biotopes artificiels pour notre production de bactéries multirésistantes ?

[EauPure]

Bonsoir,

question posé ici : http://forums.futura-sciences.com/bi...ml#post4869707

Ne pourrais on pas faire un biotope riche en phage, en plantes, en insectes et en poissons (tient ça me rappelle que j'ai une piscine naturelle) où on introduirait les bactéries résistantes afin d’entrainer le biotope et d'extraire l'antibiotique ou le phage qui les détruisent ?

La réponse de myoper : le corps humain.

Mais on est pas des cobayes

Qu'est-ce qu'un antibiotique "naturel" et quel est son intérêt ici ?

il n'est pas synthétique et il n'a jamais été mis en présence dans la nature des bactéries multirésistantes sélectionnées par notre notre asepsie.

Donc un centre d'entrainement ou on forme des phages et des antibiotiques pour lutter contre les bactéries multirésistante
Toute ressemblance avec des guerres historique n'est que fortuite.
-----

[Syst.]

Il existe des tas d'antibiotiques auxquels peu de bactéries ont développé de résistance, mais ces antibiotiques nous tuent aussi, là est le problème. Il y a de forte chance que les éventuels antibiotiques apparus dans ton biotope artificiel soient toxiques pour nous aussi.
D'ailleurs si une bactérie ou un champignon produit un antibiotique pour se débarrasser de ses concurrents, ça veut dire que lui-même est résistant à cet antibiotique donc soit le gène de résistance existe dans la nature pour cet antibiotique soit il est inefficace sur toute une catégorie de micro-organismes (ce deuxième cas seul est moins gênant).

[Syst.]

Correction du message précédent :
J'ai tort de parler d'antibiotique dans ce cas. On appelle un produit "antibiotique" seulement s'il agit spécifiquement sur les bactérie.
Le problème avec ton biotope artificiel est que les éventuelles nouvelles molécules tuant les bactéries auxquelles tu t'intéresses ne seront probablement pas des antibiotiques mais simplement des substances qui tuent tes bactéries… et qui sont toxiques pour nous aussi.

[myoper]

La réponse de myoper : le corps humain.

La réponse était le corps humain, la planète entière, sous entendu, tous les organismes intermédiaires, animaux compris qui sont des biotopes chez qui on retrouve ces bactéries et les phages parfois.
Bref, ces biotopes, on les a déjà.

Qu'est-ce qu'un antibiotique "naturel" et quel est son intérêt ici ?

il n'est pas synthétique et il n'a jamais été mis en présence dans la nature des bactéries multirésistantes sélectionnées par notre notre asepsie.

Donc un centre d'entrainement ou on forme des phages et des antibiotiques pour lutter contre les bactéries multirésistante

Une remarque: un antibiotique n'est pas un centre d'entrainement (comment le pourrait-il ?).
Et déjà ces questions:
Cet antibiotique jamais utilisé existe-il (exemple) ?
Et quel est sont intérêt ?
Pourquoi le précision "dans la nature": à quoi cela se réfère t'il et pourquoi ?

Si les modes d'actions des phages sont différents de ceux des antibiotiques ils ne sont pas gênés par leurs résistances et agiront indifféremment sur l'une ou l'autre mais autant que ces phages agissent sur les bactéries qui sont visées et si le phage n'est pas exploitable en lui même, peut être une particule virale synthétique, spécialement conçue, le pourra.

[A voir en vidéo sur Futura]

[EauPure]

Bonjour,

Je n'ai pas écrit qu'un antibiotique était un centre d'entrainement

Donc un centre d'entrainement ou on forme des phages et des antibiotiques

Veut dire que ce biotope artificiel serait un centre d'entrainement pour phage et forme de vie capable de générer par mutation des antibiotiques sélectifs.

Pourquoi la précision "dans la nature": à quoi cela se réfère t'il et pourquoi ?

dans la nature on trouvera plus difficilement de quoi lutter contre des bactéries que nous avons sélectionné et que la nature n'a jamais rencontré.

[EauPure]

Correction du message précédent :
J'ai tort de parler d'antibiotique dans ce cas. On appelle un produit "antibiotique" seulement s'il agit spécifiquement sur les bactérie.
Le problème avec ton biotope artificiel est que les éventuelles nouvelles molécules tuant les bactéries auxquelles tu t'intéresses ne seront probablement pas des antibiotiques mais simplement des substances qui tuent tes bactéries… et qui sont toxiques pour nous aussi.

