Les vaccins donnent-ils un réel avantage suplémentaire aux variants échappant ?

[FabiFlam]

https://www.20minutes.fr/sante/30297...avoir-avantage

On lit ce genre d'info dans la presse, mais je me demande jusqu'à quel point c'est vrai, voici mes arguments:

1) Si des variants échappent à l'immunité qu'elle soit naturelle ou vaccinale ils vont évidemment se diffuser quelle que soit l'origine de l'immunité en question.
En quoi le fait d'utiliser des vaccins change quoi que ce soit de ce point de vue ? Ca retarde à mon avis plutôt la diffusion de ce type de variants non ?

2) On dirait que les gens font une analogie parfaite entre le phénomène de résistance aux antibiotiques et l'échappement immunitaire des virus. Mais les virus se reproduisent et mutent au sein des cellules: si on les empêche d'y arriver par gestes barrières ou vaccin, ils ne se reproduiront plus et ne muteront plus.

Maintenant oui, il y a peut-être suffisamment de personnes infectées dans le monde pour que même avec un R très faible il y ait un "réservoir" de variants suffisant pour que les vaccins actuels ne suffisent pas à stopper complètement l'épidémie: il faudra conserrver les gestes barrières jusqu'à ce que ce soit le cas.

Cependant il me semble qu'il n'est pas correct de dire que les vaccins donnent un avantage à ces variants échappant.

FabiFlam
-----

[FabiFlam]

Pour préciser: les variants les plus embêtants sont, me semble t-il, apparus dans des populations non pas vaccinées mais au sein desquels la souche historique pouvait avoir largement circulé.

FabiFlam

[trebor]

Pour préciser: les variants les plus embêtants sont, me semble t-il, apparus dans des populations non pas vaccinées mais au sein desquels la souche historique pouvait avoir largement circulé.

FabiFlam

Bonjour, moins de contaminé = moins de mutation du virus, donc les gestes barrières sont ce qui est le plus efficaces pour se préserver d'une infection.
Les vaccins nous permettent de réduire les infections graves et donc la mortalité.

Les variants qui ne sont pas sensibles aux vaccins, ne peuvent nous échapper que par les gestes barrières et donc finir par disparaître d'eux-même en attendant les nouveaux vaccins pouvant agir efficacement sur tous les variants dangereux.

[yves95210]

Bonjour,

Voici une réponse à cette question par un professeur en santé publique et un professeur en biologie évolutive appliquée (sur le fil twitter du premier), avec des liens vers plusieurs publications : https://twitter.com/BillHanage/statu...89919524331521
En résumé : la meilleure façon de lutter contre l'émergence de variants préoccupants est de diminuer le nombre d'infections. Et le meilleur moyen d'y arriver est la vaccination.

[A voir en vidéo sur Futura]

[yves95210]

PS : le premier lien dans le fil twitter cité ci-dessus pointe vers un article des mêmes auteurs, plus lisible.

[Amanuensis]

1) Si des variants échappent à l'immunité qu'elle soit naturelle ou vaccinale ils vont évidemment se diffuser quelle que soit l'origine de l'immunité en question.

Oui

En quoi le fait d'utiliser des vaccins change quoi que ce soit de ce point de vue ?

Pour un variant déjà apparu, rien.

Ca retarde à mon avis plutôt la diffusion de ce type de variants non ?

Non. Cela ne change rien. Un variant déjà existant se diffusera de la même manière quelle que soit la proportion des personnes immunes à une autre lignée, par définition même de "échapper à l'immunité acquise avec une autre lignée ".

[En fait, non, mais je laisse trouver le pourquoi, c'est assez cynique.]

2) On dirait que les gens font une analogie parfaite entre le phénomène de résistance aux antibiotiques et l'échappement immunitaire des virus.

Et ils ont raison, tant qu'on parle de lignées résistantes déjà existantes.

Mais les virus se reproduisent et mutent au sein des cellules: si on les empêche d'y arriver par gestes barrières ou vaccin, ils ne se reproduiront plus et ne muteront plus.

Oui, mais cela concerne le rythme d'apparition de variants, pas la diffusion de variants résistants déjà existants.

Maintenant oui, il y a peut-être suffisamment de personnes infectées dans le monde pour que même avec un R très faible il y ait un "réservoir" de variants suffisant pour que les vaccins actuels ne suffisent pas à stopper complètement l'épidémie: il faudra conserrver les gestes barrières jusqu'à ce que ce soit le cas.

