Vidéos sur la réplication!
J'ai trouvé ces supers videos sur la réplication. En fait ces quatre videos sont le même évènement mais pris sous différents angles. C'est ce qui se rapproche le plus de la réalité. Les connaisseurs reconnaitront les différentes sous unités et protéines, mais faut s'y prendre à plusieurs fois!
Les commentaires sont les bienvenus!
A+.
salut
merci pour ces films, mais juste une question ils sont libre de droits? il est possible de les afficher sur le forum?
YOyo
Oui tout à fait car je les ait trouvé grace à google,c'est une université australienne qui les diffuse. Mais j'ai décidé de montrer la réplication arbitrairement car en voyant le mécanisme réel, on s'imagine mieux comment se déroule ce mécanisme qui nous semble assez simple quand il n'est pas expliqué en profondeur. Mais là on voit toute sa complexité.
Voilà le lien de la page où il y a toute les videos, en passant notamment par la formation d'un complexe d'initiation de la transcription
Vidéos
Finalement on était partit pour 4 videos sur la réplication mais avec ce lien, c'est une dizaine de videos qui vous attendent!!!
merci pour cette reponse. Elles sont superbes en effet ces videos.
Yoyo
Oui, merci beaucoup !
Dommage que je n'ai pas eu ces vidéos un peu plus tot, ça complemente très bien mes cours du premier semestre
Salut,
Au fait est-ce que vous avez reconnu toute les protéines impliquées dans la réplication : Le complexe MCM 2-7 (hélicase), la DNA polymérase alpha, le RFC, le facteur beta, la DNA polymérase delta. Par contre je ne vois vraiment pas quelle est la protéine centrale qui lie toute les protéines et qui les organise durant la réplication. Finalement je me demande si ce n'est pas le RFC mais d'après les descriptions que j'ai toujours eu sur ce facteur, il ne serait pas sous cette forme. Ici, on dirait plutôt une protéine apparentée au facteur Tau des bactéries, vous trouvez pas?
Sinon c'est dommage qu'ils n'est pas pu faire entrer la topoisomérase 1 dans cette vidéo, ça aurait finit de compléter le schéma, et pourquoi pas en plus les DNA ligase et RNase H pour les fragments d'Okasaki. Mais après je pense qu'ils n'auraient pas pu zoomer autant sur le complexe principal.
C'est quoi le truc vert qui se fixe succintement sur l'hélicase?
Renaud
Salut!
Tu veux plutôt dire le truc marron-vert je pense. C'est la polymérase alpha (plus couramment appelée primase) qui est une RNA polymérase DNA dépendante. Elle se fixe sur l'hélicase (complexe MCM2-7) pour synthétiser une courte amorce d'ARN sur le brin lagging (brin tardif). D'ailleurs je sais pas si t'as remarqué mais l'amorce d'ARN synthétisée apparait en jaune, et à peine synthétisée, on a repliement du complexe central, fixation du PCNA (vert flash) sur l'amorce et basculement sur la pol delta du brin lagging.
Sinon après le truc vert qui se fixe sur la protéine centrale (d'ailleurs je voit toujours pas laquelle c'est, peut être RFC) et qui chope le brin lagging séquentiellement, c'est le PCNA, le facteur de processivité. Et en violet, c'est notre bonne vieille polymérase delta, qui est toujours la même et reste fixe sur le brin lagging, contrairement à ce qu'on peut imaginer quand nous apprend la réplication
Les autres vidéos sont pas mal aussi, surtout la coupure par EcoR1 et ligation par la DNA ligase.
Merci ! Ouai en fait je m'en suis rendu compte apres que c'étais la primase, mais c'est vrai que c'est dur de s'y retrouver dans cette machinerie. Quand je vois les poly de la prof, ça me fait marrer. Et ouai effectivement j'ai cru au départ que la polymérase c'était le truc vert flashy vu que sur mes poly, il y a autant de polymérase utilisées sur le brin tardif que de fragment d'Okasaki. On nous cache des choses, c'est pas bien ! Et donc le facteur de processivité est vert et sert à "huiler" la mécanique si je comprend bien.