C'est le cas des antibiotiques à large spectre, ils éradiquent notre flore intestinale et peuvent provoquer des maladies chroniques (diabète,obésité,cancer)
On essaye maintenant de trouver des antibiotiques sélectifs qui ne s'attaqueraient qu'aux bactéries pathogènes.

[myoper]

C'est le cas des antibiotiques à large spectre, ils éradiquent notre flore intestinale et peuvent provoquer des maladies chroniques (diabète,obésité,cancer)
On essaye maintenant de trouver des antibiotiques sélectifs qui ne s'attaqueraient qu'aux bactéries pathogènes.

Tous les antibiotiques sont plus ou moins toxiques, quelle que soient leurs spectre et il existe bien des antibiotiques à spectre étroit, tout aussi toxiques, parfois plus.
D'autre part, plus il existe de résistances, plus le spectre se rétrécit ; donc tout seul.
Enfin, le simple fait de manger modifie notre flore avec des effets qui peuvent être les mêmes, le simple fait de respirer provoque des cancers, le simple fait de ne pas bouger assez provoque l'obésité "donc" le diabète, l'un étant corrélé à l'autre (c'est un peu ça que de prendre n'importes quelles corrélations: on en vient à considérer n'importe quoi, n'importe comment et perdre de vue de grands bénéfices et ne considérer que des risques hypothétiques et extrêmement faibles).

Je n'ai pas écrit qu'un antibiotique était un centre d'entrainement

En tous cas, c'était bien écrit:

Qu'est-ce qu'un antibiotique "naturel" et quel est son intérêt ici ?

il n'est pas synthétique et il n'a jamais été mis en présence dans la nature des bactéries multirésistantes sélectionnées par notre notre asepsie.

Donc un centre d'entrainement ou on forme des phages et des antibiotiques pour lutter contre les bactéries multirésistante

Si vous voulez qu'on vous comprenne, placez bien le sujet, verbe, complément ou il faut.

dans la nature on trouvera plus difficilement de quoi lutter contre des bactéries que nous avons sélectionné et que la nature n'a jamais rencontré.

Je ne sais pas sur quoi vous vous basez pour affirmer ça (ça demande donc à être démontré), mais le fait est que si c'est plus difficile, c'est contre-productif et pour l'instant, votre antibiotique n'a pas été découvert.
Vous préconisez donc une solution qui donnera moins de résultats qu'une autre et n'en a pour l'instant pas donné et n'en donnera peut être jamais ; bizarre, comme façon de travailler. Sinon, il faut que vous reformuliez clairement votre point de vue.

[toothpick-charlie]

Veut dire que ce biotope artificiel serait un centre d'entrainement pour phage et forme de vie capable de générer par mutation des antibiotiques sélectifs.

Les bactériophages sont des virus, ils sont incapables de synthétiser la moindre molécule, comment produiraient-ils des antibiotiques? C'est bien d'avoir de l'imagination, mais il faudrait peut-être que tu te renseignes un peu sur la biologie avant de proposer n'importe quoi.

[EauPure]

Je ne dis pas que les phages font des antibiotiques juste qu'il s’entraîne à détruire des cellules multirésistantes
Pour la production d'antibiotique sélectifs c'est le reste du biotope qui s'en charge (mousse, plante, algues, insecte , amphibiens, poissons , petit mammifères )
J'espère n'avoir vexé aucun genre en oubliant de le citer

[toothpick-charlie]

Donc tu parles de sélectionner une lignée de bactériophages qui cibleraient spécifiquement des bactéries, par exemple S aureus, multirésistantes. Et donc ces bactériophages seraient epmployés pour détruire les S aureus multirésistants chez un patient, ses autres S aureus étant détruits par les antibiotiques et son système immunitaire. Mais quel serait l'intérêt par rapport à des bactériophages ciblant tous les S aureus, résistants ou pas?

[myoper]

Je ne dis pas que les phages font des antibiotiques juste qu'il s’entraîne à détruire des cellules multirésistantes
Pour la production d'antibiotique sélectifs c'est le reste du biotope qui s'en charge (mousse, plante, algues, insecte , amphibiens, poissons , petit mammifères )

C'est à dire, prendre un bocal (plus ou moins gros), tout mettre dedans, ne même pas agiter et le traitement sort ; la solution est si simple que les chercheurs sont complétement crétins de n'y avoir jamais pensé alors qu'il suffit d'attendre.
En attendant, on attend encore...

