Facteur de Transcription ? (S.O.S)

[Azaaar]

Bonjour/Bonsoir,

Je voulais savoir qu'est ce qu'un facteur de transcription concrètement ? Dois-je comprendre que sans facteur de transcription il n'y aurait pas de transcription et que l'ARN Polymérase est non seulement ADN dépendante mais également Facteur de Transcription dépendante car c'est elle qui permet la reconnaissance du promoteur et sa fixation au promoteur pour imiter la transcription. De plus j'aurais aussi voulu savoir qui code pour ces facteurs de transcription (ma supposition : des facteurs en trans donc des gènes de type intron ? Merci pour vos futures réponses.

PS: on m'a dit aussi qu'il y avait des corégulateur ou cofacteur de transcription genre des molécules qui se fixe pour réguler les facteurs de transcription (inhibition, activation...)
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[dalmia]

Hello,

Il faut préciser une petite distinction entre procaryotes et eucaryotes. Chez les procaryotes, la transcription est plutôt simple : leur ARN polymérase peut initier la transcription toute seule comme une grande (sauf si tu considères que la sous-unité sigma qui débarque uniquement pour l'initiation de la transcription est assimilable à un facteur de transcription plus qu'à une sous-unité "transitoire" de l'ARN pol, mais là on chipote un peu).

Chez les eucaryotes : 3 ARN polymérases spécifiques qui ont effectivement besoin d'aide pour initier une transcription, et ce grâce aux facteurs généraux de transcription. Sans eux, pas de transcription même si l'ARN pol est là. Je n'avais jamais formulé ça comme ça mais je suis tout à fait d'accord avec ton expression d'"ARN polymérase facteur de transcription dépendante".
Pour être précise :
1. il y a les facteurs généraux de transcription qui aident les ARN pol eucaryotes à initier la transcription. Il fixent les parties promotrices des gènes.
2. Il y a aussi les facteurs de transcription - tout court, ou tu peux préciser régulateurs - : ils viennent stimuler ou inhiber la transcription en fixant des régions régulatrices à distance.
3. Des co-activateurs/co-répresseurs : ils ont également une influence sur la transcription mais sans fixer l'ADN directement. Eux se fixent sur les facteurs de transcription régulateurs (oui, ils... régulent les régulateurs )

Les facteurs de transcription sont généralement des protéines. si on prend l'exemple de TFIID, ben il y a quelque part un gène qui code pour cette protéine. Sinon il y a des hormones, des vitamines...

Qu'entends-tu par "un gène de type intron" ? Sans offense, ça ne veut rien dire Comme je viens de le préciser dans ton autre message, un intron est une séquence génique non codante éliminée lors de l'épissage d'un ARN.

Dalmia

[Azaaar]

Coucou, tu n'aurais pas un schéma par hasard je pense qu'avec un schéma c'est plus claire merci beaucoup en tout cas.

[Azaaar]

Oui excuse moi du terme "gène de type intron" pour moi l'intron c'est une séquence régulatrice non ? Genre ça peut être un promoteur ? Ou une séquence agissant en cis ? voir même une séquence amplificatrice ou inhibitrice d'un gène ?

[A voir en vidéo sur Futura]

[dalmia]

Oui excuse moi du terme "gène de type intron" pour moi l'intron c'est une séquence régulatrice non ? Genre ça peut être un promoteur ? Ou une séquence agissant en cis ? voir même une séquence amplificatrice ou inhibitrice d'un gène ?

Je te pardonne un intron est possiblement une séquence régulatrice, mais pas forcément. Non, ça peut pas être un promoteur, car un intron est dans la séquence codante d'un gène. La partie promotrice est en amont d'un gène. Une séquence agissant en cis : oui, possible, ça revient à dire que l'intron est une séquence régulatrice du gène. Séquence amplificatrice/inhibitrice : ça ne veut pas dire grand chose... les séquences sont là pour être fixées par des facteurs trans, mais ce sont ces facteurs qui ont un rôle positif ou négatif.

tu n'aurais pas un schéma par hasard

Non, alors je viens de faire ce joli dessin :


Tu y trouveras les facteurs généraux de transcription (marron) qui aident une ARN polymérase (orange) à initier une transcription.
Régulation de cette transcription : pour atténuer ou amplifier le taux de transcription de base, facteurs en bleu. Ils se fixent sur des séquence régulatrices distales (acronyme SRD sur mon oeuvre d'art). Ces SRD peuvent être : très en amont ou très en aval du gène, ou encore à l'intérieur dans les séquences introniques.
Ces mêmes facteurs peuvent être modulés par les co-activateurs/co-répresseurs qui se fixent dessus : ceux en vert.

Terminé.

[Azaaar]

Merci vous êtes top j'ai bien compris grâce a vous !

[Azaaar]

Ah mais en faite c'est moi qui est du mal a comprendre la génomique.

