Pourquoi échoue-t-on à définir la vie ?

[vinssss]

Si j'en réfère à ce que pensent Forterre, ou Claverie, LUCA était probablement un organisme à ARN, et ce qui a "inventé" l'ADN était un virus. Quant à l'origine des tout premiers virus, et à leur évolution jusqu'à la situation virale actuelle, la question n'est pas clair du tout, et à ma connaissance, on a peu de données observationnelles pour travailler sur la question.

Ils ont probablement des arguments en ce sens mais, en toute logique, si LUCA était un organisme ARN, nous devrions trouver aujourd'hui des organismes ARN et d'autres ADN. Or, seul des organismes ADN sont connus. Peut être que des organismes antérieurs à LUCA, voire la première cellule, étaient à ARN (ce qui semble être l'hypothèse privilégiée) et que des virus aient "inventé" l'ADN sur ceux-ci mais je dirais que LUCA était déjà à ADN...

Et les virus n'ont pas pu apparaitre avant la première cellule car sans une cellule à infecter, un virus n'est rien...

Cordialement
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[noir_ecaille]

Pour accepter la notion d’espèce, il faut accepter un déterminisme, une finalité à l’évolution !!!

Ah bon ? Plutôt pas. La notion d'espèce ne repose aucunement sur un "finalisme". Et le déterminisme non-laplacien a sa place -- sinon on pourrait difficilement mettre en évidence des voies métabolique. Simplement il ne faut pas confondre déterminisme et fatalisme voire finalisme. Faire un tour du côté théorie du chaos pour s'en convaincre.

Concernant la notion d’espèce, il semblerait que ce terme soit très polémique et que certains envisagent de complètement le supprimer pour la raison suivante : l’évolution des être vivants est un processus continu et qui est toujours en cours. Certaines espèces d’hier ne sont plus celles d’aujourd’hui qui ne seront, elles mêmes, plus celles de demain.

Cela ne détruit pas la notion d'espèce/population-partageant-un-ensemble-de-gènes-et-leurs-variations. Ce serait comme dire qu'une espèce chimique n'en est pas une, au motif qu'on peut altérer cette structure. Vous avez une notion trop étriquée de ce qu'est une espèce par rapport aux dernières avancées phylogénétiques.

Sinon, on pourrait parler d’espèces à un temps t sur différents critères plus ou moins objectifs.

C'est déjà le cas, notamment en paléontologie

Pour la définition consensus du vivant (qu’on connaît, au cas où il en existerait d’autres formes ici ou ailleurs), je dirais : « Ensemble des stratégies ayant permis à la nature de perpétuer la molécule d’ADN » mais là, je sens que je vais être hors charte même si je trouve que ça colle pas mal…

Comme évoqué plus tôt dans cette discussion, et développé par Geb, cette façon d'aborder le vivant via des réplicateurs amène à moult impasses :
- ça n'explique pas le cas des cellules énucléées (pourtant bien vivantes !) ni même n'exclue des structures strictement abiotiques (comme les cristaux) ou des phénomènes abiotiques (ex : incendies)
- ça n'explique pas l'apparition du vivant
- ça échoue à "mieux expliquer" (ou expliquer tout court) tous les comportements et évolutions, a contrario de la théorie darwinienne

[noir_ecaille]

salut ; pour moi ; la base élémentaire de la vie , est un algorithme .
donc même un robot ou ordinateur est vivant , une vie artificielle non organique .

Trop simplifié et donc faux Si on prolonge cette histoire d'algorithme, on peut modéliser le comportement d'un atome avec, et donc l'atome deviendrait vivant

il n'y a pas de fracture entre l'inerte et le vivant , mais une continuité entre les deux .

Basé sur une prémisse erronée. Sauf au zéro absolu, la matière n'a rien "d'inerte". À cette aune, dire "qu'il y a continuité entre la matière inerte et la matière agitée" n'apporte rien au débat et ne dit rien sur la différence entre un incendie et une hématie pleine de vie

si on donne à la vie de l'homme une note de 100 , on donnera par exemple à une calculatrice une note de 1 , à une souri une note de 50 , à un dauphin une note de 90 ..etc
je pense qu'au lieu de se baser sur l'ADN ou L'ARN pour chercher la vie , il sera peut être plus facile de se baser sur la complexité d'un algorithme pour mesurer la complexité de la vie dans une échelle entre 0 ( inerte ) et 100 ( homme )

si on arrive à mesurer la complexité d'une cellule , ça sera une bonne étape pour noter la vie dans une échelle entre 0 et 100 .