[EauPure]

le traitement sort après avoir analysé les survivants des formes de vies du biotope en partie décimé par la bactéries résistantes que l'on teste
c'est une énorme boite de pétrie avec une grande diversité.
Je ne dit pas qu'ils sont crétins, je demande si ça existe.
Si je vous comprend bien ça n'existe pas car ce n'est pas
utile
rentable
efficient
... ?
les autres méthodes ne semble pas fonctionner non plus.

[EauPure]

Donc tu parles de sélectionner une lignée de bactériophages qui cibleraient spécifiquement des bactéries, par exemple S aureus, multirésistantes. Et donc ces bactériophages seraient epmployés pour détruire les S aureus multirésistants chez un patient, ses autres S aureus étant détruits par les antibiotiques et son système immunitaire. Mais quel serait l'intérêt par rapport à des bactériophages ciblant tous les S aureus, résistants ou pas?

Il y a des bactérie multirésistante pour lesquelles on a pas de traitement même avec des bactériophages trouvés dans la nature.

[Syst.]

Dans ton biotope la quasi-totalité des organismes cohabiteront avec la bactérie sans la tuer donc je ne vois pas l'intérêt.
La méthode semble inefficiente de plusieurs points de vue.

Il existe des méthodes qui fonctionnent pour développer des médicaments, dont des antibiotiques :
Expliqué vite fait par une entreprise : http://www.novartis.ch/fr/research/drug-discovery.shtml
Plus en détail : http://www.chups.jussieu.fr/polys/ph...y/develop.html (Fais défiler les pages avec les flèches du bas si ça t'intéresse.)

Le problème n'est pas de trouver un produit qui tue ta bactérie, mais un produit qui tue ta bactérie ET qui est le moins toxique possible pour l'homme. Sinon utilise du mercure à haute dose, ça tue à peu près tout.

[Saswordz]

Les bactériophages sont des virus, ils sont incapables de synthétiser la moindre molécule, comment produiraient-ils des antibiotiques? C'est bien d'avoir de l'imagination, mais il faudrait peut-être que tu te renseignes un peu sur la biologie avant de proposer n'importe quoi.

Tu serais étonné de savoir ce que sont capables de faire produire certains phages. La toxine cholérique, par exemple, est une toxine fabriquée par la bactérie Vibrio cholerae uniquement si cette dernière est infectée par un phage lysogène.
Ce n'est qu'un exemple, et e qui est produit n'est pas un antibiotique, mais pourquoi pas imaginer une découverte à ce niveau là. On ne connaît pas grand chose des phages (et des virus en général), personne ne peut prédire ce que l'on pourra trouver

[myoper]

Ce n'est qu'un exemple, et e qui est produit n'est pas un antibiotique, mais pourquoi pas imaginer une découverte à ce niveau là. On ne connaît pas grand chose des phages (et des virus en général), personne ne peut prédire ce que l'on pourra trouver

Je pense aussi et ça va très bien dans "ce qui reste à découvrir en biologie": "une particule virale" adaptée ou construite qui aurait l'effet voulu...

le traitement sort après avoir analysé les survivants des formes de vies du biotope en partie décimé par la bactéries résistantes que l'on teste
c'est une énorme boite de pétrie avec une grande diversité.
Je ne dit pas qu'ils sont crétins, je demande si ça existe.
Si je vous comprend bien ça n'existe pas car ce n'est pas
utile
rentable
efficient
... ?
les autres méthodes ne semble pas fonctionner non plus.

C'est ce qui est fait tous les jours et si des bactériophages sont bien trouvés, il n'y a pas eu de génération spontanée d'antibiotiques.
Quelles sont les autres méthodes ?

Il y a des bactérie multirésistante pour lesquelles on a pas de traitement même avec des bactériophages trouvés dans la nature.

Oui et ces bactéries se baladent dans les biotopes et aucun produit n'en émerge pour les traiter.

[EauPure]

Dans ton biotope la quasi-totalité des organismes cohabiteront avec la bactérie sans la tuer donc je ne vois pas l'intérêt.
La méthode semble inefficiente de plusieurs points de vue.

