augmentation de l'incidence des variants SA et BR en Ile-de-France

[yves95210]

Bonsoir,

Je reprends partiellement un message posté dans une autre discussion, pour en ouvrir une nouvelle dédiée à ce sujet :

De manière générale, le message est que l'immunité (naturelle ou vaccinale) donne un avantage aux variants qui y échappent partiellement. De ce point de vue, la manière dont l'immunité a été acquise importe peu.

On en voit peut-être une illustration avec l'augmentation actuelle de la part des variants sud-africain et/ou brésilien en Ile de France(*), alors que leur contagiosité est réputée un peu plus faible (et en tout cas pas plus élevée) que celle du variant anglais qui représente la quasi-totalité des autres cas.
(*) Malheureusement les tests de criblage ne permettent pas de différencier les deux variants en question. Dans l'explication ci-dessous je ne les différencie donc pas.

Mais il se trouve que l'IdF est la région où le pourcentage de personnes ayant été infectées est le plus élevé (probablement supérieur à 50% des 30-50 ans, 40% tous âges confondus, entre 25 et 30% des 50-70 ans, moins de 20% des 70+, mais une majorité des 70+ et une proportion non négligeable des 50-70 sont vaccinés totalement ou partiellement, donc on peut estimer que, globalement, l'immunité de la population est supérieure à 50%).

Plus précisément, la part des variants SA/BR dans les PCR+ a doublé en environ 2 semaines, passant de 4 à 8%, alors que durant les 2 mêmes semaines l'incidence globale baissait d'environ 17%. Cela signifie que le nombre de nouveaux cas causés par ces variants a augmenté d'environ 66% en 2 semaines, d'où un taux de reproduction effectif R(t) ~ 1,25 malgré les mesures en vigueur.
Ces mesures ont pourtant permis d'atteindre R(t) ~ 0,95 calculé sur l'ensemble des cas, tous variants confondus (ensemble dans lequel le variant UK est largement prédominant, avec plus de 80% des cas, et le variant "historique" a quasiment disparu). Les variants SA/BR se sont donc propagés environ 1,3 fois plus vite.

Selon les observations faites dans d'autres pays mais aussi dans le premier département touché par le variant SA en France (Moselle, où la part du variant SA a baissé par rapport à celle du variant UK), les variants SA/BR sont pourtant (un peu) moins contagieux que le variant UK. C'est donc bien le fait qu'ils favorisent les réinfections en échappant partiellement à l'immunité acquise qui explique leur progression en IdF.
A contagiosité égale avec le variant anglais, dans une population immunisée à 50% contre celui-ci, il faudrait que le risque de réinfection (ou infection de personnes vaccinées) par ces variants soit de 30% - en supposant que ce risque soit proche de 0 par le variant UK. Ou plus de 30% s'ils sont moins contagieux.

De ce fait je vois mal comment la vaccination d'environ 10% de la population par mois (compte-tenu du fait qu'une partie des doses livrées devra être utilisée pour les deuxièmes injection des vaccinés Pfizer ou Moderna du mois précédent), ajoutée aux environ 5% de la population infectés dans le même mois, suffirait à stopper la progression des variants SA/BR avant juin, même si les mesures actuelles sont maintenues : à mesures et comportements inchangés il faudrait que 70% de la population soient immunisés (contre les variants précédents dont l'UK, et partiellement contre les variants SA/BR) pour faire retomber R(t) à moins de 1.

Pour confirmer cette estimation il faudrait disposer de statistiques sur les cas de réinfections par les nouveaux variants; je suppose que c'est possible, au moins parmi les personnes qui avaient déjà été PCR+ dans l'année précédente. Mais si elles existent elles ne sont pas encore publiées.

Si vous voyez une faille dans le raisonnement, j'en serais ravi.

Mais si je ne me plante pas trop, j'ai du mal à imaginer que le gouvernement pourra prendre le risque maintenir son calendrier de "déconfinement", au moins en ce qui concerne l'IdF. Clairement, la réouverture des collèges et lycées (par demi-classes en présentiel à partir de la 4e) ne va pas être remise en question. Mais pour le reste...
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[FabiFlam]

Clairement, la réouverture des collèges et lycées (par demi-classes en présentiel à partir de la 4e) ne va pas être remise en question. Mais pour le reste...

A aucun moment je crois il n'a été question de demi-classes en collège, mais malheureusement plutôt de demi-effectif: c'est à dire de temps de présentiel divisé par 2. La plupart du temps, les établissements choisissent que cela se fasse en classe entière avec la présence d'une classe sur 2 en même temps dans l'établissement.