Ahem... Les "mesures" de complexité, c'est un très vaste (autre) débat, très savonneux par ailleurs.

[noir_ecaille]

Est ce utile de définir le vivant plus généralement que le vivant contemporain?

Ce qui est intéressant, c'est que dans le cadre métabolique, ont peut se baser sur des généralités (métaboliques) qui n'ont pas changées, ou pratiquement pas, depuis que la vie est apparue sur la Terre. Le reste est une question d'opportunité et de diversification.

Tellement bien dit

[noir_ecaille]

J'ai juste écrit qu'il peut y avoir des définitions différentes, adaptées chacune à une application. Et la question de l'origine de la vie sur Terre est une telle application. Et (corollaire) dans ce contexte-là on peut s'intéresser à une définition adaptée à l'application, ce qui est plus facile que chercher une définition d'application plus générale.

Ou encore, parler d'origine de la vie sur Terre demande une définition de "vie", nécessaire pour parler de "origine", oui. Mais la définition obtenue pour répondre à cette nécessité n'a pas de raison d'être une définition d'application générale.

Pourquoi cette défnition n'aurait aucune raison d'être d'application générale ? On parle quand même d'expertise à même d'expliquer le phénomène de ses prémices à aujourd'hui. Similairement, on discrimine et explique les phénomènes météos en incluant la façon dont ils se forment, non ?

[vinssss]

Ah bon ? Plutôt pas. La notion d'espèce ne repose aucunement sur un "finalisme". Et le déterminisme non-laplacien a sa place -- sinon on pourrait difficilement mettre en évidence des voies métabolique. Simplement il ne faut pas confondre déterminisme et fatalisme voire finalisme. Faire un tour du côté théorie du chaos pour s'en convaincre.

Effectivement, finalisme est plus approprié que déterminisme (j’ai dit « un déterminisme, une finalité à l’évolution » alors que j’aurais du dire « un finalisme à l’évolution »). Je maintiens que pour conserver la définition d’espèce, celles-ci devraient cesser d’évoluer or ce n’est pas le cas. Je ne fais que rapporter des propos (peut être en m’exprimant mal) que j’ai lus dans "Evolution" (textes de Jean-Baptiste de Panafieu, photos de Patrick Gries, Editions Xavier Barral) et avec lesquels je suis d'accord.

Cela ne détruit pas la notion d'espèce/population-partageant-un-ensemble-de-gènes-et-leurs-variations. Ce serait comme dire qu'une espèce chimique n'en est pas une, au motif qu'on peut altérer cette structure. Vous avez une notion trop étriquée de ce qu'est une espèce par rapport aux dernières avancées phylogénétiques.

Je n’ai jamais parlé de population mais bien d’espèce ! Après, si vous confondez les deux, je comprends votre incompréhension…

Comme évoqué plus tôt dans cette discussion, et développé par Geb, cette façon d'aborder le vivant via des réplicateurs amène à moult impasses :
- ça n'explique pas le cas des cellules énucléées (pourtant bien vivantes !) ni même n'exclue des structures strictement abiotiques (comme les cristaux) ou des phénomènes abiotiques (ex : incendies)
- ça n'explique pas l'apparition du vivant
- ça échoue à "mieux expliquer" (ou expliquer tout court) tous les comportements et évolutions, a contrario de la théorie darwinienne

-On peut discuter le fait que des cellules énuclées soient vivantes même si appartenant à un organisme vivant (mes ongles sont ils vivants?). Les cristaux et les incendies sont-ils des réplicateurs ou respectivement des agglomérateurs et propagateurs?
-On parle ici de la définition du vivant et non de son apparition. Dans tous les cas, la première cellule a bien due se répliquer d’une manière ou d’une autre sinon on ne serait pas là pour en parler.
-Idem, définir le vivant implique-t-il d’expliquer l’évolution ?

Cordialement.

[noir_ecaille]

Effectivement, finalisme est plus approprié que déterminisme (j’ai dit « un déterminisme, une finalité à l’évolution » alors que j’aurais du dire « un finalisme à l’évolution »). Je maintiens que pour conserver la définition d’espèce, celles-ci devraient cesser d’évoluer or ce n’est pas le cas. Je ne fais que rapporter des propos (peut être en m’exprimant mal) que j’ai lus dans "Evolution" (textes de Jean-Baptiste de Panafieu, photos de Patrick Gries, Editions Xavier Barral) et avec lesquels je suis d'accord.

