!!!!!!!!!!!!!! Attention question très pointue!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !
vous tapez pas tout mon barratin si vous n'utilisez pas le même support de modélisation
Salut aux courageux.
J'ai un gros problème à l'interface entre la modélisation moléculaire (donc ce forum) et l'utilisation d'Unix (donc plutôt informatique), plate forme sur laquelle tourne le logiciel de modélisation que j'utilise.
En fait, j'utilise le logiciel InsightII, d'accelrys, sur une bécane Octane de Silicon graphics.
Je commence à bidouiller un peu les programmes de dynamique et de minimisation d'après les conseils d'un gars qui connait un peu le domaine, pour utiliser le type de méthode utilisée par les types qui publient.
Donc voilà. Lorsque je lance une dynamique et/ou minimisation depuis InsightII, avec le module Discover, je fixe les interactions, etc... tout marche bien.
Mais depuis peu, j'essaie de travailler avec la méthode suivante.
dans Discover, quand je lance le run, je demande à céer un fichier . car et un .COM
j'édite le fichier .inp créée en même temps, de façon a obtenir la séquence minimisation-dynamique voulue, et notemment, j'augmente la température du système de 300 à 400k pour faire un recuit simulé. Et là les problèmes arrivent :
à chaque tentative, ça plante.
après avoir fouillé tout le fichier .out et .log créés
dans le fichier point .out, le problème vient à priori du fait que le système a acquis une énergie gigantesque (100milliards de kcal/A au lieu de 5000 ) Cette énergie reste la même lorsque je reviens à 300k, et là ça devient gênant.
Le logiciel propose comme solution de modifier la valeur de la var DEMAX, mais je ne sais pas ce que c'est et de toute façon, même si le calcul est réalisé, les résultats seront inexploitables.
d'autre part, dans le .log, il y a apparemment vérification de la licence pour Discover et pour Charmm, et là, il me dit que ma licence Discover n'est pas bonne, "error -5" alors qu'elle est bien entendu valable.
Je suis dans l'impasse.
Merci de votre aide.
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