Pour le reste je n'ai pas trouvé de faille dans le raisonnement.
FabiFlam

[Amanuensis]

Le raisonnement ne porte que sur les infections, pas sur les hospitalisations et décès.

Comme d'hab, le niveau de précaution à prendre (ou à imposer) dépend du but visé !

[yves95210]

Le raisonnement ne porte que sur les infections, pas sur les hospitalisations et décès.

Comme d'hab, le niveau de précaution à prendre (ou à imposer) dépend du but visé !

Les hospitalisations et décès ne devraient pas repartir à la hausse aussi vite que les infections, puisque la majorité des personnes vulnérables sont vaccinées (ou le seront mi-mai). Mais l'augmentation de la part des variants SA/BR qui, sans nouvelles mesures, va se poursuivre, va contribuer à augmenter le taux de reproduction; donc ce n'est pas seulement le nombre de réinfections (ou infections de vaccinés) qui va augmenter mais aussi le nombre de primo-infections, dont celles des personnes vulnérables qui ne sont pas encore vaccinées.
Comme dit dans l'autre discussion, il est possible les réinfections ou les infections de vaccinés ne causent en général pas des cas aussi graves, ni aussi contagieux, ce qui pourrait limiter les dégâts. Mais les données sur ce sujet sont encore trop limitées pour qu'on puisse compter là-dessus. Il serait d'ailleurs intéressant de connaître la proportion des variants SA ou BR parmi les patients admis à l'hôpital pour voir si elle suit (avec quelques jours de retard) la proportion de ces variants parmi les nouveaux cas.

Le tableau n'est donc peut-être pas aussi rose que l'espérait le gouvernement et le but visé (soulager les services de réa suffisamment pour tenir jusqu'à ce que la couverture vaccinale soit assez importante) risque fort de ne pas être atteint, du moins pas aussi tôt que prévu, ce qui risque de faire désordre alors qu'un calendrier de réouverture avait été annoncé dès la mise en place des nouvelles mesures, et plus ou moins confirmé la semaine dernière.

Je ne sais pas si les projections des épidémiologistes tenaient compte de ce facteur (au niveau régional, car dans d'autres régions la part du variant SA n'augmente pas, voire diminue). A voir les réactions, ça a l'air d'être une surprise de voir les variants SA ou BR progresser aussi vite en IdF, alors que des projections testant plusieurs hypothèses (puisqu'on ne dispose pas de chiffres précis) sur leur capacité de réinfection et tenant compte du taux d'immunité de la population dans chaque région début avril, auraient dû permettre d'anticiper ce risque.
Je reconnais que je n'y avais pas pensé non plus (du moins pour le court terme), mais je ne suis pas épidémiologiste...

[A voir en vidéo sur Futura]

[yves95210]

Je viens de voir que l'institut Pasteur a mis en ligne de nouvelles projections, datées du 26 avril (Scénarios de levée des mesures de freinage).

Mais le document précise que

• Le modèle ne prend pas en compte l'émergence de variants pour lesquels l'efficacité du vaccin pourrait être plus limitée, comme les variants sud-africain B.1.351 et brésilien P.1.
• Nous faisons l'hypothèse que les personnes infectées par SARS-CoV-2 sont protégées contre la réinfection. Les projections seront dégradées si une proportion de ces personnes perd leur immunité.

Ils n'ont pas dû entendre parler de ce qui se passe en région parisienne.
A moins qu'ils aient de bonnes raisons de penser que l'augmentation de la proportion des variants SA ou BR dans infections en IdF et l'augmentation de leur incidence (alors que celle des autres variants diminue) ne sont pas due au fait qu'ils sont plus susceptibles de causer des réinfections, ce qui a un impact non négligeable dans une population immunisée (contre les autres variants) à environ 50% ?

De plus,

Nos projections ne prennent pas en compte la fin des restrictions de déplacement et la réouverture des collèges et lycées qui interviendront le 3 mai et pourraient conduire à une augmentation du taux de transmission.

Sans parler de la réouverture des écoles depuis le 26 avril. Comme si ce n'était que la fermeture des commerces "non essentiels" qui avait permis de faire baisser le taux de transmission ces dernières semaines...

[obi76]

B
Pour confirmer cette estimation il faudrait disposer de statistiques sur les cas de réinfections par les nouveaux variants; je suppose que c'est possible, au moins parmi les personnes qui avaient déjà été PCR+ dans l'année précédente. Mais si elles existent elles ne sont pas encore publiées.