Un paragraphe en particulier ? Vu que "je" n'ai pas lu l'ouvrage. Par ailleurs, c'est le point de vue des auteurs, mais pas forcément de toute la discipline -- de la même manière que le Gène Égoïste de Dawkins n'a pas fait "date" ni "loi" malgré la notoriété de son auteur.

Je n’ai jamais parlé de population mais bien d’espèce ! Après, si vous confondez les deux, je comprends votre incompréhension…

Incompréhension de votre part ou erreur d'analyse. Une espèce est un taxon, id est un groupe d'organimes soit : une population. CQFD.

-On peut discuter le fait que des cellules énuclées soient vivantes même si appartenant à un organisme vivant (mes ongles sont ils vivants?).

N'importe quoi. Allez faire un tour en laboratoire d'analyse pour vous faire expliquer ce qu'est une numération vitale en hématimètre Uné hématie est belle et bien vivante ou morte. Vouloir balayer ça sous le tapis n'évacue pas l'existence de ce fait.

Les cristaux et les incendies sont-ils des réplicateurs ou respectivement des agglomérateurs et propagateurs?

Un agglomérateur n'implique aucunement une propagation de structure. Ainsi en va d'une nébuleuse stellaire et de tous les corps qui pourrait s'y former, ainsi en va d'un trou noir.
Un propagateur permet une diffusivité sans être ce qui est diffusé. Ainsi en va d'un internaute propageant un hoax, ainsi en va d'un fluide qui propage des ondes sonores.

-On parle ici de la définition du vivant et non de son apparition. Dans tous les cas, la première cellule a bien due se répliquer d’une manière ou d’une autre sinon on ne serait pas là pour en parler.

La première cellule n'est pas nécessairement la première à se "répliquer". Connaissant la scissiparité des formes L des bactéries, il est hautement probable que les premières divisions furent accidentelles. Le côté réplication a pu/dû émerger plus tard et évoluer jusqu'aux formes qu'on connaît aujourd'hui.

Et je maintiens qu'une définition idéalement complète du phénomène vivant comprendra nécassairement l'apparition du vivant puisqu'il s'agit des premières formes du phénomène vivant.

-Idem, définir le vivant implique-t-il d’expliquer l’évolution ?

Nécessairement, puisque le métabolisme tout comme l'évolution des espèces sont inextricablement liés d'une part, d'autre part et ainsi que le dit Geb : le vivant est ce qu'il fait. De la même manière que la digestion est ce qu'elle fait. De la même manière que l'oxydation est ce qu'elle fait.

[vinssss]

Un paragraphe en particulier ? Vu que "je" n'ai pas lu l'ouvrage. Par ailleurs, c'est le point de vue des auteurs, mais pas forcément de toute la discipline -- de la même manière que le Gène Égoïste de Dawkins n'a pas fait "date" ni "loi" malgré la notoriété de son auteur.

J’ai malheureusement rendu ce livre dont je conseil la lecture au plus grand nombre à la personne qui me l’avait prêté. C’était vers la fin en tout cas. Mais l’auteur n’affirme rien dans ce livre et ne fait qu’émettre des hypothèses, bien argumentées et en remettant constamment ses dires en question, aux vues de récentes connaissances dans le domaine de l’évolution (morphologiques, génétiques, …).

Incompréhension de votre part ou erreur d'analyse. Une espèce est un taxon, id est un groupe d'organimes soit : une population. CQFD.

Vous semblez avoir une définition de l’espèce bien arrêtée. Il semble que la communauté scientifique ne soit pas si affirmative et que « espèce » soit plus un concept qui n’est pas formellement définit qu’autre chose! Ce n’est pas le cas de « population ».

N'importe quoi. Allez faire un tour en laboratoire d'analyse pour vous faire expliquer ce qu'est une numération vitale en hématimètre Uné hématie est belle et bien vivante ou morte. Vouloir balayer ça sous le tapis n'évacue pas l'existence de ce fait.

Parce que le bleu trypan (ou un autre colorant) pénètre seulement les hématies « mortes » ? Je disais juste qu’on peut le discuter tout en ne connaissant pas le consensus de pensée des spécialistes sur ce point.