Il existe des méthodes qui fonctionnent pour développer des médicaments, dont des antibiotiques :
Expliqué vite fait par une entreprise : http://www.novartis.ch/fr/research/drug-discovery.shtml
Plus en détail : http://www.chups.jussieu.fr/polys/ph...y/develop.html (Fais défiler les pages avec les flèches du bas si ça t'intéresse.)

Le problème n'est pas de trouver un produit qui tue ta bactérie, mais un produit qui tue ta bactérie ET qui est le moins toxique possible pour l'homme. Sinon utilise du mercure à haute dose, ça tue à peu près tout.

Seule la voie synthétique serait efficiente contre les bactéries multirésistantes mais loin d'être rentable et d'une durée avant la victoire d'au moins 2 ans et de souvent plus pour chaque bactéries multirésistantes ?

[EauPure]

Je pense aussi et ça va très bien dans "ce qui reste à découvrir en biologie": "une particule virale" adaptée ou construite qui aurait l'effet voulu...

un robot phage
http://io9.com/5975141/watch-how-thi...infects-a-cell

[myoper]

Seule la voie synthétique serait efficiente contre les bactéries multirésistantes mais loin d'être rentable et d'une durée avant la victoire d'au moins 2 ans et de souvent plus pour chaque bactéries multirésistantes ?

Qu'est-ce que la "voie synthétique" ?
je rappelle que les antibiotiques sont quasiment tous d'origine naturelle et que les délais de tests ne peuvent être racourcis.

un robot phage
http://io9.com/5975141/watch-how-thi...infects-a-cell

Une animation.

[EauPure]

Les poliovirus synthétiques induit le même phénotype neurovirulente que le poliovirus sauvage. Le [var phi] X174 de génome du bactériophage (5386 pb) a également été synthétisé et utilisé pour infecter des cellules de E. coli (Smith et al, 2003). Dans d'autres travaux, le génome du bactériophage T7 a été remaniée pour rendre le virus plus simple à modéliser et plus propice à la manipulation (Chan et al, 2005).

http://openwetware.org/wiki/Reviews/Synthetic_biology

J'ai aussi construit phage qui a visé des réseaux de gènes multiples et démontré leur efficacité comme adjuvants aux antibiotiques. Bactériophage Conçu réduit le nombre de bactéries résistantes aux antibiotiques et réalisée comme solides adjuvants pour d'autres antibiotiques bactéricides tels que les aminoglycosides et P-lactamines. Enfin, j'ai conçu synthétique dans des capteurs in vivo des gènes de résistance aux antibiotiques qui peuvent être couplés avec des composants effecteurs pour tuer les cellules portant des gènes de résistance ou de bloquer la transmission horizontale de ces gènes. Mon travail démontre la faisabilité et les avantages de l'utilisation de bactériophage ingénierie et la biologie synthétique construit pour répondre aux deux menaces de biofilms bactériens et les bactéries résistantes aux antibiotiques.

http://dspace.mit.edu/handle/1721.1/43868

[myoper]

http://openwetware.org/wiki/Reviews/Synthetic_biology


http://dspace.mit.edu/handle/1721.1/43868

Et alors ???

[EauPure]

c'était pour répondre à Qu'est-ce que la "voie synthétique" ?

[myoper]

c'était pour répondre à Qu'est-ce que la "voie synthétique" ?

C'est une question, pas une affirmation, je ne suis donc pas du tout avancé.
Vos liens parlent de "synthetic biology" (du même ordre que la "particule virale" qui est abordée au message 16), pas de "voie" synthétique.
Votre message initial répondait à un message de Syst. qui ne parlait pas spécialement de ça et c'était encore une question:

Seule la voie synthétique serait efficiente contre les bactéries multirésistantes mais loin d'être rentable et d'une durée avant la victoire d'au moins 2 ans et de souvent plus pour chaque bactéries multirésistantes ?

Donc je ne vois pas et je pense que personne ne voit ce que vous voulez dire et de quoi vous parlez au final puisque vous mélangez non seulement les concepts (biologiques, pharmacologiques, médicaux ou mêmes courants) et sautez de l'un à l'autre en oubliant le message initial, mais aussi les mots dans les paragraphes et la ponctuation n'est pas adaptée non plus. Plus rien n'est compréhensible. Alors vous pouvez essayer "verbe, sujet, complément" reliés grammaticalement ensemble avec un point à la fin de chaque phrase et on pourra peut être vous répondre sur le fond.