Le soucis, c'est que ces données sont très difficiles à avoir (probablement impossible même pour des non-professionnels). Déjà que les premières études de réinfection avec le même variant (mais contenant des mutations quand même) a mis plusieurs mois avant de sortir, alors avoir de la data sur chaque variant, c'est (malheureusement) prématuré...

[yves95210]

Le soucis, c'est que ces données sont très difficiles à avoir (probablement impossible même pour des non-professionnels). Déjà que les premières études de réinfection avec le même variant (mais contenant des mutations quand même) a mis plusieurs mois avant de sortir, alors avoir de la data sur chaque variant, c'est (malheureusement) prématuré...

J'espère qu'au moins les professionnels commencent à avoir des données...

A moins que personne n'ait pensé à regarder si, parmi les patients dont le test de criblage est positif pour les variants SA/BR, il y en a qui avaient déjà été PCR+ en 2020 ?

Vu le nombre de cas concernés (5000 en semaine 15, dont je suppose plus de 1000 en IdF), si l'augmentation de l'incidence de ces variants en IdF est due à des réinfections, on devrait déjà en trouver un nombre significatif parmi les patients testés.

Par exemple, si la population est immunisée (contre les autres variants) à 50% et que les variants SA/BR peuvent réinfecter 30% des immunisés, la sous-population susceptible d'être infectée par ces variants comprend les 50% non-immunisés plus 15% immunisés (ayant déjà été infectés). Sur 1000 cas, il pourrait y avoir plus de 200 réinfections. Comme seulement 30 à 50% des infectés sont testés depuis l'été dernier, et certainement moins les asymptomatiques (peut-être plus susceptibles d'être réinfectés par les variants), il n'y a probablement que quelques dizaines de réinfections qui peuvent être confirmées. Mais ça fait déjà quelques %, certainement plus que si la même analyse est faite sur les cas dont le test de criblage indique qu'ils ont été infectés par le variant UK ou les autres. Peut-être pas encore de quoi produire (et publier) des résultats précis en termes de risque de réinfection, mais au moins donner un signal.

[obi76]

J'espère qu'au moins les professionnels commencent à avoir des données...

Oui oui, ils en ont vraiment beaucoup. Mais après détecter des signaux faibles, ou chercher des évènements vraiment rares, ça met du temps...

Comme je le disais sur l'autre fil : les cas de réinfection (de la souche originale, i.e. avant que les variants n'arrivent en France) étaient de l'ordre de 1 pour 100 000. Je te laisse imaginer le nombre de tests à analyser pour réussir à faire des stats avec ça .

[yves95210]

Oui oui, ils en ont vraiment beaucoup. Mais après détecter des signaux faibles, ou chercher des évènements vraiment rares, ça met du temps...

Comme je le disais sur l'autre fil : les cas de réinfection (de la souche originale, i.e. avant que les variants n'arrivent en France) étaient de l'ordre de 1 pour 100 000. Je te laisse imaginer le nombre de tests à analyser pour réussir à faire des stats avec ça .

Oui, mais il en l'occurrence il s'agit seulement d'analyser d'une part les cas dont le PCR de criblage est positif pour les variants SA/BR (environ 5000 par semaine), d'autre part un nombre équivalent de cas dont le PCR de criblage est négatif pour les mêmes variants. Et l'analyse consiste simplement à regarder si les patients concernés ont déjà eu un test PCR+ plus de (par ex.) deux mois avant.

Cela n'est pas d'une fiabilité exemplaire compte-tenu du fait que tous les anciens infectés n'ont pas été testés (et parmi eux probablement encore moins les asymptomatiques), ce qui conduirait à sous-estimer le nombre de réinfections. Et aussi que, encore aujourd'hui, les asymptomatiques sont probablement moins testés, et si (comme c'est envisagé) les réinfections sont en général plus bénignes, ça conduirait aussi à sous-estimer le nombre de réinfections. Mais de la même façon pour les réinfections dues aux autres variants (on en trouvera probablement 0). Donc la présence de quelques % de réinfections confirmées parmi les patients infectés par les variants SA/BR serait déjà un signal fort.

[obi76]

Certes, mais visiblement il y a une certaine hétérogénéité de mode de fonctionnement des labos qui font ces tests... C'est logistiquement pas si simple...

[yves95210]

Certes, mais visiblement il y a une certaine hétérogénéité de mode de fonctionnement des labos qui font ces tests... C'est logistiquement pas si simple...