Un agglomérateur n'implique aucunement une propagation de structure. Ainsi en va d'une nébuleuse stellaire et de tous les corps qui pourrait s'y former, ainsi en va d'un trou noir.
Un propagateur permet une diffusivité sans être ce qui est diffusé. Ainsi en va d'un internaute propageant un hoax, ainsi en va d'un fluide qui propage des ondes sonores.

Justement, rien de tout ça n’est réplicateur ni considéré comme vivant.

La première cellule n'est pas nécessairement la première à se "répliquer". Connaissant la scissiparité des formes L des bactéries, il est hautement probable que les premières divisions furent accidentelles. Le côté réplication a pu/dû émerger plus tard et évoluer jusqu'aux formes qu'on connaît aujourd'hui. .

La scissiparité n’implique pas une absence de réplication. Je ne comprends pas cet exemple.

Et je maintiens qu'une définition idéalement complète du phénomène vivant comprendra nécassairement l'apparition du vivant puisqu'il s'agit des premières formes du phénomène vivant.


Nécessairement, puisque le métabolisme tout comme l'évolution des espèces sont inextricablement liés d'une part, d'autre part et ainsi que le dit Geb : le vivant est ce qu'il fait. De la même manière que la digestion est ce qu'elle fait. De la même manière que l'oxydation est ce qu'elle fait.

Cela dépend si on cherche à définir tout le vivant ayant existé et existant ou juste celui qui existe encore.

[noir_ecaille]

Vous semblez avoir une définition de l’espèce bien arrêtée. Il semble que la communauté scientifique ne soit pas si affirmative et que « espèce » soit plus un concept qui n’est pas formellement définit qu’autre chose! Ce n’est pas le cas de « population ».

C'est une question de suivi de l'actualité, notamment les études philogénétiques et leur impact sur la cladistique, dont la notion d'espèce. Mais je comprends que ça puisse paraître "bien arrêté" et peut-être moins convaincant que le "bon sens" ou des définitions plus empiristes avec les histoires de "croisement fécond" etc. L'idée que nous sommes nous-même des singes est encore dure à avaler pour certains, ce qui n'empêche pas la réalité (nous sommes inclus dans le taxon des primates, en particulier les simiens, et plus particulièrement les grands singes). La notion phylogénétique d'espèce est en tout cas celle qui prévaut dans la cladistique moderne, y compris quand il s'agit de distinguer par exemple des populations d'éléphants africains. Cette notion d'espèce a d'ailleurs toute son importance pour des instances internationales comme l'UICN, ou en biologie des populations de façon plus complexe.

Parce que le bleu trypan (ou un autre colorant) pénètre seulement les hématies « mortes » ? Je disais juste qu’on peut le discuter tout en ne connaissant pas le consensus de pensée des spécialistes sur ce point.

Discussion de comptoir qui perd tout intérêt scientifique, surout s'il s'agit oblitérer ledit consensus des spécialistes Autant négliger la vitesse limite de la lumière quand on parle de mouvement d'une masse sur une trajectoire 4D ou même 3D+1

Justement, rien de tout ça n’est réplicateur ni considéré comme vivant.

Et alors ? Quel rapport avec les réplicateurs ?

La scissiparité n’implique pas une absence de réplication. Je ne comprends pas cet exemple.

Faites une petite recherche sur les formes L des bactéries. Ça vous amènera à nuancer ce que vous penser savoir de la scissiparité.

Cela dépend si on cherche à définir tout le vivant ayant existé et existant ou juste celui qui existe encore.

Ça dépendrait donc selon qu'on parle du phénomène vivant ou du phénomène vivant ? Raisonnons par l'absurde sur une analogie : le phénomène orageux se définit-il seulement par rapport au dernier orage étudier ou bien par rapport à tout ce qui concerne tous les orages ?

[vinssss]

Je viens ici pour me distraire, m’instruire et éventuellement partager mes quelques connaissances et idées. J’aimerais pouvoir débattre avec des gens intelligents, cultivés, instruits et ouverts de sujets qui me passionnes.

Je n’ai pas l’impression d’avoir fait d'affirmations fausses mais de m’être efforcé à modérer les propos que je maîtrisais moins que d’autres.

