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Logiciel de comptage de cellules à partir d'une image



  1. #1
    Roy Callaghan

    Logiciel de comptage de cellules à partir d'une image


    ------

    Bonjour et merci.

    Je cherche un logiciel (ou un plugin de photoshop) permettant de faire la difference automatiquement entre des cellules infectees et non infectees sur une image de microscope a fluorescence.

    Je sais que de tels logiciels existent, cest juste du processing dimage mais je perd beaucoup de temps a chercher alors que je suis certain que beaucoup dentre vous en utilise.

    Le logiciel en question est gratuit, hein

    Merci de votre aide.

    Roy.

    -----

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  3. #2
    alaink

    Re : Logiciel de comptage de cellules a partir dune image

    J'ai utilisé il ya quelques annees le logiciel imageJ:
    http://www.framasoft.net/article2149.html
    Il avait une fonctionnalité de segmentation et de morphologie mathematique permettant de compter des cellules.
    (telecharger les exemples ils sont utiles pour comprendre l'utilisation)

  4. #3
    argusazure

    Re : Logiciel de comptage de cellules a partir dune image

    Mais là c'est toi qui va devoir faire ta chaîne de traitement de façon à pouvoir discriminer ta cellule saine de ta cellule malade. Si tu t'attends à une interface graphique avec un bouton "count" ...

  5. #4
    Roy Callaghan

    Re : Logiciel de comptage de cellules a partir dune image

    Merci beaucoup pour vos reponses. Oui en fait je mattend a une utilisation assez simple. Voici ce quon peut lire courament dans les publis : "Quantitation of infected cells was performed with the image-processing toolkit plug-ins for Photoshop (ISBN 1-928808-00-X).". Cest ce genre de soft que je recherche.

    Cest tres simple, mes cellules infectees sont vertes, les autres noires avec leur noyaux rouges ( ou bleus).

    Personne ne connait un logiciel rapide simple et puissant ( tant qua faire) ?

    Je vais essayer le tiens alaink, merci.

    Roy.

  6. #5
    † GØD™

    Re : Logiciel de comptage de cellules à partir d'une image

    Bonsoir,

    Moi aussi j'ai utilisé imageJ pour compter des cellules ; oui cela demande un peu de traitement d'image mais il suffit de "prendre le coup".

    Pour t'entrainer, tu peux ouvrir l'image "Blobs" (File, Open samples).
    Puis va dans Image, Adjust, Threshold (Black&white, Auto, Apply).
    Puis va dans Analyse, Analyse particles ; avec les 3 cases de gauche cochées, je trouve 64 particules.

    Si certaines cellules de ton images sont collées, il faudra peut-être faire quelques cycles d'érosion.

    Voila pour un exemple facile ; avec un peu d'entrainement tu maitrisera vite ce logiciel

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Roy Callaghan

    Re : Logiciel de comptage de cellules à partir d'une image

    Ah excellent !

    Merci de ton aide, ca defriche un peu le truc.

    Je vous donne des nouvelles.

    Roy.

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