Oui

Cependant il me semble qu'il n'est pas correct de dire que les vaccins donnent un avantage à ces variants échappant.

C'est pourtant le cas au sens de "avantage" en théorie de l'évolution. Le vaccin fait disparaître les lignées non résistantes, et donc, obligatoirement, les résistants sont avantagés !

[yves95210]

@FabiFlam : je n'avais pas lu l'article cité dans ton premier message, mais il est bien plus nuancé que ce que tu sembles dire.
De manière générale, le message est que l'immunité (naturelle ou vaccinale) donne un avantage aux variants qui y échappent partiellement. De ce point de vue, la manière dont l'immunité a été acquise importe peu.

On en voit peut-être une illustration avec l'augmentation actuelle de la part des variants sud-africain et/ou brésilien en Ile de France^(*), alors que leur contagiosité est réputée un peu plus faible (et en tout cas pas plus élevée) que celle du variant anglais qui représente la quasi-totalité des autres cas.
(*) Malheureusement les tests de criblage ne permettent pas de différencier les deux variants en question. Dans l'explication ci-dessous je ne les différencie donc pas.

Mais il se trouve que l'IdF est la région où le pourcentage de personnes ayant été infectées est le plus élevé (probablement supérieur à 50% des 30-50 ans, 40% tous âges confondus, entre 25 et 30% des 50-70 ans, moins de 20% des 70+, mais une majorité des 70+ et une proportion non négligeable des 50-70 sont vaccinés totalement ou partiellement, donc on peut estimer que, globalement, l'immunité de la population est supérieure à 50%).

En supposant (ce n'est qu'un exemple, ayant pour but de montrer que même un échappement même partiel peut produire un effet significatif)
- que les variants SA et BR augmentent de 30% le risque de réinfection ou d'infection d'une personne vaccinée (ce qui revient à dire que vis-à-vis d'eux ce ne sont pas 50% de la population qui sont susceptible d'être infectés, mais 65%),
- que par ailleurs leur Ro soit égal à celui du variant UK,
l'effet de l'immunité collective partielle combiné à celui des mesures conduirait à un R(t) 1,3 fois supérieur pour les variants SA/BR que pour le variant UK.
Comme en moyenne sur l'ensemble des infections, largement dominé par le variant UK jusqu'à présent, R(t) est de 0,9 à 0,95 en IdF depuis quelque temps, le R(t) de "l'épidémie de variants SA/BR" serait donc d'environ 1,2, leur permettant non seulement de représenter une part croissante des nouveaux cas, mais aussi de causer un nombre de cas croissant en valeur absolue. Accessoirement, leur augmentation ne prouve absolument pas qu'ils sont plus contagieux, contrairement à ce que semble dire Rémi Salomon dans le lien ci-dessus.

Mais en l'occurrence, la couverture vaccinale ne joue encore qu'un rôle mineur, puisque c'est de loin parmi les moins de 50 ans que l'incidence est la plus élevée.
On se retrouve en fait de nouveau dans une course entre la vaccination et les variants SA/BR, comme depuis janvier entre la vaccination et le variant UK : à mesures et comportements constants, dans l'exemple ci-dessus il "suffirait" que 20% supplémentaires de la population soient immunisés (donc au total 70%) pour stopper la progression des variants SA/BR en valeur absolue (= faire baisser le nombre de nouveaux cas qu'ils provoquent): la population susceptible ne serait plus que d'environ 30% pour le variant UK et d'environ 50% pour les variants SA/BR, identique à la population susceptible pour le variant UK aujourd'hui, conduisant à un R(t)<1 pour ces derniers.
En ne comptant que sur l'infection pour immuniser ces 20% supplémentaires, au taux d'incidence actuel il faudrait encore 4 à 5 mois, durant lesquels les mesures actuelles devraient être au minimum maintenues, voire renforcées. Mais au rythme actuel de la campagne de vaccination, fin mai 15% supplémentaires de la population auront reçu leur deuxième dose Pfizer ou Moderna, ou leur première dose AZ depuis plus de 4 semaines, et seront correctement immunisées. Le même objectif sera donc atteint environ 3 mois plus tôt.
Remarque : si mon analyse est correcte, il serait probablement préférable d'élargir la vaccination aux 18-50 ans au plus vite, même au détriment des plus âgés, pour éviter que l'incidence des variants SA/BR continue d'augmenter puisque c'est dans cette tranche d'âge que le nombre de contaminations est de loin le plus élevé.

