Hélices alpha des protéines transmembranaires.

[Sirius]

Bonjour,

je dois ecrire un programme qui calcule la courbure des helices des proteines transmembranaires.
Pour ce faire il faut que je parte du fichier pdb de la proteine en question.
Mon problème se situe à ce niveau, je n'arrive pas à trouver de proteine transmembranaire dont les helices sont fortement courbées. J'ai cherché sur la PDB mais sans reel succes jusqu'à lors.
Si vous avez une entrée PDB correspondant à ce type de proteine ou le nom de celle

Merci.

[Yoyo]

Salut sirius,

J'ai du mal a comprendre ton probleme. UNe helice transmembranaire n'est jamais courbee me semble t'il sinon ce n'est plus une helice! vu que l'acide aminé permettant d'induire des coudes est la proline, et qu'une proline au milieu d'une helice transmembranaire desorganise completement la structure.

Alors quand tu parles d'helice courbee? tu parles du degree de rotation de la chaine peptidique? ou tu parles reelement d'un coude qui existerait au sein d'une helice?

En effet jusqu'a present je n'ai vu que des segments transmembranaires "droits" donc je comprends ta difficulte a en trouver des courbes si c'est reelement ca que tu cherches.

Yoyo

[Sirius]

Je cite textto ce qu'on m'a donné:

Le but est de voir la courbure des hélices alpha dans les protéines transmembranaires. On trouve, en effet, près du quart des segments hélicoidaux soit 'cassés', soit fortement incurvés.

Je veux bien le croire mais pour le moment j'ai rien trouvé de tel.

[Yoyo]

Salut,

Bon apres une petite recherche sur Pubmed, j'ai trouve des articles qui devraient t'interesser. En plus ca m'a appris quelquechose je savais pas que les domaines transmembranaires pouvaient etre coudes!.

Le plus prometteur:
Article 1

Les autres:
Article 2
Artcile 3

J'espere que ca t'aidera.

Yoyo