Ya aussi le petit train qui est marrant en vidéo (transcription)
A+
Renaud
Ah oui derniere question. La protéine du bas en violet clair sur laquelle se fixe le PCNA c'est quoi? Et ça sert à quoi? Juste à fixer le PCNA et à l'ouvrir puis le refermer sur l'amorce d'ARN?
Vielen danke
Renaud
Bein justement je vois pas trop. C'est comme la protéine centrale qui permet la cohésion du système je vois pas trop laquelle c'est. Les bactéries ont une protéine centrale qui s'appelle Tau et il se pourrait qu'on ait là l'homologue de Tau chez l'eucaryote. En tout cas c'est sûr que le PCNA intéragit avec RFC mais les schémas sont pas très clairs. Donc je suppose que le truc violet comme tu disest le RFC. Mais après le truc bleu clair qui a des espèces de bras faisant les allers retours du brin lagging...je vois pas du tout. C'est pêut-être aussi le RFC mais alors je le pensais pas du tout aussi gros et important par rapport aux descriptions.
Encore une chose : cette vidéo a été faite à partir de l'état actuel des connaissances (état de l'art), il se peut donc que les infographistes ait modélisé le complexe pas tout à fait exactement comme on peut le retrouver dans la réalité, sans parler des simplifications (pas de topo, pas de RNase H, pas de DNA ligase, pas de RPA et sans doute beaucoup d'autres..).
A+ et ravi que ça te plaise!
Le gars qui les a fais a quand meme un master en biologie je crois. Mais si je fais un schéma comme ça en dans une restit ça le fait, si je rajoute le reste?
Renaud
tu parles du gars qui a fait les vidéos? Car un Master de bio c'est pas grand chose.
Salut,
Juste comme ça, une suggestion à Vince ou à Yoyo : c'est possible de mettre ce fil en "Important" ? Parce que ça vaudrait le coup
A quitté FuturaSciences. Merci de ne PAS me contacter par MP.
Je sais pas si ça correspond à un master français enfait :
http://www.wehi.edu.au/education/weh.../animator.html
Enfin il y a quand même une certaine réalité derrière ces images je suppose.
Renaud
Alors est ce que ça vaut le coup de m'embeter à faire des super shéma ou la prof va me dire que ce que j'ai fais n'est qu'une interprétation comme une autre?
Renaud
Oui j'ai vu que le gars a un master de bio mais ce qui fait toute la différence c'est qu'il a 10 ans d'expérience dans le métier. Je croyais que tu voulais dire que le gars venait tout juste de faire son master, je le trouvais donc bien doué par rapport à son niveau d'étude et son expérience.
Sinon, il est certains qu'il y a une réalité derrière tout ça sinon mon prof de réparation de l'ADN et réplication nous l'aurait pas montré, sachant qu'il est quand même Directeur d'un département de recherche sur les mécanismes de réparation de l'ADN
Si t'as prof dit que c'est faux, et bien elle est nulle!
A au fait dernière petite news, le truc violet qui recrute le PCNA c'est bien RFC (me semblait bien l'avoir vu quelque part
A+
Ben c'est une prof de prépa quoi !
Si je fais un dessin du genre, en plus propre ça pourrais aller? Je peux peut etre rajouter les protéines de liaison et détailler la jonction des fragments d'Okasaki...
Renaud
salut
faudrait que tu orientes tes brins avec les 5' 3' ca serait plus rigoureux.
Yoyo
La qualité du dessin est pas trop mal. En effet si c'est une prof de prepa ça va! ça équivaut presque à une prof de fac. Donc je pense qu'elle approuvera ton schéma...à part si tu laisse ton schéma tel quel et que tu ne fais pas les modif que je vais te dire:
Déja tu pourrai rajouter les RPA qui se fixe à l'ADN simple brin, qui s'attachent au fur et à mesure que l'hélicase sépare les 2 brins et se détachent au fur et à mesure que les polymérase synthétisent.