J’ai parfois l’impression d’être confronté à quelques roquets hargneux qui oublient ce que signifie le terme convivialité et qui veulent aboyer le plus fort. Ça ne m’intéresse pas alors je préfère en rester là dans cette discussion, pour le moment…

Très cordialement.

[noir_ecaille]

Ce qui ne répond en rien aux objections faites à vos affirmations. Voir uniquement un "manque" de convivialité là où vous êtes contredit, c'est ne pas accepter les rectifications à apporter à vos connaissances.

D'ailleurs :

Je n’ai pas l’impression d’avoir fait d'affirmations fausses mais de m’être efforcé à modérer les propos que je maîtrisais moins que d’autres.

... n'empêche pas de tels propos de faire fausse route (cf les hématies ou les réplicateurs). Par contre refuser les faits (ex : révolution de la cladistique avec la phylogénétique), c'est peut-être distrayant pour certains mais pas vraiment constructif dans un débat se voulant un minimum scientifique.

[JPL]

On se calme de part et d'autre. Respirez un grand coup et souriez . Merci.

[vinssss]

On se calme de part et d'autre. Respirez un grand coup et souriez . Merci.

No problemo...

[ansset]

Effectivement, finalisme est plus approprié que déterminisme .

c'est surtout plus pratique.
comme cela il n'y a plus de question à se poser.
sauf que le finalisme , ci il existe, , ne se s'observe qu'à postériori.
c'est bien plus facile.
les grillons et les moustiques sont ils "finalistes" ?

[pi-r2]

"Cela dépend si on cherche à définir tout le vivant ayant existé et existant ou juste celui qui existe encore."

Une définition complète de la vie devrait surtout nous permettre de classifier comme potentiellement "vivants" des phénomènes constatés sur d'autres planètes, donc potentiellement différents de ce que nous pouvons expérimenter sur terre. (bon pour l'instant la question ne se pose pas)

[vinssss]

c'est surtout plus pratique.
comme cela il n'y a plus de question à se poser.
sauf que le finalisme , ci il existe, , ne se s'observe qu'à postériori.
c'est bien plus facile.
les grillons et les moustiques sont ils "finalistes" ?

Y a-t-il quelqu'un qui ai compris ce que j'ai voulu dire? Ou alors je m'exprime si mal que ça?

[ansset]

sauf que le finalisme , si il existe, , ne s'observe qu'à postériori.

c'est ce que j'ai dit.
en d'autres termes , il est incapable de prédiction.
il s'agit donc d'une sorte d'acte de foi. à prendre dans le sens que l'on veux.

[gandhalf.legris]

il suffit de voir la discussion pour trouver la réponse à la question ( réponse facile à trouver ... )

[vinssss]

Bonjour,

Après une bonne nuit de sommeil, après avoir regardé la conférence (très intéressante) de P. Forterre, après avoir mieux regardé les définitions de déterminisme, finalisme, métabolisme, réplicateur, …, et après m’être renseigné sur la théorie du gène égoïste (que je ne connaissait pas), me revoilà plein de bonne volonté pour tenter de faire évoluer ce débat sur la définition du vivant.

Au début de la conférence de P. Forterre (https://www.canal-u.tv/video/univers..._forterre.3806), il dit d’emblée qu’il s’intéresse aux génomes modernes (seuls qu’il soit possible d’étudier) et que concernant l’origine du vivant, on en sait rien. Il considère les virus comme vivant en distinguant deux groupes, les organismes à ribosomes (tout ce qui est cellulaire) et les organismes à capside (les virus). Il dit que la partie des ribosomes permettant la liaison peptidique est la partie ARN et que donc, les ARNs doivent être antérieurs aux protéines. Il émet l’hypothèse que le premier organisme était uniquement à ARN, ce dernier permettant de contenir l’information et de l’exploiter sous forme de ribozymes (ARNs ayant une activité catalytique), définissant le premier âge. Ensuite, le deuxième âge serait celui de l’émergence d’organismes à ARN + protéines et le troisième (le notre) par ceux ARN + protéines + ADN. L’argument pour que l’ADN soit apparu après les protéines venant du fait qu’il faille des enzymes protéiques pour transformer les uraciles en thymines. Il dit qu’à l’époque de LUCA (qui n’est pas bien définie et sans décrire son génome comme étant à ADN ou à ARN (ou alors ça m’a échappé)), les virus devaient déjà exister. La conclusion étant que les génomes actuels sont le fruit d’une co-évolution des virus et des cellules. Tout cela ne disant pas si les virus actuels sont antérieurs ou postérieurs à LUCA et ça ne semble pas utile de le savoir pour définir le vivant. Dans ma définition du vivant « Ensemble des stratégies ayant permis à la nature de perpétuer la molécule d’ADN », il serait plus général de dire « Ensemble des stratégies ayant permis à la nature de perpétuer l’information génétique » (sans faire l’affirmation de la justesse de cette définition).

