determination de la sequence en acides aminés

[invite225aa3b7]

salut à tous,
j'ai rencontré un probléme au niveau de mon cours de "les peptides", plus exactement dans le chapitre "methodes de determination de la sequence en aa", au fait, j'ai revisé mon cours mainte fois (qui est sous formes de reactions), j'ai cherché d'autres cours plus bavards pour me rafraichir mais en vain! dés que je suis devant un exercice je me bloque, je regarde la solution pour mieux comprendre, puis je me bloque sur un autre exercice.
exemple:
afin de determiner la séquence d'un peptide P, on réalise +eurs expériences dont les resultats sont cités ci-dessous:
A. L'utilisation du phénylthioisocyanate d'une part et du dinitrofluorobenzène d'autre part, n'ont pas permis d'obtenir ni une PTH-AA ni de DNP-AA.
B. L'hydrolyse trypsiquede P a permis d'obtenir 2 fragments (A et B), dont l'hydrolyse acide total (HCL 6N pendant 24h) a donné les resultats suivants:
-A: 1Ala, 1Arg, 1Cys, 1Leu
-B: 1Asp, 1Lys, 1Tyr
C. La methode d'Edman appliquée:
-sur le fragment A, a permis de liberer Ala puis Leu
-sur le fragment B,a permis de liberer Asp puis Tyr
D. Seuls P et B absorbent la lumiére à 280nm.
donner la structure primaire de P.


la seule chose qui m'est claire dans cet exercice c'est que la trypsine coupe au niveau de Lys, Arg...c'est tout!

j'ai un examen la semaine prochaine, aidez-moi à voir plus clair
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[invite7b997c99]

Si tu as un exam la semaine prochaine, il était temps de t'affoler!

Bon, je vais essayer de t'apporter quelques éléments de réponses
mais le mieux serait que tu ailles voir ton prof ou des tuteurs
(des années sup' qui t'aident dans plusieurs matières.)

Donc pour déterminer la séquence des AA d'une protéine, il faut savoir comment agit chacune des substances utilisées:

-Le phénylisothiocyanante et le dinitrofluorobenzène vont établir
une liaison covalente à l'extrémité NH2 libre du peptide.
On récupère l'acide aminé concerné par cette liaison
grace à une hydrolyse complète.
Dans l'exo ce premier test ne donne rien, on peut suggérer quelque chose pour l'AA en N-terminal...

-Pour la Trypsine, c'est bon tu as compris. Il s'agira alors de faire attention
au nombre de coupures et au nombre de fragments obtenus au final.

-Le réactif d'Edman est assez sympathique:
Il se fixe sur NH2 libre de la protéine et entraine une hydrolyse spécifique de l'AA aminé concerné.
Lorsque ce premier acide aminé est enlevé, on expose la NH2 du second acide aminé (ca devient la nouvelle NH2 libre de la protéine ) donc le réactif "revient à la charge" et se fixe sur ce nouvel AA, l'enlève, ...
et ainsi de suite! En étudiant la réaction, on peut rétablir l'ordre de départ de ces acides aminés et ainsi en déduire la séquence du fragment.

-Seuls deux acides aminés absorbent à 280 nm si je ne me trompe pas
(ca doit être marqué dans ton cours...) Tyrosine et Tryptophane.
Dans ton exo, je ne pense pas que l'info soit essentielle ici.
En effet, tu as une Tyrosine dans le fragment B, ce qui explique l'absorbance
du fragment B et donc du peptide P.

J'espère avoir été assez claire...

Bon courage!

Flicky.

[invitec9f0f895]

Salut

Je rappelle a toute fin utile que le forum n'a pas pour but de faire faire les exo ou les revisions par d'autres!
En conséquence si la personne qui cherche de l'aide ne montre pas un minimum d'effort et de reflexion alors les discussions seront fermées.

Pour obtenir de l'aide c'est simple! expliquez précisément comment vous repondriez a la question (meme si c'est faux) et alors on pourra vous aider.

YOyo

[invite225aa3b7]

merci Flicky, ton explication m'a un peu ouvert les port de la cervelle:
la sequence du peptide serait?
Pro-Ala-Leu-Cys-Arg-Lys-Asp-Tyr-COOH
la Pro serait le Nt? parcequ'elle a 2 fcts amines? c'est ça?

merci pour le coup de pouce!

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite7b997c99]

Heu, d'où vient la Proline?
Dans ton cas en N-term, ce serait plutôt un acide aminé
qui n'a PAS ou PLUS de fonction -NH2, et c'est pour ca que
le Dinitrofluorobenzene et le Phénylisothiocyanate ne se fixent pas!

Je te conseille de reprendre ton cours (sur les acides aminés
notamment) et de relire mon premier post.

Ensuite: Try again!