Ben si tous les PCR+ sont tracés (ce qui devrait être le cas) et qu'on dispose des identifiants des personnes concernées, il suffirait que les PCR de criblage positifs le soient aussi pour pouvoir les corréler avec d'anciens PCR+. Cela ne paraît pas si compliqué...

[obi76]

Ben si tous les PCR+ sont tracés (ce qui devrait être le cas) et qu'on dispose des identifiants des personnes concernées, il suffirait que les PCR de criblage positifs le soient aussi pour pouvoir les corréler avec d'anciens PCR+. Cela ne paraît pas si compliqué...

C'est pas compliqué sur le papier, mais comme je disais il n'y a pas d'homogénéité en terme de remontée des infos et de fonctionnement des labos qui effectuent le séquençage des PCR

[yves95210]

C'est pas compliqué sur le papier, mais comme je disais il n'y a pas d'homogénéité en terme de remontée des infos et de fonctionnement des labos qui effectuent le séquençage des PCR

OK pour ceux qui effectuent le séquençage, mais ceux qui font les PCR de criblage ne sont-ils pas les mêmes (ou un sous-ensemble) que ceux qui font les PCR "tout court" et remontent leurs résultats à SIDEP ?

[obi76]

Ca aucune idée...

[yves95210]

En résumé, faute d'organisation ou de communication/collaboration entre les différents acteurs, on se prive de données qui pourraient fournir des indications (même approximatives) en quasi-temps réel, et il faut plusieurs mois pour que les études produisent des résultats, certes plus solides mais bien après le moment où ils auraient été utiles.
C'est certainement bon pour la science, mais beaucoup moins pour l'efficacité de la lutte contre l'épidémie...

[yves95210]

Quoi qu'il en soit, même faute de connaissance précise du risque de réinfection par les variants (on sait juste qu'il n'est pas négligeable), est-ce que ça ne te paraît pas aberrant de faire des projections n'en tenant pas compte, alors que (en IdF) plus de 50% des moins de 50 ans ont déjà été infectés, et plus de 50% des plus âgés sont eux-aussi immunisés, soit suite à une infection soit par les vaccins ?

Cela ne me paraît quand-même pas insurmontable de modéliser ça, et de faire tourner le modèle avec plusieurs hypothèses sur le risque de réinfection et sur la transmissibilité des variants (et de voir si l'une de ces hypothèses produit des résultats à peu près conforme aux observations des dernières semaines, expliquant la progression des variants SA/BR).

[obi76]

C'est certainement bon pour la science, mais beaucoup moins pour l'efficacité de la lutte contre l'épidémie...

Il y a énormément de choses qui auraient pu être bons pour la science et qui n'ont pas été faites, du coup qui n'ont pas été utilisées pour la lutte épidémique. Et quand bien même ça l'aurait été, les politiques n'écoutent rien.

Donc...

[yves95210]

Il y a énormément de choses qui auraient pu être bons pour la science et qui n'ont pas été faites, du coup qui n'ont pas été utilisées pour la lutte épidémique. Et quand bien même ça l'aurait été, les politiques n'écoutent rien.

En même temps, quand je vois que les dernières projections publiées ne tiennent pas compte (même sous forme d'hypothèse) du risque de réinfection ou infection des vaccinés par les variants SA/BR...
Si j'avais des décisions à prendre aujourd'hui et qu'on me disait que, comme on n'aura que dans x mois une étude permettant de quantifier ce risque, on préfère ne pas en tenir compte dans les scénarios, j'aurais aussi tendance à ne pas écouter. Mais je privilégierais probablement le scénario le pire...

[obi76]

Ben oui, mais faire des études, cela nécessite des moyens (ne serai-ce que financiers)... et les moyens ne sont pas là.

[yves95210]

Salut,

à défaut de projections issues de modèles épidémiologiques plus sophistiqués et tenant compte du risque de réinfection ou infection post-vaccinale par un "variant of concern" (VOC), j'ai essayé de regarder ce que ça donne avec un "bête" modèle SEIR.

Le graphique ci-dessous donne les résultats en nombres d'infectés (compartiments I2 pour le VOC, I1 pour les variants antérieurs), pour une population de 1 million dont 50% sont immunisés contre les variants antérieurs au début de la simulation (3 avril). L'incidence initiale est d'environ 0,8% (dont un peu moins de 4% dus au VOC), et le taux de reproduction effectif de 1,04. D'autre part 3000 personnes sont vaccinées quotidiennement (environ 9% de la population sont vaccinés chaque mois).