[yves95210]

Non. Cela ne change rien. Un variant déjà existant se diffusera de la même manière quelle que soit la proportion des personnes immunes à une autre lignée, par définition même de "échapper à l'immunité acquise avec une autre lignée ".

Ce n'est vrai que si le variant échappe totalement à l'immunité acquise suite à l'infection par les variants antérieurs ou à la vaccination. Mais c'est heureusement loin d'être le cas des "VOC" actuels.
En revanche, ce qui reste vrai, c'est qu'à contagiosité identique il prendra le dessus par rapport aux variants antérieurs.

[FabiFlam]

Yves.

Merci pour les compléments, je comprends bien les arguments de Bill Hanage ils sont proches de ce que je pense.

@Amanuensis: tes remarques ne tiennent pas compte du fait que, si j'ai bien compris, les variants sont là quasiment depuis le début étant donné que la diversité virale intra-hôte est élevée. Du coup, ce sont les variants les plus contagieux qui se propagent le plus dans un premier temps et ceux qui échappent le plus à l'immunité dans un deuxième temps.

Ça me semble logique, mais ma logique est très simple car le détail des mécanismes m'échappe.

FabiFlam

[Amanuensis]

@Amanuensis: tes remarques ne tiennent pas compte du fait que, si j'ai bien compris, les variants sont là quasiment depuis le début étant donné que la diversité virale intra-hôte est élevée. Du coup, ce sont les variants les plus contagieux qui se propagent le plus dans un premier temps et ceux qui échappent le plus à l'immunité dans un deuxième temps.

Pas compris. Je distingue le cas des variants déjà apparus et de variants qui vont apparaître. Où est le problème ? En quoi cela ne "tient pas compte" de quelque chose ? (Et quelle est la différence entre "déjà apparu" et "là quasiment depuis le début" ???

[Amanuensis]

Et "les variants les plus contagieux qui se propagent le plus", n'était-elle pas une tautologie ?

(L'idée était, j'imagine, que les variants résistants ne sont pas les plus contagieux au début ...)

[FabiFlam]

Oui c'est une tautologie, je suis d'accord : ce que je voulais dire c'est qu'il y a une évolution au cours du temps du variant le plus transmis. Quant aux variants "là depuis le début", certains se transmettant peu, n'étaient pas forcément détectés justement. Mais comme la diversité intra-hôte est élevée, il semble évident que tous les variants actuels ont été produits assez peu de temps après le début de la pandémie.

FabiFlam

[Amanuensis]

Mais comme la diversité intra-hôte est élevée, il semble évident que tous les variants actuels ont été produits assez peu de temps après le début de la pandémie.

?? Je ne vois aucune évidence à ça.

----

Et je reste insatisfait de la critique "pas pris en compte...".

Si l'une des mes remarques étaient considérée incorrecte, cela m'intéresse de savoir laquelle ou lesquelles, de façon que j'examine et corrige éventuellement. Je n'apprécie pas les critiques "vagues", auxquelles on ne peut pas répondre.

[yves95210]

Mais comme la diversité intra-hôte est élevée, il semble évident que tous les variants actuels ont été produits assez peu de temps après le début de la pandémie.

Probablement pas, car s'ils ont un avantage en termes de contagiosité, ils se seraient propagés beaucoup plus vite au détriment des variants "historiques". Comme d'ailleurs le D614G à partir de février 2020 (il ne lui a fallu que 2 mois pour représenter environ 90% des cas en Europe).

En revanche il est possible qu'un variant qui favorise les réinfections mais n'est pas plus contagieux que les autres en circulation reste "dormant" assez longtemps, tant que le pourcentage de la population immunisé contre les autres variants est faible.
Mais ce n'est pas le cas des variants SA et BR, puisque ceux-ci semblent également être plus contagieux et auraient donc dû se propager plus vite que les variants "historiques" dès leur émergence si celle-ci avait eu lieu au début de la pandémie.