Gène = Fragment d'ADN

Gène --> code pour une protéine en particulier genre couleur des yeux

Gène --> promoteur - exon-intron-exon-intron-exon-terminateur

Ah oui sachant qu'un promoteur et un terminateur ne sont pas transcrit je comprends mieux pourquoi un intron ne peut pas être un promoteur et il ne peut pas être non plus un facteur trans agissant en cis c'est à dire sur un promoteur car il ne code pour aucune protéine de plus lors de l'épissage du transcrit primaire il est éliminer donc du coup je comprends pas pourquoi on dit que l'intron n'est pas une séquence poubelle puis ce que finalement il ne participe pas a grand chose dans le gène ? Il me semblait qu'a une certaine époque on le considérait comme étant de l'adn poubelle et que finalement après le projet ENCODE de 2003 ça a révéler qu'ils avaient une importance dans la régulation mais qu'elle type de régulation ?

[JPL]

Gène = Fragment d'ADN

Gène --> code pour une protéine en particulier genre couleur des yeux

Non un gène est une séquence d’ADN comprise entre un signal de début et un signal de fin (ORF = Open Reading Frame) qui code pour un ARN. Certes dans la plupart des cas cet ARN est un ARN messager mais ce n’est pas obligatoire ; par exemple les gènes qui codent pour les ARN du ribosome.

[dalmia]

Bonjour,

Alors concernant la couleur des yeux, c'est en fait plus compliqué que l'expression d'un seul gène, il me semble que plusieurs facteurs entrent en jeu

Comme précisé par JPL, tous les gènes ne codent pas pour une protéine, loin de là. L'énorme majorité des ARN transcrits ne sont pas traduits en protéine (= l'ARN synthétisé est "déjà" la molécule fonctionnelle voulue). Pour te donner une idée, seuls 2% des ARN d'une cellule sont des ARN messagers, donc voués à être traduits en protéine. On les appelle des ARN codants (VS les ARN non codants qui sont donc les 98% restants).

Azaaar, sinon pour ton dernier paragraphe, c'est difficilement lisible. Utilise la ponctuation et fais plusieurs phrases courtes

Concernant la régulation par les introns : ben, cf le dessin que je t'ai fait plus haut. Certains introns peuvent être fixés par des facteurs de transcription. Ces mêmes facteurs de transcription peuvent interagir avec les facteurs généraux de transcription (l'ADN est "plié" pour que les facteurs interagissent entre eux) pour soit les aider à recruter l'ARN pol, soit les inhiber.
Autre type de régulation impliquant les introns (mais pas au niveau de l'ADN, au niveau de l'ARN) : l'épissage alternatif. En effet, tous les exons d'un gène ne sont pas nécessairement conservés au cours de la maturation d'un ARN. De façon contrôlée, on peut éliminer des exons et générer un ARNm mature plus court. Cette régulation est donc à l'origine de la synthèse de différentes protéines à partir d'un même gène. Petite illustration (source : wikipédia) :



Une protéine peut donc se fixer sur tel ou tel intron pour influencer l'épissage de l'ARN concerné.
A noter que ce n'est que l'épissage alternatif peut se dérouler d'autres façons que celle-ci.

Dalmia

[Azaaar]

Coucou,

Je comprends pas dans mon cours on dit qu'il y a maturation (épissage) du transcrit primaire ( ARN pré-messager) donc avant la maturation (épissage) le transcrit primaire est composé d'intron et d'exon qui ont été transcrit tout 2 par l'ARN polymérase ADN dépendante donc après épissage (maturation) on aura un ARNm constitué que d'exon c'est à dire que de séquence codante non ? Je comprends pas comment un ARNm ne puisse pas codé dans 90% des cas pour une protéine ... Si il ne code pas pour une protéine donc qu'il ne subit pas de traduction a quoi il sert ? qu'est ce qu'il devient ? Qu'elle est sa fonction ? Merci pour vos futures réponses j'en apprend des choses.

[dalmia]

Je comprends pas dans mon cours on dit qu'il y a maturation (épissage) du transcrit primaire ( ARN pré-messager) donc avant la maturation (épissage) le transcrit primaire est composé d'intron et d'exon qui ont été transcrit tout 2 par l'ARN polymérase ADN dépendante donc après épissage (maturation) on aura un ARNm constitué que d'exon c'est à dire que de séquence codante non ?

Oui. Attention à ne pas réduire la maturation d'un ARN pré-messager à l'épissage : il y a aussi le capping en 5' et la poly-adénylation en 3'. Mais oui si on s'intéresse aux introns, c'est bien l'épissage qui permet de les éliminer.

Je comprends pas comment un ARNm ne puisse pas codé dans 90% des cas pour une protéine ... Si il ne code pas pour une protéine donc qu'il ne subit pas de traduction a quoi il sert ? qu'est ce qu'il devient ? Qu'elle est sa fonction ? Merci pour vos futures réponses j'en apprend des choses.

C'est quoi ces histoires de 90% des ARNm qui ne codent pas pour une protéine ?
D'un point de vue régulation, on peut tout à fait imaginer qu'on veuille empêcher la traduction d'un ARNm, par exemple si on a finalement pas besoin de la protéine qui lui correspond. Mais j'imaginerais que ce soit pour un faible pourcentage des ARNm transcrits. ça ne rime à rien pour une cellule de synthétiser plein d'ARNm si ceux-ci ne sont pas traduits, ça gaspille de l'énergie pour rien #ecoresponsabilité

[Fraggle Rock]

Je crois que ce que voulait signaler JPL, c'est que beaucoup d'ARN ne sont pas traduits, parce que ce ne sont pas des ARNm, mais des ARN ribosomiques ou des ARN de transfert ou d'autres type d'ARN encore...