Mécanisme de transcription

[invite157c7bdf]

Bonjour à tous

je suis un peu perdue (pour ne pas dire trop ) surtout en ce qui concerne le mécanisme de la transcription voilà :

Pour commencer je confonds entre "en amont" et "en aval" par exemple : dans la transcription chez les Procaryotes, le promoteur est constitué de deux séquences comunes (séquence consensus ) sur le côté 5' en AMONT du site d'initiation??et ya une autre séquence à -35 qui permet la fixation du facteur sugma .,,???là ma question est : en amont du site d'initiation, c'est où au juste ?

Seconde question : C'est quoi la différence entre : "Site d'initition" etr promoteur ???

trisième question : j'ai un problème avec la polarité (5'=====3') et (3'=5') par exemple dans le cours c'est écrit :"Lors de l'elongation, l'ARN polymérase va permettre d'ajouter des ribo nucléotides d emanière covalente à l'éxtrémité 3' de la chaine d'ARN croissante à noter que la synthèse se fait toujours de 5' à 3'

merci davance, vos réponses vont m'être d'une très grande aide vue que là je rame grave !!
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[invite157c7bdf]

Alors,?

[ccharly84]

salut

pour l'amont et l'aval:
ADN
5'__________site d'initation__________ 3'
amont aval



ensuite le promoteur est une molécule qui permet le début de la transcription en permettant à l'enzyme de se fixer à l'adn et de reconnaitre le site d'initiation, d'où commencera la transcription.

et pour terminer: seul le brin 3'5' est transcrit. l'arn polymérase va dans le sens 5' vers 3' (en complémentarité du brin d'ADN ) en rajoutant à chaque fois des nouvelles bases
ADN 3'______________5'
ARN 5'____........3' (nouvelles bases à la suite)

[ccharly84]

y a eu un beugue avec l'amont et l'aval:

5'_____________site___________
amont aval

[A voir en vidéo sur Futura]

[ccharly84]

ça marche pas!
l'amont est avant et l'aval après le site d'initation

[invite689529bc]

Bonjour,

Si on prend les choses dans l'ordre, pour amont et aval. Je trouve que c'est plus facile en anglais avec upstream et downstream, ça parle plus (imagine que tu vais des bonds en avant ou en arrière).
Si on dit en amont du promoteur c'est avant le promoteur, comme moyen memotechnique tu peux penser à en amont ça ressemble à nous marchons (oui tirer par les cheveux, mais ça marche
Donc en aval, c'est proche de la fin. Un autre moyen c'est d'imaginer une cascade, si tu parle de l'amont, c'est quand l'eau est haute par rapport à toi, l'aval l'eau est tombée et se retrouve dans la fleuve. Avec ce dessin , tu serais la tête et la cascade est représentée par les deux mains, l'amont c'est plus haut, avant d'arriver au visage, l'aval c'est le fin de la source et s'éloigne de toi. Un peu long, mais j'espère que ça éclaire un peu.

Si on est d'accord sur cette définition, alors on peut effectivement parler d'un promoteur en amont (avant) le site d'initiation de la transcription (symbolisé par la séquence AUG). Le consenscus dans la communauté scientifique quand il est question de l'ADN c'est de parlé de 5'-3'.
En amont du site d'initiation de la transcription (+1) on retrouve plusieurs séquences qui vont aider la machinerie cellulaire (complexe de transcription) à se fixer pour arriver tranquillement au site d'inititiation. Parmi ces séquences on retouve dans la région -35 la séquence TTGACA, dans la région -10 on retrouve une séquence TATAAT qu'on appelle par abus de language, la boite TATA.
Résumé:
un élément situé en amont du site d'initiation de la transcription est donc situé avant.

Seconde question: différence entre promoteur et site d'initation.
Je peux pas faire de dessin, mais imagine une schématisation de l'ADN (2 lignes horizontales paralléles), mets au 2ème quart une marque +1, qui est le site d'initiation de la transcription. En amont de ce +1, donc avant, soit sur le gauche, tu peux poser une position que tu note -10 et plus à gauche encore une position -35, ce qui correspond aux boites (ou unités de transcription) qu'on retrouve chez les procaryotes. Le promoteur contient donc les boites -35, -10 et le site d'initiation de la transcription +1, l'ensemble porte le nom de promoteur.
Les séquences -35 et -10 sont notées avec un signe négatif par ce qu'elles sont situées derrière le site +1, celui qui "compte vraiment", parce que c'est là que commence la transcription, tout ce qui est avant ce site ne se retrouve pas vraiement dans l'ARN.

Troisième question: polarité 5'-3'
Alors, on va reprendre le schéma de l'ADN, les deux lignes horizontales. Celle du haut tu peux l'appeler 5'-3' (5' à gauche, 3' à droite), celle du bas étant complémentaire elle sera notée 3'-5' (donc 3' à gauche et 5' à droite).
On parle de brin sens et anti-sens. Le brin d'ADN qui dirige la synthèse de l'ARNm s'appelle brin matrice ou anti-sens.
Au moment de la transcription les deux brins se séparent et la machinerie va se fixer au niveau des séquences promotrices dont on a parlé tout à l'heure.

Si c'est pas clair tu peux reposer des questions, à+
Belouga7