[yves95210]

Mais ce n'est pas le cas des variants SA et BR, puisque ceux-ci semblent également être plus contagieux

Remarque, je n'en sais rien. C'est ce qui se dit un peu partout, mais je ne sais pas si une étude a comparé les deux hypothèses (contagiosité accrue + capacité de réinfection vs. capacité de réinfection seule mais plus élevée) vis-à-vis des données réelles :
ces variants n'ont été détectés (parce qu'ils commençaient à représenter suffisamment de cas pour que l'un des rares génomes séquencés ait une chance d'être le leur) qu'au cours de la deuxième vague, alors qu'un part importante de la population avait été infectée, en particulier à Manaus. Etant capable de réinfecter plus de gens, il peuvent très bien s'être propagés alors plus vite que les variants historiques sans être intrinsèquement (=dans une population naïve) plus contagieux.
Le seul élément qui laisse penser qu'ils le sont très probablement est le fait qu'ils partagent avec le variant UK la mutation qui rend ce dernier plus contagieux.

En fait il faudrait regarder si ces variants se sont propagé plus vite que le variant historique dans des pays qui avaient été peu touchés par l'épidémie avant l'automne 2020 et dont la population était donc peu immunisée.

[FabiFlam]

Non Yves ce n'est pas ce que j'ai exprimé : les variants échappant ne sont pas forcément plus transmissibles, au début de la pandémie l'immunité permet le passage des variants avec la meilleure transmissibilité "naturelle" mais au fur et à mesure que les individus s'immunisent soit par contact soit par vaccination les variants échappant à l'immunité prennent plus de poids. Même s'ils étaient présents avant, ils ne se transmettaient pas autant.

Et en fait Amanuensis, je pense que étant donné que la diversité intra-hôte est élevée, c'est que les mutations sont fréquemment produites au sein d'un même hôte et que cette caractéristique existait vraisemblablement déjà au début de l'épidémie.

Du coup mon idée est qu'avec ou sans vaccination, les variants échappant l'immunité existent et se propageront inévitablement en l'absence de gestes barrières ou de nouvelles stratégies immunitaires.

FabiFlam

[yves95210]

Non Yves ce n'est pas ce que j'ai exprimé : les variants échappant ne sont pas forcément plus transmissibles, au début de la pandémie l'immunité permet le passage des variants avec la meilleure transmissibilité "naturelle" mais au fur et à mesure que les individus s'immunisent soit par contact soit par vaccination les variants échappant à l'immunité prennent plus de poids. Même s'ils étaient présents avant, ils ne se transmettaient pas autant.

c'est aussi ce que je t'ai répondu... ("il est possible qu'un variant qui favorise les réinfections mais n'est pas plus contagieux que les autres en circulation reste "dormant" assez longtemps, tant que le pourcentage de la population immunisé contre les autres variants est faible.")

Mais l'hypothèse que tu exprimais ("tous les variants actuels ont été produits assez peu de temps après le début de la pandémie.") est quand-même difficilement compatible avec le fait que ces variants (on parle du SA et du BR, mais aussi du UK) sont plus contagieux que ceux qui se sont propagés durant la première vague. S'ils avaient été présents dès cette époque, ils auraient rapidement pris le dessus, comme le D614G en Europe.

Et au moins pour le variant UK, on a la certitude qu'il est nettement plus contagieux (puisque lui ne possède pas l'autre avantage lui permettant d'être sélectionné), et il est donc impossible qu'il ait émergé bien avant le début de la vague à laquelle il a donné lieu au Royaume-Uni.
Pour les variants SA et BR on peut se poser la question mais comme déjà dit, le fait qu'ils possèdent la mutation qui rend le variant UK plus contagieux incite quand-même à penser qu'ils le sont aussi, en plus de leur plus grande capacité à causer des réinfections.

Bien sûr cela n'exclut pas que l'un ou l'autre variant (ou du moins un cousin à lui présentant des caractéristiques similaires) soit apparu sporadiquement bien plus tôt, chez des hôtes n'ayant pas été à l'origine de chaînes de contamination (par ex. patient hospitalisé dans un établissement dont le personnel se protégeait suffisamment bien), et que ce ne soit qu'à la n-ième "tentative" qu'ils aient émergé - si par émergence on entend le moment où ils commencent à se répandre dans la population.
Mais si leur contagiosité est élevée, le nombre d'événements de ce genre doit être assez petit.

