient les plus larges possible. Donc le mieux, le moins arbitraire reviendrait à comparer les génomes entiers car cela permettrait d'éliminer le risque de tomber sur une "espèce" dont le ou les gènes étudiés seraient très polymorphes.

Quoiqu'il en soit, je suis d'accord avec Np81 que cet méthode ne pourrait constituer qu'un outil pour la détermination d'espèces étant donné l'arbitraire qui le fonde (choix des gènes à étudier ET du seuil de différence/ressemblance).

Ginko.
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[invite191f8f85]

De plus, les lois de la probabilité nous rappellent que pour avoir les meilleurs résultat, il faut que les caractéristiques étudiées soient les plus larges possible. Donc le mieux, le moins arbitraire reviendrait à comparer les génomes entiers car cela permettrait d'éliminer le risque de tomber sur une "espèce" dont le ou les gènes étudiés seraient très polymorphes.
Ginko.

Salut Ginko,

On entend parler de la "génomique comparée", est-ce qu'on peut édifier des arbres phylogénétiques basées sur la comparaison de génomes entiers ?

A+

[aquilegia]

Bonjour,
pour alli : je reconnais avoir été un peu vite sur le concept de mort cellulaire. Tes reflexions sont très interessantes.
Celà dit, ça ne change pas mon point de vue sur ta théorie selon laquelle un environnement immuable aux ressources illimitées seraient favorables à la stérilité et l'allongement de la durée de vie....

Pour en revenir à la définition de l'espèce:

De plus, les lois de la probabilité nous rappellent que pour avoir les meilleurs résultat, il faut que les caractéristiques étudiées soient les plus larges possible. Donc le mieux, le moins arbitraire reviendrait à comparer les génomes entiers car cela permettrait d'éliminer le risque de tomber sur une "espèce" dont le ou les gènes étudiés seraient très polymorphes.

Je pense que comparer des génomes entiers n'est pas forcément indispensable, dans le sens où certains gènes sont très conservés dans les phylum : il est inutile, je pense, de les prendre en compte.
Ce qui est dur, c'est de faire la différence entre le polymorphisme intra et inter-spécifique , sachant que ça peut se jouer à pas grand chose pour les espèces proches (mais c'est ce qui nous interesse...)

C'est pour celà que je proposais de calibrer la methode avec les espèces qui ne posent pas de problème (animaux etc...).
Naturellement, celà ne résout pas forcément les choses, parce que certains gènes peuvent etre très polymorphes à un niveau intra spécifique, alors que pour d'autres, un polymorphisme à deux allèles pourrait suffire à justifier un isolement reproducteur (gène de régulation hormonale par exemple) entre deux populations... ce qui implique à mon avis de bien connaitre les gènes que l'on teste, sans qu'il soit nécessaire de tester tout le génome.
Maintenant, est ce qu'un seuil déterminé chez les metazoaires sera utilisable ailleurs....?

[John78]

Quoiqu'il en soit, je suis d'accord avec Np81 que cet méthode ne pourrait constituer qu'un outil pour la détermination d'espèces étant donné l'arbitraire qui le fonde (choix des gènes à étudier ET du seuil de différence/ressemblance).

Oh mais c'est beaucoup moins arbitraire que l'utilisation de caractères morphologiques dont on sait très bien qu'ils sont perclus de convergences et d'homoplasies ! J'ai pas dis non plus que les molécules ne présentaient pas d'homoplasies... Critères morpho-anatomiques d'ailleurs complètement inutilisable pour la majorité des micro_organismes (impossible de reconnaitre suffisament de caractères homologues !)...

Je pense sincèrement qu'il faut inover dans le domaine parceque qu'on est un peu au point mort avec la systématique traditionelle...

A+
John

[invite27934a1f]

Oh mais c'est beaucoup moins arbitraire que l'utilisation de caractères morphologiques dont on sait très bien qu'ils sont perclus de convergences et d'homoplasies ! J'ai pas dis non plus que les molécules ne présentaient pas d'homoplasies... Critères morpho-anatomiques d'ailleurs complètement inutilisable pour la majorité des micro_organismes (impossible de reconnaitre suffisament de caractères homologues !)...

Je pense sincèrement qu'il faut inover dans le domaine parceque qu'on est un peu au point mort avec la systématique traditionelle...

A+
John

Ah oui! C'est vrai que je n'ai pas du tout penser à relativiser... à force de parler de concepts abstraits, on en oublie de penser au reste... Tu as raison... peut-être que la classification par l'étude du génome n'est pas parfaite (pour tous les éléments que l'on a donné), mais c'est vrai que la classification phénotypique commence à battre de l'aile... avec les convergences phénotypiques notamment (d'espèces différentes occupant une niche écologique comparable).

Oui, je crois que je suis convaincu... mais il faudrait une méthode "propre" pour éliminer le plus d'arbitraire possible... et ça c'est encore à faire.

Ginko.