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Traitements des données en QPCR



  1. #1
    Coincoinette

    Traitements des données en QPCR

    Bonjour,

    Je fais actuellement de la QPCR après une technique de ChIP (chromatin immunoprecipitation) et je me pose quelques questions sur le traitement de mes données. Je dois en effet comparer l'échantillon sans anticorps (ou normalement il ne doit pas y avoir d'ADN) avec l'échantillon d'ADN immunoprécipité. De plus, je compare avec un gène rapporteur ( Actine). Et enfin je dois comparer deux lignées cellulaires différentes. Seulement je ne sais pas trop comment présenter mes résultats, ni ce qui est le plus pertinent. Quelqu'un en saurait-il plus ?
    Merci d'avance

    -----


  2. #2
    yvan2929

    Re : Traitements des données en QPCR

    en fait ta question est un peu vague. Si ta question est de savoir comment interpréter des résultats obtenus par
    PCR quantitative, je peux peut etre t'aider. Tiens moi au courant

  3. #3
    Coincoinette

    Re : Traitements des données en QPCR

    salut,

    Merci de ta réponse. En fait j'ai plusieurs questions. Disons que ce n'est pas très clair pour moi tout ça...
    Dans une première manip, je vais faire deux courbes standart (une pour le gène de référence et une pour le gène d'intérêt) et je vais mettre tous mes échantillons (ADN immunoprécipité, plus le tube "sans anticorps") avec chacun des deux couples de primers.
    Quelqu'un dans mon labo m'a dit de comparer les valeurs "quantité d'ADN immunoprécipité" sur "quantité d'ADN non spécifique dans le tube "sans anticorps"" (Ac/sans Ac) et de calculer des barres d'erreur là dessus. Par contre, cette personne ne normalisait pas par rapport au gène de référence. Elle s'assurait juste que les valeurs Ac/Sans Ac pour le gène de référence et pour le gène d'intérêt étaient similaires dans ses cellules contrôles (non traitées).
    Cependant dans les quelques publis que j'ai pu lire (ma biblio est loin d'être exhaustive...), les gens montraient côte à côte les valeurs "sans Ac" et les valeurs d'ADN immunoprécipité sans faire de rapport. Je me demande donc ce qui est le plus pertinent de ces deux présentations de résultats.
    De plus quelles précautions dois-je prendre pour pouvoir comparer la quantité d'ADN entre mes deux lignées cellulaires, car j'imagine que je ne vais pas avoir les mêmes valeurs sur mon gène de référence. Dans ce cas, dois-je normaliser en plus sur le gène de référence ? Le problème est que si je fais deux rapports successifs (en divisant par "sans Ac" et par le gène de référence) mes barres d'erreur risquent de devenir tellement grandes que mes résultats ne voudront plus rien dire...
    Enfin une dernière question : faut-il faire des tests statisques pour vérifier que les différences observées sont bien significatives (genre tests de Student) ?

    Voilà, merci beaucoup si tu peux m'éclairer un peu !

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