Concernant les termes déterminisme et finalisme, ils semblent plus ou moins affiliés à la métaphysique et non à la science, je ne m’étendrai donc pas là dessus. Je vais juste essayer de reformuler ma phrase « Pour accepter la notion d’espèce, il faut accepter un déterminisme, une finalité à l’évolution !!! ». Il me semble admis que l’évolution soit un phénomène basé sur deux choses : le hasard des mutations et la sélection naturelle des mutations avantageuses à un organisme dans un milieu donné. Ceci étant depuis l’apparition de la vie et sera jusqu’à sa potentielle extinction. C’est donc en cours (in progress) et les « espèces » n’ont pas fini d’évoluer. Il me semble être d’ordre religieux de penser que la vie avait pour but l’aboutissement à l’être humain et à toutes les formes de vie actuelles. C’est en ce sens que j’ai employé (peut être à mauvais escient) les termes déterminisme et finalisme (que j’ai amalgamés). Donc, les choses n’étant pas figées, la notion d’espèce devient difficile à utiliser dans le temps. Et les dernières avancées phylogénétiques n’ont rien à voire là dedans, même si on sait qu’une vache est plus proche d’un dauphin que d’un cheval grâce à cela.

Sur le point « faut-il mieux définir le vivant en terme de métabolisme ou de réplicateur », voici ce que je pense, sans rien affirmer. Je trouve que la définition du métabolisme (ensemble des réactions chimiques contenues dans un organisme vivant), ne permette pas la définition du vivant par le métabolisme (ça donnerait quoi ? Vivant = qui possède un métabolisme ?). Alors que pour un réplicateur, je ne vois pas où se situe le problème ? Je suis d’ailleurs assez d’accord avec la théorie du gène égoïste (je préférerais génome égoïste) mais sans y mettre d’intentionnalité. Ce que je veux dire, ce n’est pas que la sélection naturelle se fasse au niveau du gène mais bien au niveau de l’organisme et qu’au final, ce sont bien les gènes qui perdurent. Le vivant est, à mon sens, « des acides nucléiques avec un truc autours permettant leur réplication » et il me semble qu’il en a toujours été ainsi ?

Peut être que j’ai raison sur certaines choses et pas sur d’autres ou alors que je me plante en beauté de A à Z mais voilà, en gros, mon opinion sur la chose. Alors je met mon gilet par balles et je clic sur « envoyer » ☺

[vinssss]

« des acides nucléiques avec un truc autours permettant leur réplication »

Bon OK, mon thermocycler n'est pas en vie...

"des acides nucléiques capables d'auto-réplication (avec des trucs autours provenant d'eux)"...

[Amanuensis]

Dans ma définition du vivant « Ensemble des stratégies ayant permis à la nature de perpétuer la molécule d’ADN », il serait plus général de dire « Ensemble des stratégies ayant permis à la nature de perpétuer l’information génétique » (sans faire l’affirmation de la justesse de cette définition).

Quand on commence à glisser de l'ADN à "l'information génétique", on démarre un chemin qui peut aller assez loin. Car "information génétique" est plutôt vague, pouvant recouvrir seulement l'ADN, ou seulement ADN et ARN, ou s'étendre à d'autres supports d'information numérique, ou encore à l'information sur support analogique.

Si on s'amuse à généraliser à outrance, le contenu total d'une cellule est "de l'information génétique", la reproduction cellulaire répliquant l'ensemble de la cellule (et pas seulement la partie "support numérique" qu'est l'ADN ou l'ARN).

En allant dans ce sens là, on va rejoindre la définition par le métabolisme. Car le métabolisme est un attribut de l'ensemble de la cellule. Ce qui caractérise la vie serait alors la capacité de réplication du métabolisme, ou plus précisément de systèmes capables de métabolisme. Et le métabolisme se définit aisément comme ce qui permet le maintien du système loin de l'équilibre thermodynamique.