[MissJenny]

(...) les variants échappant l'immunité existent

je ne sais pas trop ce que tu as voulu dire là, mais tous les variants connus échappent suffisamment au système immunitaire pour se transmettre.

[yves95210]

Et en fait Amanuensis, je pense que étant donné que la diversité intra-hôte est élevée, c'est que les mutations sont fréquemment produites au sein d'un même hôte et que cette caractéristique existait vraisemblablement déjà au début de l'épidémie.

Oui, mais quelle est la probabilité qu'une suite de mutations aléatoires se produisant au sein d'un même hôte conduise exactement à la même combinaison de mutation que celle qui rend les variants SA ou BR préoccupants ?

Du coup mon idée est qu'avec ou sans vaccination, les variants échappant l'immunité existent et se propageront inévitablement en l'absence de gestes barrières ou de nouvelles stratégies immunitaires.

Oui pour le "existent" avec ou sans vaccination. Mais on ne sait pas s'il en existera toujours (échappant à l'immunité acquise suite à une infection par le variant précédent, lui-même échappant à l'immunité acquise par le précédent, etc...). Tout dépend du répertoire de mutations dont dispose le virus dont différentes combinaisons lui permettraient d'échapper à l'immunité, et de la durée de la mémoire immunitaire des personnes infectées (et multi-infectées, comme c'est souvent le cas pour les autres coronavirus humains, responsables de rhumes à répétition).

D'ailleurs ça soulève une autre question : des personnes primo-infectées par (par exemple) le variant SA peuvent-elles être infectées par un variant antérieur (si celui-ci circule encore activement) ? Si oui, on pourrait aussi dire que ce variant antérieur échappe à l'immunité (au variant SA)...

Bref on est immunisé contre le variant du virus par lequel on a déjà été infecté, ou contre lequel le vaccin qu'on a reçu a été conçu. Mais probablement jamais complétement contre d'autres variants, qu'ils aient émergé avant ou après.

Reste à savoir si c'est "grave", autrement dit si, de manière générale, les réinfections et ré-réinfections seront de plus en plus bénignes grâce à la réponse immunitaire montée à l'occasion des infections précédentes même si pas par le même variant (mais quand-même le même virus !).

[FabiFlam]

c'est aussi ce que je t'ai répondu... ("il est possible qu'un variant qui favorise les réinfections mais n'est pas plus contagieux que les autres en circulation reste "dormant" assez longtemps, tant que le pourcentage de la population immunisé contre les autres variants est faible.")

Mais l'hypothèse que tu exprimais ("tous les variants actuels ont été produits assez peu de temps après le début de la pandémie.") est quand-même difficilement compatible ....

Oui tout à fait, je n'ai vu ce message qu'après avoir répondu, et je suis d'accord. Il y a un truc qui cloche dans mon raisonnement mais je n'arrive pas à cerner le problème ...

FabiFlam

[Amanuensis]

Et en fait Amanuensis, je pense que étant donné que la diversité intra-hôte est élevée, c'est que les mutations sont fréquemment produites au sein d'un même hôte et que cette caractéristique existait vraisemblablement déjà au début de l'épidémie.

Je ne comprends toujours pas le point.

Du coup mon idée est qu'avec ou sans vaccination, les variants échappant l'immunité existent et se propageront inévitablement en l'absence de gestes barrières ou de nouvelles stratégies immunitaires.

Mais ça c'est correct, et je l'ai déjà indiqué comme tel. Je ne comprends pas le raisonnement proposé pour amener à cela, mais la conséquence est correcte.

Par contre, ce sont des évidences, etje ne vois plus le rapport avec le sujet initial.

[Amanuensis]

Reste à savoir si c'est "grave", autrement dit si, de manière générale, les réinfections et ré-réinfections seront de plus en plus bénignes grâce à la réponse immunitaire montée à l'occasion des infections précédentes même si pas par le même variant (mais quand-même le même virus !).

On verra bien. Le cas extrême (i.e., un variant affectant les vaccinés et non vaccinés de la même manière), c'est comme une nouvelle maladie, à traiter comme telle. (La notion de "même virus" n'est pas très "rationnelle", c'est juste de la classification par des humains.)

À un seul détail près (la remarque cynique), la première "maladie" laisse moins de sujets à risque qu'elle n'en a trouvé...