J'ai considéré que le VOC est aussi transmissible que les variants antérieurs, mais que l'immunité post-vaccinale ou post-infection ne protège que partiellement contre une infection par le VOC. Dans le modèle cela consiste simplement à considérer que N% des guéris de l'infection par les variants antérieur passent du compartiment I1 au compartiment R et (100-N)% au compartiment S2; de même N% des vaccinés passent de S1 à R et (100-N)% à S2.

La simulation tient compte d'un assouplissement progressif des mesures de freinage, augmentant le taux de reproduction d'environ 10% à chaque étape, le 3 mai, le 19 mai, le 9 juin et le 30 juin (dates bien sûr parfaitement arbitraires )



PS : ceci est une œuvre de fiction, toute ressemblance avec l'épidémie causée par un virus réel et ses variants, dans une région quelconque d'un pays réel, serait purement fortuite.

[yves95210]

Par curiosité, j'ai regardé ce que donnerait la même simulation, appliquée au cas de Manaus à partir du 1er décembre, dans une population censée être immunisée à 70% et sans mesures de freinage (le taux de reproduction était proche de 1 grâce à l'immunité et le nombre de cas assez faible); un lockdown a été imposé à partir du 26 décembre.



PS : évidemment, dans cette simu il n'y a pas de vaccination.

[yves95210]

J'ai corrigé la simu ci-dessous pour tenir compte d'un % d'immunisés plus proche de la réalité en IdF début avril (35 à 40% d'immunisés post-infection, plus quelques % de vaccinés). Les autres hypothèses sont inchangées :

Le graphique ci-dessous donne les résultats en nombres d'infectés (compartiments I2 pour le VOC, I1 pour les variants antérieurs), pour une population de 1 million dont 40% sont immunisés contre les variants antérieurs au début de la simulation (3 avril). L'incidence initiale est d'environ 0,8% (dont un peu moins de 4% dus au VOC), et le taux de reproduction effectif de 1,04. D'autre part 3000 personnes sont vaccinées quotidiennement (environ 9% de la population sont vaccinés chaque mois).

J'ai considéré que le VOC est aussi transmissible que les variants antérieurs, mais que l'immunité post-vaccinale ou post-infection ne protège que partiellement contre une infection par le VOC. Dans le modèle cela consiste simplement à considérer que N% des guéris de l'infection par les variants antérieur passent du compartiment I1 au compartiment R et (100-N)% au compartiment S2; de même N% des vaccinés passent de S1 à R et (100-N)% à S2.

La simulation tient compte d'un assouplissement progressif des mesures de freinage, augmentant le taux de reproduction d'environ 10% à chaque étape, le 3 mai, le 19 mai, le 9 juin et le 30 juin (dates bien sûr parfaitement arbitraires )

[Amanuensis]

Le problème est qu'un nouveau VOC va apparaître... Et ça va recommencer.

Il me semble possible qu'on va atteindre un régime comparable au rhume. Combien "d'infectés" à un rhume dû à une catégorie donnée de virus en année courante ?

Si cela évolue dans ce sens, encore une fois le nombre d'infectés n'est pas la donnée pertinente (qui s'intéresse au nombre d'infectés par des rhumes ? Qui fait des tests PCR pour détecter les asymptomatiques d'un virus du rhume ?). À se polariser sur un "nombre d'infections", on va finir par soigner les chiffres, pas les malades (travers déjà présents dans d'autres compartiments de la médecine "moderne").

C'est les formes graves dont il faut suivre l'évolution.

[yves95210]

Le problème est qu'un nouveau VOC va apparaître... Et ça va recommencer.

Probablement. Et de toute façon on sait que l'immunité (au moins humorale) va diminuer progressivement, même face au même variant ou à un autre censé ne pas y échapper, et que si elle semble encore être assez bonne au bout d'un an, ça ne sera probablement pas le cas à plus long terme. Et on ne sait pas encore à quel point l'immunité cellulaire, à défaut de protéger contre les réinfections, protégera contre les cas graves.

Il me semble possible qu'on va atteindre un régime comparable au rhume. Combien "d'infectés" à un rhume dû à une catégorie donnée de virus en année courante ?

Probablement aussi. On ne dispose pas encore de stats sur les réinfections, permettant de quantifier leur gravité (ou leur bénignité) moyenne par rapport à la primo-infection. On devrait en savoir plus dans les prochains mois...
Mais ce n'est de toute façon qu'à partir de l'hiver 2021-2022 au plus tôt que ce régime commencera à être atteint. Et pas dans les pays qui ont été faiblement touchées (à moins que leur population soit largement vaccinée).