Le vivant se caractérise alors comme des systèmes loin de l'équilibre thermodynamique, maintenu dans cet état par un métabolisme exploitant des sources d'énergie libre, et une capacité de réplication permettant de se maintenir même malgré des phénomènes accidentels, plus rares que "l'usure thermodynamique" contre laquelle "lutte" le métabolisme.

Cela garde la notion de réplication, mais sans la spécialiser à des molécules qui ne sont que des supports plutôt passif d'une information numérisée, en la voyant de manière plus générale comme la réplication du système complet.

[vinssss]

Je dirais qu’information génétique + auto réplication exclu les supports d’information numériques et analogiques et ne laisse que ADN et/ou ARN (et/ou protéine ?).

Le reste de la cellule (or support de l’information génétique) est l’expression de l’information génétique permettant le maintien de celle-ci.

Pour le reste, je suis assez d’accord avec vous. Une réplication du système complet semble une bonne piste mais j’ai cru comprendre que définir la vie par un réplicateur ne plaisait pas à tout le monde, sans comprendre pourquoi ???

[Amanuensis]

Je détecte ce qui semble une incompréhension sur un point de détail. Pour moi l'ADN est un support d'information numérique. Si on parle d'information, faut la distinguer de son support. Et que l'information portée par l'ADN soit, au sens des "couches basses" et pour la partie "élémentaire", numérique est une évidence (support discontinu et symboles pris dans un alphabet fini).

Il ne s'agit pas de comparaison avec des techniques artificielles, juste l'application de notions de base en théorie de l'information.

[vinssss]

Quand on commence à glisser de l'ADN à "l'information génétique", on démarre un chemin qui peut aller assez loin. Car "information génétique" est plutôt vague, pouvant recouvrir seulement l'ADN, ou seulement ADN et ARN, ou s'étendre à d'autres supports d'information numérique, ou encore à l'information sur support analogique.

Effectivement, incompréhension de ma part. Donc vous pensez à quoi comme autres supports?

[Amanuensis]

D'une certaine manière le contenu d'une cellule peut être vu comme un support d'information. Protéines (plus généralement molécules) présentes ou non, en quelles quantités, en quels endroits.

Répliquer une cellule sans "support numérique" serait alors reproduire le contenu.

Une analogie (sic) est la reproduction d'un objet à partir de photos ou de plans, ou mieux, à partir d'un prototype: l'information est analogique, et est reproduite.

[Amanuensis]

J'ajoute:

Si un exemple de la réplication d'une information sur un support numérique est l'ADN, un exemple pour la reproduction d'une information analogique serait une micelle de phospholipides de deux types différents grossissant par acquisition de nouvelles molécules et se coupant d'elle-même en deux micelles ayant le même rapport de composition que la micelle originelle.

Au fond, ce n'est pas essentiellement différent de la réplication de l'ADN: une structure permet d'en faire deux (presque) identiques à l'originelle.

Mais l'information (rapport de composition) est analogique et sa réplication bien plus sujette à petites déviations, difficile à rendre "parfaite".

(L'avantage d'un support numérique dans ce domaine est bien connu, et explique le succès de ce type d'information dans les techniques artificielles actuelles.)

[vinssss]

Je pense avoir compris le « changement de support de l’information génétique » évoqué mais je suis en désaccord sur son applicabilité à la définition du vivant. Seuls l’ADN est reconnu comme capable de contenir cette information ET de pouvoir l’exploiter (auto-réplication) via le schéma classique ADN-ARN-protéine. Pour l’ARN, des organismes en étant exclusivement constitués sont spéculatifs mais ont très probablement existé. Les protéines pourraient être candidates comme support alternatif mais il y a deux restrictions : une partie de l’information serait perdue (en passant de 20 lettres à 20/64 codons) et il n’existe pas de mécanismes de reverse-traduction (à ma connaissance). Les prions n’étant capables « que » de jouer le rôle de chaperonnes.
Pour «une micelle de phospholipides de deux types différents grossissant par acquisition de nouvelles molécules et se coupant d'elle-même en deux micelles ayant le même rapport de composition que la micelle originelle », le problème est le « se coupant d’elle-même ». Elle ne contient pas l’information de coupure. C’est plus comparable à un « empilement » comme pour des cristaux par exemple.