[yves95210]

On verra bien. Le cas extrême (i.e., un variant affectant les vaccinés et non vaccinés de la même manière), c'est comme une nouvelle maladie, à traiter comme telle. (La notion de "même virus" n'est pas très "rationnelle", c'est juste de la classification par des humains.)

Quand-même pas complètement, compte-tenu de l'immunité partielle. Et du fait que si elle laisse passer des réinfections parce que les anticorps neutralisent moins bien le nouveau variant, cela n'affecte pas forcément le reste de la réponse immunitaire (lymphocytes T mémoire), même si elle n'est pas immédiate.
D'où l'hypothèse que ces réinfections pourraient être plus bénignes et les patients moins longtemps contagieux (et moins contagieux si leur charge virale est plus faible).

À un seul détail près (la remarque cynique), la première "maladie" laisse moins de sujets à risque qu'elle n'en a trouvé...

Aussi...

[invite7a0a8d2e]

Les vaccins donnent-ils un réel avantage aux variants échappant ?

Oui, bien sûr.
Si le virus est détruit par le système immunitaire entrainé par le vaccin, alors il ne peut pas se transmettre.
Si le virus n'est pas détruit par le système immunitaire entrainé par le vaccin (du fait d'un mutation chez l'hôte), alors il peut se transmettre.
Non je déconne.

Il faut analyser plus finement l'avenue des mutants au niveau de l'individu.
Dans le corps de l'individu, il y a une phase de sélection/mutation qui s’opère.
Sans contrainte, les mutants ne sont pas sélectionnés, et leur proportion est juste en rapport avec le moment de leur survenue lors de la dissémination dans le corps.
C'est le hasard.
Mais si le corps se défend (vaccin ou défense naturelle), les lignées mutantes qui finissent par investir le corps, sont statistiquement celles qui sont les moins sensibles à cette défense.
Si le corps est submergé, c'est statistiquement par des lignées qui présentent une résistance à la défense (vaccin ou naturel).
Et c'est, selon qu'on met la personne en quarantaine ou qu'elle se balade, la souche qui risque d'être transmise à un autre hôte.

[Amanuensis]

Quand-même pas complètement, compte-tenu de l'immunité partielle.

Sauf que mon message ne parlait justement pas du cas d'immunité partielle !

[Amanuensis]

les anticorps neutralisent moins bien le nouveau variant, cela n'affecte pas forcément le reste de la réponse immunitaire (lymphocytes T mémoire), même si elle n'est pas immédiate.

? En cas de vaccination, dans les deux cas d'immunité, la reconnaissance se fait sur la même (glyco)protéine de surface. Si le variant diffère suffisamment quant à la protéine reconnue, les deux immunités disparaissent de concert, non ?

[Au passage, doit y avoir une différence entre immunité obtenue par vaccin et celle obtenue en survivant à la maladie, car alors les réponses immunitaires ne sont pas nécessairement limitées à la reconnaissance de la péplomère (français pour "protéine spike").]

[yves95210]

Sauf que mon message ne parlait justement pas du cas d'immunité partielle !

Oui, j'ai répondu à côté. Faut dire que c'est plutôt le cas concret de la pandémie actuelle qui me préoccupe, et qu'on ne parle pas pour le moment de variant échappant à 100% à l'immunité post-infection ou post-vaccinale.

[yves95210]

? En cas de vaccination, dans les deux cas d'immunité, la reconnaissance se fait sur la même (glyco)protéine de surface. Si le variant diffère suffisamment quant à la protéine reconnue, les deux immunités disparaissent de concert, non ?

Apparemment ce n'est pas si simple :

The present study addresses a key knowledge gap pertaining to the potential of emergent SARS-CoV-2 variants to evade recognition by human immune responses. We focused on T cell responses elicited by either natural infection or vaccination with the Pfizer/BioNTech and Moderna COVID-19 mRNA vaccines. We found negligible effects on both CD4+ or CD8+ T cell responses to all four variants investigated, to include the B.1.1.7, B.1.351, P.1 and CAL.20C variants found in the UK, South Africa, Brazil and California, respectively.
(...)
The data provide some positive news in light of justified concern over the impact of SARS-CoV-2 variants of concern on efforts to control and eliminate the present pandemic. Undoubtedly, several of the variants are associated with increased transmissibility, and also have been associated with decreased susceptibility to neutralizing antibodies from infected or vaccinated individuals. In contrast, the data presented here suggests that T cell responses are largely unaffected by the variants. While it is not anticipated that circulating memory T cells would be effective in preventing SARS-CoV-2 infection, it is plausible that they can reduce COVID-19 severity