Si cela évolue dans ce sens, encore une fois le nombre d'infectés n'est pas la donnée pertinente (qui s'intéresse au nombre d'infectés par des rhumes ? Qui fait des tests PCR pour détecter les asymptomatiques d'un virus du rhume ?). À se polariser sur un "nombre d'infections", on va finir par soigner les chiffres, pas les malades (travers déjà présents dans d'autres compartiments de la médecine "moderne").
C'est les formes graves dont il faut suivre l'évolution.

La simu ci-dessus n'avait pas pour but de "prédire" l'évolution de la gravité de l'épidémie. Pour cela il faut évidemment inclure dans la projection la proportion de cas graves (hospitalisation et réa); mais pour cela, on retombe sur le problème précédent : on connaît à peu près la valeur de ce paramètre pour le variant historique (par tranche d'âge), mais on n'a pas de données sur son évolution lors des réinfections (ou infections de vaccinés) par les nouveaux VOC. Et bien sûr il faudrait utiliser un modèle plus fin, par catégorie de population (âge + avec ou sans comorbidité), tenant compte aussi de l'avancement de la vaccination dans chaque catégorie.

En attendant, si on fait l'hypothèse "nulle" d'une même proportion de cas graves par tranche d'âge lors des réinfections par le VOC, l'augmentation de l'incidence se traduit forcément par une augmentation des hospitalisations et entrées en réa. Et l'exemple de Manaus ne porte pas trop à l'optimisme sur une moindre gravité des réinfections (mais il ne dit rien sur l'efficacité des vaccins contre le VOC).

Si par chance cette proportion est (par ex.) divisée par 2, ce n'est pas compliqué d'extrapoler le nombre d'hospitalisations à partir du nombre de cas.
Mais la vague que montre la simu durant l'été dans le cas défavorable touche une population dont une partie n'a encore jamais été infectée, ni vaccinée : 25 à 30% de la population (et un peu plus que la partie de la population "immunisée" mais susceptible d'être infectée - peut-être moins gravement - par le VOC) quand la part du VOC atteint 50% des cas dans l'une ou l'autre des deux projections représentées. Et dans cette partie, il n'y a pas de raison que les infections causées par le VOC soient moins graves. Même si les réinfections sont 2 fois moins graves, le nombre d'hospitalisations ne sera pas 2 fois plus faible.
Donc perso j'éviterais de faire preuve de trop d'optimisme à propos du nombre d'hospitalisations que risque de provoquer une nouvelle vague causée par les VOC "réinfectants".

Mais de toute façon la principale incertitude porte sur le risque de réinfection / infection de vaccinés par les VOC : on voit bien sur le graphique que si l'immunité acquise ne protège qu'à 60% (ou moins, évidemment), la situation n'est pas du tout la même que si elle protège à 70% (ou plus). Dans le deuxième cas, même si les réinfections ne s'avèrent pas en général plus bénignes, des mesures pas plus restrictives que l'été dernier seront probablement suffisantes pour passer le cap. Dans le premier, c'est loin d'être évident.
Et les mesures devront s'adapter à la réalité, donc aucune de ces projections (dans lesquelles l'impact des mesures sur le taux de reproduction est fixé arbitrairement) ne peut prédire ce qu'il va se passer.

[Amanuensis]

En attendant, si on fait l'hypothèse "nulle" d'une même proportion de cas graves par tranche d'âge lors des réinfections par le VOC

Perso je suis assez optimiste, par extrapolation de l'histoire. L'humanité existe depuis quelque temps, et les coronavirus, rhinovirus, et compagnie aussi. Et le résultat des épidémies éventuelles passées, c'est une stabilisation avec des formes majoritairement peu graves, des "rhumes" qui reviennent en fonction des mutations. Désagréables, certes, mais on vit avec, y compris une petite proportion de cas graves.

Au naturel, j'imagine que la transition (passage à une faible proportion de cas graves) dure une ou deux générations humaines, pour que les infections concernent principalement les jeunes. Avec les vaccins, on va diminuer cette durée.

, l'augmentation de l'incidence se traduit forcément par une augmentation des hospitalisations et entrées en réa. Et l'exemple de Manaus ne porte pas trop à l'optimisme sur une moindre gravité des réinfections

Je ne vois pas pourquoi. On a une idée de la proportion des habitants qui étaient immunisés contre une première souche ?

