Bonjour,
J’ai une petite question :
J’ai récupéré une séquence d’un gène sur le site NCBI de pubmed et je ne suis pas une spécialiste de pubmed. J’aimerais connaître la numérotation de tout les exons pour pouvoir les localiser sur ma séquence. J’aimerais également avoir en parallèles de la numérotaion des exons la numérotation des acides aminées codons.
Quelqu’un peut-il me faire profiter de son savoir ?
salut
Tout est justement indiqué dans l'annotation de la sequence que tu as recupéré.
il y a d'indiqué les CDS 'coding sequence' et lorsqu'il y un ou des introns d'identifié alors c'est aussi indiqué.
Yoyo
merci Yoyo,
connais-tu un moyen plus pratique d'avoir une numérotation des exons directe sur la séquence? parceque j'ai 50 exons et cela est trés long lorsque il faut se reporter 50 fois sur la séquence pour choisir des primers par exemple.
Si les CDS sont en couleur sa pourrait être plus simple.
selon les organismes il y a peut etre des representations graphiques des sequences mais rien n'est moins sur.
Sinon a priori dans les fichiers NCBI, il y a une sequence appelée mRNA qui correpond a la version theorique de ton ARNm apres epissage.
Yoyo
Salut,
Ce que tu peux faire c'est inclure ta séquence (format Fasta) dans un logiciel de création de primers, ce sera plus simple et plus lisible.
Cordialement,
An expert is one who knows more and more about less and less.
trés bien , merci pour vos réponses -
Tu peux aussi essayer de voir sur ensembl. Il ya l'organisation genomique sous forme de graphique et les sequences introns exons. Ce n'est pas toujours tres intuitif, mais en cherchant un peu ce sera peut-etre plus rapide que Pubmed.
effectivement!! avec ensembl c'est super il me met de la couleur pour les SNP la numérotation des nucléotides avec en même temps la numérotation des acides aminées codons en parralléles je trouve agréable