[EauPure]

Désolé et merci de me le faire remarquer, c'est mon métier d'informaticien qui déteint (optimisation du code mais plus difficile à comprendre)

[myoper]

Ben la, c'est tout ce qu'on veut sauf optimisé, compréhensible ou utilisable (et je comprends maintenant pourquoi j'ai un ordinateur qui ne marche jamais et les autres plantent souvent ).

[EauPure]

Qu'est-ce que la "voie synthétique" ?
je rappelle que les antibiotiques sont quasiment tous d'origine naturelle et que les délais de tests ne peuvent être racourcis.

Je ne comprend pas non plus très bien votre prose car le synthétique me semble bien être la seule voie qui peut espérer être rentable un jour

L’expression de criblage ou criblage à haut débit (high-throughput screening, HTS) désigne dans le domaine de la pharmacologie, de la biochimie, de la génomique et de la protéomique, les techniques visant à étudier et à identifier dans les chimiothèques et ciblothèques, des molécules aux propriétés nouvelles, biologiquement actives.

L’expression haut débit évoque ici l’utilisation de la robotique, de l’informatique et de la bio-informatique pour accélérer la phase de test des molécules, protéines, catalyseurs, etc. en vue de processus de production de matériaux, médicaments, etc. Le criblage à haut débit s’appuie sur la bio-informatique, la génomique, la protéomique, la robotique, et parfois les nanotechnologies, etc.

Criblage virtuel (ou essai in silico)[modifier | modifier le code]
Pour encore accélérer les découvertes, en limitant les risques liés à des produits ou organismes susceptibles d’être dangereux, des chercheurs ont développé des techniques de criblage virtuel en travaillant avec des modèles mathématiques de molécules ou protéines et en cherchant à créer toutes les combinaisons possibles, y compris des formes qui ne pourraient pas être synthétisées ou viables dans la nature. D’après les connaissances existantes, des simulations virtuelles d’effets thérapeutiques pour des cibles données sont étudiés. Cette méthode est parfois présentée comme limitant l’appel à l’expérimentation animale, mais elle ne peut pas prétendre garantir l’absence d’effets indésirables sur un organisme.

http://fr.wikipedia.org/wiki/Criblag...aut_d%C3%A9bit

Découverte ciblée et élaboration d'un médicament
Pour élaborer un médicament, on commence par identifier une protéine associée à une maladie humaine. Ces protéines sont connues sous le nom de «cibles». Quand il se confirme qu’une cible joue un rôle dans une maladie, on la passe alors à un crible à haut débit afin de trouver un composé chimique ou un anticorps qui s’attache à la cible ou la «touche» de manière à modifier la maladie. Une fois que les composés chimiques ou les anticorps ont été identifiés de la sorte, ils sont optimisés afin d’améliorer leur innocuité et leur efficacité. Le composé chimique ou l’anticorps qui résulte de ce processus devient alors un médicament candidat.

http://www.novartis.ch/fr/research/drug-discovery.shtml

[myoper]

Je ne comprend pas non plus très bien votre prose car le synthétique me semble bien être la seule voie qui peut espérer être rentable un jour

Rentable ? Le but n'est pas de soigner et guérir es infections ?
Un jour ? Plus personne ne guérit de ses infections, maintenant ?
Ou personne ne gagne de sous en vendant des antibiotiques ou en soignant des infections ?

"Le" synthétique, je ne vois toujours pas: vous avez posté des liens sur une utilisation particulière du génie génétique appelée "synthetic biology" en anglais mais il existe bien d'autres techniques qui actuellement marchent sur de très grands nombres de cas et les laboratoires les commercialisant ne se plaignent pas de la rentabilité.

Pour l'instant, ma prose vous rappelle le minimum sur l'état actuel de la science (et la comprendre est donc un prérequis basique pour que vous puissiez espérer pouvoir un jour avoir un avis pertinent sur la question) qui est qu'on dispose d'antibiotiques et d'autres stratégies de soins qui font un certain travail, qu'ils ne suffisent plus et que des milliers de chercheurs à travers le monde recherchent des solution naturelles et ou, artificielles.

je comprends bien les petits bouts d'articles que vous postez et qui parlent soit de ces stratégies, soit de ces recherches mais je ne vois pas le rapport avec votre discours.