Si par chance cette proportion est (par ex.) divisée par 2

Ma remarque porte évidemment sur la connaissance qu'on a ou pourrait avoir sur cette proportion. Et je pense qu'elle doit baisser, à cause (comme déjà remarqué) du décès des personnes les plus fragiles...

Et dans cette partie, il n'y a pas de raison que les infections causées par le VOC soient moins graves.

Si, il y a une raison : moins de personnes fragiles. (On ne peut pas supposer juste comme ça que les infections soient totalement "indépendantes", que ce soit poissonien, sans mémoire. Autrement dit, ne pas avoir été contaminé lors d'une première vague apporte une information. Reste à la quantifier...)

[pascelus]

Perso je suis assez optimiste, par extrapolation de l'histoire. L'humanité existe depuis quelque temps, et les coronavirus, rhinovirus, et compagnie aussi. Et le résultat des épidémies éventuelles passées, c'est une stabilisation avec des formes majoritairement peu graves, des "rhumes" qui reviennent en fonction des mutations.)

Je serais bien d'accord aussi avec cet optimisme si ce n'était les nouvelles conditions de propagation dans notre société moderne de transports et de contacts sociaux, qu'on ne retrouvait pas à ce niveau là dans l'histoire passée. Si ce "nomadisme" des gens n'était qu'une accélération de la pandémie passerait encore, mais en quel sens favorise t'il aussi l'irruption de nombreux variants plus rapidement que les immunisations?
Dans ce sens on peut compter aussi cyniquement sur l'élimination (darwinienne) des personnes fragiles, sauf si de nouveaux variants font fluctuer cette notion de fragilité à d'autres catégories de population.

[yves95210]

Perso je suis assez optimiste, par extrapolation de l'histoire. L'humanité existe depuis quelque temps, et les coronavirus, rhinovirus, et compagnie aussi. Et le résultat des épidémies éventuelles passées, c'est une stabilisation avec des formes majoritairement peu graves, des "rhumes" qui reviennent en fonction des mutations. Désagréables, certes, mais on vit avec, y compris une petite proportion de cas graves.

Au naturel, j'imagine que la transition (passage à une faible proportion de cas graves) dure une ou deux générations humaines, pour que les infections concernent principalement les jeunes. Avec les vaccins, on va diminuer cette durée.

Disons alors qu'il s'agit d'un optimisme mesuré Une ou deux générations, ça fait long à l'échelle de nos vies individuelles...
Mais je suis d'accord avec toi. Et même avant ces une ou deux générations, il est probable que, la grande majorité de la population ayant déjà rencontré le virus au moins une fois, elle reste au moins partiellement immunisée même contre ses variants - pas au point d'éviter les infections et la transmission du virus, mais sans-doute de réduire la proportion de cas graves.

Je ne vois pas pourquoi. On a une idée de la proportion des habitants qui étaient immunisés contre une première souche ?

Les épidémiologistes brésiliens parlaient de 76% [IC: 67% à 98%] en octobre (la prévalence des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 dans les sérologies des donneurs de sang dépassait déjà 50% en juin, et le fait que cette étude soit basée sur les donneurs de sang est plutôt considéré comme un biais sous-estimant la prévalence réelle, car les personnes présentant des symptômes de Covid en étaient exclues).

Ma remarque porte évidemment sur la connaissance qu'on a ou pourrait avoir sur cette proportion. Et je pense qu'elle doit baisser, à cause (comme déjà remarqué) du décès des personnes les plus fragiles...

Si on exclut les EHPAD (cas particulier du fait de la vie en collectivité), les personnes les plus fragiles, en particulier les plus âgées, sont celles qui ont été les moins infectées (environ 3 fois moins d'infectés proportionnellement à leur nombre parmi les 70+ que parmi les 20-50 ans); d'une part grâce parce qu'elles ont habituellement moins d'interactions sociales, d'autre part parce que beaucoup d'entre elles se sont plus protégées (et ont été protégées par leurs proches).
C'est plutôt la vaccination, et la priorité donnée aux plus vulnérables, qui change la donne.

Si, il y a une raison : moins de personnes fragiles. (On ne peut pas supposer juste comme ça que les infections soient totalement "indépendantes", que ce soit poissonien, sans mémoire. Autrement dit, ne pas avoir été contaminé lors d'une première vague apporte une information. Reste à la quantifier...)

Je suis d'accord, plus à cause de l'effet de la vaccination que de celui de l'élimination des plus fragiles. C'est pour ça qu'un "bon" modèle (même basé sur SEIR) devrait être segmenté par catégories de population, et inclure le compartiment Décès (modèle SEIRD), mais aussi V(accinés).

