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Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource



  1. #1
    Didie13

    Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource


    ------

    Bonsoir à tous,

    J'ai beaucoup de mal à définir ces données de bioinformatique:
    Tout d'abord une banque de donnée: je sais que c'est l'ensemble des données qui existe sur les séquences ADN ou protéiques.

    Ensuite mon réel problème c'est pour différencier bases de données et centres de ressources.

    Pour moi un centre de ressource c'est l'interface qui rassemble les banques de données et permet de faire une recherche.

    Alors à quoi servent les bases et les système d'interrogation de banques...?

    -----

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  3. #2
    MaliciaR

    Re : Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource

    Selon ta définition de centre de ressources : ensemble de banques de données. Donc, si je n'ai pas de banques de données, je n'ai pas de centre de ressources... C'est un peu logique
    Une banque de données peut être "séquences protéiques", peut être "séquences nucléotidiques", peut être "Eucaryotes", peut être uniquement Drosphile,... autant de banques de données que de données
    Ensuite, les systèmes d'interrogation de banques auraient quelle utilité? C'est bien beau d'avoir un ensemble avec des données. Mais j'ai une recherche précise : je veux que la banque me sorte une séquence d'acides aminés de telle taille et pas d'une autre, d'un organisme qui est celui-là et pas un autre... Beh, il vaudrait mieux dans ce cas que je puisse formuler mes critères Faire donc une requête précise et le système d'interrogation sera gentil pour être mon moyen de le faire.

    J'espère que cela aide

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  4. #3
    Didie13

    Re : Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource

    Ok!!!

    Alors en fait, vu que les centres de ressources ont déjà un système permettant d'effectuer une recherche, j'imagine que l'avantage des systèmes d'interrogation c'est de pouvoir comprendre d'autre centre de ressources dans la recherche?

    Et pour les bases de données tu n'as aucune idée de ce que ca peut représenter?

    En tout cas merci pour cette réponse!

  5. #4
    MaliciaR

    Re : Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource

    On ne m'a jamais présenté les choses de cette manière rigide...
    Je te dirai ce que j'en pense, ce qui serait cool c'est que tu donnes les définitions auxquelles tu as à faire. On peut se débrouiller mieux au lieu que de t'embrouiller avec des définitions autres
    Donc, je peux avoir plusieurs bases de données, en fait ce sont des ensembles de données tout court. alors que dans une banque j'aurai des thèmes. Donc, si j'ai plusieurs banques, je peux créer une base. C'est en tout cas que cela m'a été présenté, si je me trompe qu'on me corrige.
    Ensuite, les différents systèmes d'interrogation sont destinés à différentes banques. Par exemple, regarde le système Entrez de NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery) et le système SRS (http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/...sq2+-noSession). Chacun permet de définir des critères exploitables par ses banques.
    Mais je te redis : donne les définitions de ton cours et on se débrouillera

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  6. #5
    MaliciaR

    Re : Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource

    P.S. J'ai oublié d'ajouter un truc concernant les banques/bases de données.
    J'ai l'impression que c'était une distinction bien formelle et assez rigide et que maintenant les deux sont un peu confondues...

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Didie13

    Re : Bioinformatique: Banques/Bases/Centre de resssource

    D'accord!

    Alors le problème c'est justement que je n'ai pas vraiment de définition. Voilà la seule chose qu'il nous a donné sur les bases de données:

    - Notion de tables (objet défini) et de relations entre les tables
    - Modélisation avec liens logiques entre les données (sans redondance)
    - Requêtes multicritères (langage de requêtes et de manipulation de données)
    - Exploitées à l’aide de Systèmes de Gestion de Bases de Données (SGBD)

    Pour les banques:

    - Collection de données (séquence, format, structure) en « fichier texte »:
    - organisation séquentielle des données
    - Format simple, lisible
    - Pas facilement interrogeable.
    - Données portables dans différents environnements informatiques

    Sinon je pense que tu as raison pour le fait que ce soit un peu confondu maitenant, parce qu'ils emploient une fois l'un et une fois l'autre, et je ne vois pas forcement de différence.

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