Ensuite, tu a fait une erreur par rapport à la RNase qui n'agit pas une fois que la polymérase a synthétisé jusqu'au fragment d'Okasaki suivant mais qui agit plutôt sur l'amorce d'ARN du fragment qui vient d'être synthétisé ou en cours de synthèse car ça doit être très rapide in vivo : dès que la pol delta a initié, une RNase doit prendre le relai et dégrader l'amorce.
Ainsi quand la pol delta arrive au bout, la fragment d'ADN néosynthétisé vient toucher le suivant et la DNA ligase (que tu as oublié
Ensuite pour la topoisomérase il faudrait que tu montre que de temps en temps elle coupe un des deux brins et qu'on a une rotation très rapide du double brin en aval. Schématiquement ça doit pouvoir se faire.
Ensuite tu devrais ajouter 1 étapes d'après moi et modifier les autres :
- Entre la 1 et la 2 tu devrais mettre la fixation du PCNA sur le RFC et celui de la primase mais avec un avancement de la polymérisation du brin lagging beaucoup moins avancée (de moitié).
- A la place de ta 2 actuelle il faudrait montrer le détachement de la primase, le repliement du PCNA-RFC simultanément (très important car à la vitesse où l'hélicase envoit du simple brin, l'amorce se retrouve vite loin et le PCNA ne pourrait pas choper l'amorce). Ca serait donc l'étape 3. ou tu montrerai en même temps que la delta du lagging arrive au bout.
- A la place de ta 3, montrer le repliement du bras de la pol delta du lagging qui vient chercher le PCNA. En même temps, une DNA ligase qui se fixe sur la jonction entre les deux fragments d'Okasaki, dont celui qui vient de se terminer. Ca serait donc une étape 4. Et comme dernière étape, montrer plus ou moins la même image que la 1 mais avec une RNase qui vient se fixer sur l'amorce qui vient d'être utilisée.
Et n'oublie pas les RPA, tu montre sur une seule étape là où ils s'attachent et la où ils se détachent et sur tous tes schémas tu recouvre ton DNA SS avec eux (tout simple).
Là, je pense que ton schéma sera presque complet
Je me cite, car j'ai l'impression que c'est passé inaperçuEnvoyé par Gwyddon
Salut,
Juste comme ça, une suggestion à Vince ou à Yoyo : c'est possible de mettre ce fil en "Important" ? Parce que ça vaudrait le coup
A quitté FuturaSciences. Merci de ne PAS me contacter par MP.
Merci bien, mais je te lis un peu tard synchrotron !
Le DS était lundi matin.J'ai fais le schéma à peu pres pareil, mais j'ai pas inclu tout de suite le fonctionnement de l'ARNase. J'ai fais un schéma après, en expliquant la fonction de nucléase, de polymérase de ligase,etc...
J'ai aussi mis séparément l'action de la topoisomérase, en faisant un petit schéma.
Je pense m'en être bien sorti (j'ai parlé des protéines de liaison au sb d'ADN en fait).
Le mieux, c'est que je collais avec ma prof le soir et le sujet c'était "la réplication de l'ADN ches les procaryotes" ah ah ça ma bien fait marrer. Après une mise en évidence moyen foiré, je me suis bien rattrapé sur les mécanismes moléculaires de la réplication (j'ai simplifié un peu plus vu le temps imparti, mais je lui ai expliqué comment on pensait que ça fonctionnait). Elle m'a mis 14
en me disant que je savais plein de trucs, bien que j'eu fais quelques oublis (que je n'ai pas fait au DS youpi!!)
Ralala ça doit rappeler de bons souvenirs à certains.
Allez merci, et je ferait peut être un up quand j'aurai ma note (si elle est bonne...
A+
Renaud
Renaud