J'ai aussi fait une simu basée sur un tel modèle (avec juste deux catégories : vulnérables / non vulnérables) et tenant compte du calendrier de la campagne de vaccination, commençant par les plus vulnérables. Mais ça multiplie les paramètres sur lesquels je ne peux faire que des hypothèses arbitraires (par ex. pour quantifier les probabilités de transmission entre les différentes catégories, et au sein de chacune) faute de données sur lesquelles m'appuyer. D'autre part, la catégorie "vulnérable" est trop simplificatrice, les risques d'hospitalisation et décès n'étant pas les mêmes (et de loin) pour des personnes avec comorbidités, selon leur âge (et là encore, je n'ai pas accès à des données permettant de chiffrer précisément ces risques, les seules dont je dispose sont les taux d'hospitalisations et de décès par tranche d'âge, indépendamment des comorbidités).

Donc j'ai laissé tomber. Faut bien laisser du boulot aux vrais modélisateurs en épidémiologie...

Et dans le cas présent, je n'ai pas essayé d'utiliser cette simu plus compliquée, puisque mon objectif était juste de regarder à la louche (cf. le PS du premier message où j'ai collé un graphique...) quel serait l'impact sur la dynamique de l'épidémie de différents taux de protection des "immunisés" contre l'infection par les VOC.

Mais quant aux taux d'hospitalisations et d'entrées en réa, même sans parler des réinfections, il y a déjà une évolution nette depuis le début de l'année, due à la baisse de l'âge moyen (effet de la vaccination) : si le taux d'hospitalisation par tranche d'âge estimés pour le variant historique restent valides pour le variant UK, globalement le ratio hospitalisés / infectés est tombé de plus de 3,5% à moins de 2,5% avant le renforcement des mesures. Et le ratio entrées en réa / hospitalisés toutes tranches d'âge confondues est passé d'environ 16% à environ 23% (peut-être en partie à cause du variant UK, mais surtout à cause de forte diminution de la part des 75+ dans les hospitalisations, alors qu'ils sont beaucoup plus rarement placés en réa).

[Amanuensis]

Disons alors qu'il s'agit d'un optimisme mesuré Une ou deux générations, ça fait long à l'échelle de nos vies individuelles...

C'est surtout qu'on est tellement bien protégé des maladies infectieuses maintenant qu'on a perdu de vue ce que c'était dans le temp (variole, peste, typhus, choléra, et j'en passe). On n'accepte plus l'idée que "l'état naturel" est une lutte permanente entre les pathogènes et nos systèmes immunitaires. Bref, mon "optimisme" prend plutôt en référence cet état là que tout ce qu'apporte pour le moment les techniques anti-pathogènes, qui peuvent montrer des faiblesses à tout moment... Un optimisme sur fond d'un gros pessimisme !

Les épidémiologistes brésiliens parlaient de 76% [IC: 67% à 98%] en octobre (la prévalence des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 dans les sérologies des donneurs de sang dépassait déjà 50% en juin, et le fait que cette étude soit basée sur les donneurs de sang est plutôt considéré comme un biais sous-estimant la prévalence réelle, car les personnes présentant des symptômes de Covid en étaient exclues).

Ah oui. Ennuyeux.

[yves95210]

Autre chose : dans le premier message de ce fil, je disais qu'on pouvait expliquer la progression des variants SA ou BR en IdF par un risque d'infection augmenté de 30% pour les personnes immunisées contre les anciens variants. Mais si ma simu est correcte, ça ne suffit pas, il faudrait que cette augmentation soit supérieure à 40% (à transmissibilité équivalente à celle du variant UK).

Cette différence peut s'expliquer par le fait que les personnes se pensant à l'abri (vaccinées ou ayant déjà eu le Covid) ont tendance à moins se protéger, ce qui devrait évoluer quand le risque de réinfection sera mieux perçu par l'ensemble de la population (pour le moment l'augmentation de l'incidence des variants SA/BR en IdF n'a pas fait les gros titres des média, et les conséquences possibles n'en ont pas été suffisamment mises en avant).

[Amanuensis]

Cette différence peut s'expliquer par le fait que les personnes se pensant à l'abri (vaccinées ou ayant déjà eu le Covid) ont tendance à moins se protéger, ce qui devrait évoluer quand le risque de réinfection sera mieux perçu par l'ensemble de la population

Bof... Avec des annonces comme celles du pass sanitaire, le gouvernement va à l'encontre de cette perception.