Normalisation de données issues d'un séquençage NGS (ARN)

[invitea5bb4f74]

Bonjour,

Je suis étudiant et je fais un projet sur le séquençage NGS des ARN. Je dispose du nombre de reads avec la liste d'ARN en lignes et le nom de cellules en colonnes. Je veux normaliser mes données. Notre prof nous demande une normalisation avec GeNorm et NormFinder sous R et je ne sais pas comment m'y prendre. Après quelques recherches, j'ai trouvé le package NormFinder mais n'étant pas très compétent en anglais, je ne comprends pas les documentations (en anglais). Je ne sais pas du tout comment utiliser les fonctions. D'autre part, j'ai cru comprendre dans le fonctionnement général, que ces deux fonctions permettaient de sélectionner les ARN de référence. Du coup, question subsidiaire : Quel est le rapport avec la normalisation des données ?

Est-ce que quelqu'un pourrait m'apporter des informations sur ces fonctions ?

Merci beaucoup pour votre aide.

Lukas
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[invite2eb5a45f]

Je suis pas très compétent en la matière, j'ai jamais vraiment réalisé l'analyse d'un séquençage jusqu'au bout. Mais comme je vois que personne ne t'aide...

Le principe de la normalisation des données, c'est qu'au cours du processus d'extraction, purification, RT, etc, tu peux perdre une fraction significative de tes ARNs. Du coup, d'un échantillon à l'autre, les quantités d'ARNs varient totalement. Mais les rapports de concentrations entre gènes (au sein d'un réplicat), ou de "gènes de ménages" au sein de ton expérience, ne changent pas. Ce que ces algorithmes effectuent, c'est rechercher un groupe de gènes, dits "gènes de ménage" dont les rapports de concentration sont les mêmes au sein des réplicats et également entre les échantillons. Une fois ceci fait, toutes les concentrations des autres ARNS sont normalisées par ces gènes de ménage, ce qui permettra d'identifier des changements.

Bon je sais pas si je suis très clair, mais j'ai pas vraiment la foi de te faire un schéma.

Pour ce qui est de l'utilisation en détail, je ne peux pas t'aider. Il va falloir que tu cherches des tutoriels sur internet ou que tu te débrouilles avec la doc (en général bien faite pour ces programmes, et accessible directement dans R avec la fonction ? ). Mais ne te leurre pas, ça sera en anglais ^^

[invitea5bb4f74]

Merci pour votre réponse. Je n'ai toujours pas très bien compris le principe mais je vais continuer à chercher. Concernant la documentation je ne me faisais aucune illusion concernant l'anglais mais je me disais que peut être quelqu'un connaissait ces fonctions. En tout cas je vous suis reconnaissant de m'avoir répondu.
Lukas