Phage display et banque d'ADNc

[nora-bime3]

Bonsoir!

Je crois que j'ai pas trop saisi la définition d'une banque d'ADNc: est-ce que dans cette banque, on a les ADNc codant pour tous les ARNm d'une cellule?
En gros banque d'ADNc = plein de vecteurs recombinants portant chacun un ADNc différent ou c'est plutot plein de vecteurs recombinants portant chacun le même ADNc (des clones quoi) ?

Et du coup je comprends pas le phage display.
D'après mon cours, ce serait une technique qui permet, au départ d'une banque d'ADNc, d'isoler l'ADNc qu'on désire.
Le principe c'est de faire exprimer la protéine à la surface du bactériophage et puis d'isoler les bactériophages qui expriment la protéine d'intérêt à l'aide d'Ac (et pour réaliser ca, on fait des protéines de fusion).
Mais du coup, si une banque, c'est plein d'ADNc différents, on fait des protéines de fusion avec tous les ADNc différents?? et du coup le phage va exprimer en protéine tous ces ADNc? Et après on fait la sélection?

Je comprends pas

Merci d'avance pour l'aide
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[Guillaume69]

Bonjour,

En gros banque d'ADNc = plein de vecteurs recombinants portant chacun un ADNc différent

C'est ça. La banque contient la totalité des RNA extraits et rétro-transcrits de l'échantillon. Il peut s'agir d'un seul type cellulaire ou pas, tout dépend de la manière dont la banque a été réalisée.

Il ne s'agit donc pas d'un seule et unique clone. Tu as des milliers, ou millions de clones.
Le but d'une banque (en anglais c'est library = bibliothèque, c'est peut-être plus parlant comme expression) c'est d'obtenir la totalité des transcrits existants.
Puis vient l'étape de crible, qui va permettre de sélectionner les transcrits qui répondent à un certain critère (par analogie, ce serait obtenir le ou les bouquins qui t'intéressent dans cette immense bibliothèque qui contient des millions de livres).

Il existe des tas de méthodes de cribales, selon ce que tu cherches.
Le phage-display, c'est une méthode de criblage qui permet de selectionner un fragment d'ADN à partir des propriétés d'intéraction de la protéine qu'il code. Par exemple, dans ton cas, tu cherches un cDNA qui code pour un fragment peptidique reconnu par un anticorps spécifique.

Le principe, tu l'as compris. Enfin presque.

Mais du coup, si une banque, c'est plein d'ADNc différents, on fait des protéines de fusion avec tous les ADNc différents?? et du coup le phage va exprimer en protéine tous ces ADNc? Et après on fait la sélection?

Non ! Un phage exprime une protéine de fusion unique et n'exprimera à sa surface qu'un peptide unique.
Du coup, tu commences ton phage display en ayant une série de clone, que tu sélectionnes ou élimines au fur et à mesure des tests d'interactions protéiques.

A la fin, tu te retrouves avec une série de candidats, pour lesquels tu vas exprimer la protéine à plus forte concentration afin de réaliser des tests d'interactions définitifs.

[nora-bime3]

D'abord, merci pour la réponse

Ensuite: si j'ai bien compris, un clone de phage porte en lui un seul ADNc.
Donc, dans ma banque d'ADNc, j'ai des milliers de phages porteur chacun d'un ADNc différent (en gros)

Dans le phage display, ce qu'on a fait c'est que cet ADNc est fusionné avec l'ADN codant une protéine de surface du virus. De ce fait la protéine codée par cet ADNc va se retrouver exposée à la surface.

Donc on a des milliers de phages avec chacun une protéine de surface différente (correspondant à la fusion de l'ADNc porté avec la protéine de surface)
Et parmi ces milliers de phages, y en a qu'un seul (ou un groupe) qui portent la protéine que je cherche.
Et je trouve ces phages en faisant l'interaction avec l'Ac.

C'est ça?

[Guillaume69]

Ensuite: si j'ai bien compris, un clone de phage porte en lui un seul ADNc.

Oui, c'est la définition de "clone".

Donc, dans ma banque d'ADNc, j'ai des milliers de phages porteur chacun d'un ADNc différent (en gros)

En gros.
Dans le détail, je pense que tu as quand même des phages qui peuvent porter le même ADNc. Je n'ai jamais fait de banque, c'est à confirmer.

Pour le reste, c'est compris.

[A voir en vidéo sur Futura]

[nora-bime3]

Merci beaucoup!