pseudogènes

[win04]

Bonsoir,

Un pseudogène est décrit comme étant un gène ayant une forte homologie de séquence avec un autre mais il n'est pas fonctionnel car il n'est pas traduit a cause de forte présence de codon stop.

Mais je me demandais en fait outre le fait de la forte présence ou non de codon stop comment reconnait on un pseudogène ? Y a t'il d'autres critères ?

Car au début je misais sur la présence ou non d'introns... mais en faisant de plus ample recherche j'ai appris qu'il existait des pseudogène avec ou sans introns (procéssés ou non).

Merci de votre aide
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[dalmia]

Bonjour bonjour,

Cette définition du pseudogène est trop restrictive . Un pseudogène est effectivement un gène non fonctionnel (il résulte de la duplication d'un gène, ou bien de la mutation d'un gène) mais ce n'est pas forcément dû à l'apparition précoce d'un codon stop. C'est une explication possible parmi d'autres. Par exemple, il peut y avoir une mutation dans le promoteur qui implique que le gène n'est pas exprimé. Ou alors autre exemple, le gène a été dupliqué sans la partie promotrice.

Comment le reconnait-on ? Alors admettons que tu connaisses la séquence d'un gène codant pour une protéine connue : admettons, l'albumine. Si tu recherches cette même séquence ailleurs dans le génome de l'organisme considéré (c'est-à-dire que tu procèdes à un alignement) et que tu la retrouves mais avec des mutations, il est possible que ce soit un pseudogène. Mais attention, il existe des familles de gènes, càd un groupe de différents gènes qui viennent d'un même gène d'origine, et ils peuvent très bien être tous fonctionnels si les mutations qui les différencient résultent en des protéines fonctionnelles.

Les introns n'ont rien à voir là-dedans si on considère un gène fonctionnel initial qui ne possède pas d'introns, ben la question ne se pose pas au niveau du pseudogène qui en dérive. S'il y en a, ben tu peux potentiellement le retrouver dans le pseudogène, peut-être porteur d'une mutation à l'origine de la non fonctionnalité du dit gène. Mais encore, rien à voir avec la choucroute

Dalmia

[win04]

Oh merci Dalmia parce que voila mon cheminement je me disais que étant donné que le pseudogène n'est pas transcris alors eventuellement en reconnaissant une séquence homologue + mutation entrainant apparition de codon stop ou touchant le promoteur et bien je me suis dis que en plus de cela si on retrouve des introns dans ce gène alors il n'aura pas été trancrit et donc conclusion : c'est un pseudo gène
Mais comme tu dis y a encore trop de nuances et la reconnaissance et beaucoup plus complexe ! Merci d'avoir rectifié mon incompréhension !
Merci

[dalmia]

Mais de rien

Par contre, problème : tu m'écris dans ta réponse "étant donné que le pseudogène n'est pas transcris ..." alors que tu parlais de codons STOP dans ta question initiale. Si une séquence n'est pas transcrite, il n'y a pas d'ARN (messager si on prend l'exemple d'un gène qui devrait coder une protéine), donc pas d'histoire de codon STOP . D'accord ? Pour préciser cette histoire de pseudogène si on s'en tient au "gène non fonctionnel", on peut imaginer qu'il ne soit pas transcrit du tout, ou alors qu'il soit transcrit mais que l'ARN n'ait aucun sens pour la cellule et qu'il soit dégradé.

Attention aussi concernant le terme intron. D'après ta réponse, je ne suis pas sûre que tu aies bien compris ce que c'est (d'après cette phrase : "si on retrouve des introns dans ce gène alors il n'aura pas été trancrit" ). Une séquence intronique d'un gène est transcrite !!! Elle se retrouve dans l'ARN pré messager, c'est-à-dire dans l'ARN qui n'a pas été encore maturé. La maturation comporte plusieurs évènements dont l'excision des introns et ligation des exons (c'est l'épissage), d'où l'absence d'intron dans un ARNm mature. Un intron est donc bien transcrit mais pas traduit. A noter que tout cela concerne les eucaryotes puisque chez les procaryotes, pas de maturation des ARN, donc pas d'introns dans les séquences génomiques.

J'espère que tout est clair !
Dalmia

[A voir en vidéo sur Futura]