Une autre chose,
concernant la conférence de P. Forterre et sa définition des virus comme vivants. Il dit que les virions (génome viral dans sa capside) sont trop souvent confondus avec les virus mais que ceux-ci sont aux virus ce que les spermatozoïdes sont à l’homme. Les virus étant l’état durant lequel une cellule hôte est infectée et que SA machinerie cellulaire sert à l’expression du génome viral. Je ne suis pas d’accord avec cette analogie où le spermatozoïde a besoin des testicules d’un autre organisme pour voir le jour…
Mon avis sur les virus est le suivant : ils ne devraient pas être considérés comme vivants mais comme s’étant « échappés temporairement » du vivant. Même si je ne remets pas en cause leur importance dans l’évolution, je pense que si on prenait des cellules ou des organismes exempts de virus et qu’on les laissait se développer suffisamment longtemps dans un environnement adéquat, on verrait probablement l’émergence de nouveaux virus.

[Amanuensis]

sur son applicabilité à la définition du vivant. Seuls l’ADN est reconnu comme capable de contenir cette information ET de pouvoir l’exploiter (auto-réplication) via le schéma classique ADN-ARN-protéine.

Oui, pour le vivant terrestre actuel, l'objet de la biologie en tant que science expérimentale..

La notion de "définition de la vie" dépend de l'application qu'on en fait. S'il s'agit de définir la vie-telle-qu'on-la-connaît ici et maintenant, il est normal de se centrer sur le schéma ADN-ARN-protéine.

Maintenant, si on parle de l'origine de la vie, une telle définition peut être restrictive, car on peut imaginer que le processus intéressant (celui couvert par "origine") est bien antérieur à la "victoire" du schéma ADN-ARN-protéine.

Et si on spécule sur la vie extra-terrestre, une telle définition paraît encore plus restrictive.

Et si on spécule sur de la "vie artificielle" qui pourrait émerger de techniques développées par les humains, c'est tout aussi clairement restrictif.

Vouloir imposer comme définition universelle celle adaptée à une application particulière ne paraît pas une démarche satisfaisante.

[Amanuensis]

Sur l'autre point, les virus, une question intéressante est si un spermatozoïde est vivant. (L'alternative est d'y voir un dispositif visant à injecter de l'ADN dans certaines cellules, composé d'une tête perforante, d'une charge nucléaire, d'une pile à combustible, d'un dispositif de propulsion et d'un système automatique de contrôle permettant de détecter la cible, ce dispositif étant généré par un organisme vivant sans être lui-même vivant.)

Si on met en central le schéma ADN-ARN-protéine, alors ce qui ne contient pas les éléments clé de ce schéma, comme les ribosomes ou les aaRS, pose une difficulté quant à son statut de "vivant", et on peut tout à fait résoudre ce problème en limitant "vivant" à ce qui contient un schéma ADN-ARN-protéine opérationnel (et donc incluant ribosomes, aaRS et tout le toutim).

C'est sûrement une approche valide pour une certaine application. Cela exclut du vivant toute entité qui n'a pas le potentiel de se reproduire de manière autonome, que ce soit virion, spermatozoïde, globule rouge, plaquette sanguine, etc., ou un noyau ou une mitochondrie.

Je n'ai pas de doute qu'on puisse délimiter assez bien une notion de vivant ainsi, et que cela soit utile comme concept pour certaines applications.

[vinssss]

Je suis d’accord sur l’aspect restrictif d’une définition basée sur « ADN/ARN/protéine ». Cependant, la vie actuelle est déjà assez compliquée à définir de manière simple. Il me semble être de l’ordre de la spéculation de chercher une définition plus générale de la vie, que ce soit de la vie avant LUCA (dans une moindre mesure car il nous reste des indices) ou d’une exo-vie qui serait peut être basée sur une chimie différente de la nôtre.

Pour l’analogie virions/spermatozoïdes. Le spermatozoïde est un fruit de l’évolution vers la reproduction sexuée et il n’est pas conçu pour une vie autonome (si ce n’est quelques secondes sur quelques centimètres). Le virion est un parasite conçu pour une « non-vie » autonome en attente d’une potentielle « victime ». Contrairement à des spores de champignons ou de bactéries, les virus sont incapables de se régénérer d’eux même. Je vois donc deux phénomènes différents entre des cellules spécialisées d’un organisme et des virions « émancipés » d’organismes ancestraux qui sont obligé de revenir squatter chez de la famille plus ou moins éloignée pour survivre…