BAC array-CGH : constitution

[invite17a570c1]

Bonjour,
Je me posais la question pourquoi cette puce exclut les régions indiquées (partie soulignée)...?

The human BAC array consists of 4342 clones that are placed at a single location on the May 2004 draft assembly. 99% of map locations have been FISH verified. The clones have a median spacing of 402 kb across the chromosomes, excluding the repetitive regions around the centromeres, the short arms of the acrocentric chromosomes, and the long arm of the Y chromosome.

Merci.
Cordialement,
-----

[invite72953e70]

Bonjour,

Les régions soulignées sont hautement répétitives et relativement pauvres en gènes. Ce type d'expérimentation visant à détecter des variations du nombre de copies de régions chromosomiques, je les soupçonne d'avoir maximiser sur leur puces le nombre/chevauchement de BAC "potentiellement informatifs" afin d'améliorer la sensibilité.

tout aussi cordialement,
Sed

[invite17a570c1]

En fait, ce que je ne comprends pas très bien c'est que dans l'article ces puces sont utilisées pour l'étude de courtes répétitions :

Here we review the genomic distribution of CNVs, which is strongly correlated with gene, repeat and segmental duplication content.
(...)
Based on these studies, there are now over 400,000 annotated indel polymorphisms smaller than 1,000 nucleotides in length. These polymorphisms, particularly for the smallest events affecting from one to a handful of nucleotides, are the second most commonly occurring form of variation in the human genome. They behave similarly to SNPs in terms of their broad genomic distribution, allelic associations with other variants, frequency distributions in human populations and contributions to evolutionary divergence among mammals.

Sachant que les SNP sont rencontrés tous les 100 à 1000 nucléotides, pas de distribution préférentielle, et que les polymorphismes étudiés ici ont un comportement très similaire, pourquoi exclure des régions hautement répétées?

Merci.

Cordialement,

[invite72953e70]

En fait, ce que je ne comprends pas très bien c'est que dans l'article ces puces sont utilisées pour l'étude de courtes répétitions :

La résolution de ce type de manip n'est pas inférieure à 1 kb (je pense même qu'on est plutôt au delà de 10kb - mais là j'attend confirmation). Donc je persiste sur l'idée de filtrer des zones riches en répétitions pour ce type d'étude.

Sachant que les SNP sont rencontrés tous les 100 à 1000 nucléotides, pas de distribution préférentielle, et que les polymorphismes étudiés ici ont un comportement très similaire, pourquoi exclure des régions hautement répétées?

Elles ne seront pas informatives si l'objectif est de recenser des variation de nombre de copies associées à une forme de selection (dans une environnement géniques). Les régions exclues risquaient fort de varier d'un individu à l'autre en toute impunité.


C'est un article sur les CNV çà non ??
Si tu me donnes l'info, je veux bien jeter un oeil.
A+
Sed

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite17a570c1]

La résolution de ce type de manip n'est pas inférieure à 1 kb (je pense même qu'on est plutôt au delà de 10kb - mais là j'attend confirmation). Donc je persiste sur l'idée de filtrer des zones riches en répétitions pour ce type d'étude.

Elles ne seront pas informatives si l'objectif est de recenser des variation de nombre de copies associées à une forme de selection (dans une environnement géniques). Les régions exclues risquaient fort de varier d'un individu à l'autre en toute impunité.

Pigé Merci bien!

C'est un article sur les CNV çà non ??
Si tu me donnes l'info, je veux bien jeter un oeil.

Oui, c'est bien un article sur les CNV (le premier que je lis d'ailleurs ) :
Mutational and selective effects on copy-number variants in the human genome
Gregory M Cooper, Deborah A Nickerson & Evan E Eichler, Nature Genetics 39, S22 - S29 (2007)