(source)

Il ne s'agirait que d'une protection contre les cas graves (ce qui est quand-même le premier objectif des vaccins), pas d'une immunité contre les infections.
Cela n'a donc pas le même impact en termes d'immunité collective, mais si ça permet de limiter la charge virale d'un vacciné infecté et la durée pendant laquelle il est contagieux (en éliminant plus vite cette charge virale), ça doit réduire le risque de transmission.

[Au passage, doit y avoir une différence entre immunité obtenue par vaccin et celle obtenue en survivant à la maladie, car alors les réponses immunitaires ne sont pas nécessairement limitées à la reconnaissance de la péplomère (français pour "protéine spike").]

Il me semble aussi. Du moins pour les vaccins à ARNm ou à vecteur viral qui ciblent uniquement la protéine S (en français j'avais aussi vu le mot spicule, mais bon, protéine S ou spike, maintenant tout le monde comprend).
Cela les rend sans-doute plus efficaces tant que celle-ci n'évolue pas trop pour ne pas être reconnue par le système immunitaire des vaccinés, mais les vaccins à virus inactivé (aur)ont peut-être un avantage face aux variants grâce au spectre plus large de la réponse immunitaire qu'ils permettent de constituer.

[FabiFlam]

Je ne comprends toujours pas le point.

C'est normal, je crois que je m'exprime pas clairement car je n'arrive pas à percevoir ce problème des variants et des vaccins de manière cohérente, c'est pour ça que j'ai posé cette question.

Je pense que mon problème viens de ceci:

D'un côté lorsqu'on fait un PCR à une personne infectée on dit: c'est tel variant (anglais, brésilien, ...etc) et de l'autre on dit que la diversité intrahôte est élevée. Du coup je m'imaginais qu'une personne infectée avec le variant anglais par exemple, montrait ce variant au début de l'infection mais que par la suite ses cellules allaient fabriquer d'autres variants et donc que toute la diversité possible des variants un tant soit peu transmissibles était explorée rapidement.

Donc je me disais que tous les variants sont produits en permanence partout où il y a suffisamment d'infectés, et que certains ne prennent le dessus sur d'autres lorsque les conditions deviennent favorables pour eux.

J'en déduisais qu'à partir du moment où le virus continue de circuler largement, les variants en question ne manqueraient pas d'apparaître et de se diffuser, vaccination ou pas.

C'est un peu ce qu'exprime avec un cheminement plus rigoureux Marc Gozlan ici:
https://www.lemonde.fr/blog/realites...sbiomedicales/

Parce que d'un côté on a des populations "usines à variants" où le virus circule et mute, et de l'autre des populations insuffisamment protégées par immunité naturelle ou vaccinale (ça ne change pas fondamentalement les choses).

FabiFlam

[yves95210]

D'un côté lorsqu'on fait un PCR à une personne infectée on dit: c'est tel variant (anglais, brésilien, ...etc) et de l'autre on dit que la diversité intrahôte est élevée. Du coup je m'imaginais qu'une personne infectée avec le variant anglais par exemple, montrait ce variant au début de l'infection mais que par la suite ses cellules allaient fabriquer d'autres variants et donc que toute la diversité possible des variants un tant soit peu transmissibles était explorée rapidement.

Pour préciser ce qu'on entend par variant (source) :

A virus variant is an isolate whose genome sequence differs from that of a reference virus. No inference is made about whether the change in genome sequence causes any change in the phenotype of the virus. The meaning of variant has become clouded in the era of whole viral genome sequencing, because nearly every isolate may have a slightly different genome sequence. Such is the case for SARS-CoV-2: nearly every sequence from a different person is slightly different. Up until the end of 2020, any SARS-CoV-2 sequences from any two individuals differed by about ten nucleotide changes out of 30,000. They are all variants, but the term is rarely used in this context. However since then viral genomes with many more changes have been identified. These have been called ‘variants of concern’ (VOC) because it is thought that the changes confer new phenotypic properties such as increased fitness. British scientists did a good deed by calling them VOCs, because now the press must call them variants.