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emboss et alamut



  1. #1
    bicou13

    emboss et alamut


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    Voila, j'aimerais savoir si quelqu'un utilise ces deux logiciels (ou l'un ou l'autre). J'aimerais avoir un peu plus d'exlpication sur leur fonctionnement et leur pertinence. Est-il utile de s'orienter vers l'achat de alamut sachant que je fais beaucoup de séquencage et de diagnostique avec les résultats de séquence, mais que Ensembl et Entrez ne sont pas très annotés pour les genes variations de mes gènes.

    Amicalement à tous,

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  2. #2
    sed s/war/peace/ *

    Re : emboss et alamut

    Bonjour,

    J'ai utilisé quelques soft du package Emboss. On peut y accéder en ligne par exemple sur le site de pasteur , ce qui évite de les installer localement. Les options sont détaillées. Globalement, ces programmes font de l'analyse de séquence. dans 90 % des cas, on copie-colle une sequence ADN/ARN/proteine en fasta et en retour on obtient un fichier texte/html qui contient des infos sur cette séquence (%GC, usage des codons, motifs protéique, bref je vais pas faire la liste : voir l'inventaire des programme pour se faire une idée).
    Je ne suis pas sûr que cela soit très approprié pour votre recherche de mutation dans vos gènes préféré.
    L'autre soft - Alamut - semble plus fait pour vous. il va prendre vos reads à la sortie du séquenceur et mapper (désolé pour le jargon) les résultats sur les données obtenues a partir de plusieurs banque.
    l'avantage c'est qu'il va chercher tout seul les données et qu'il réalise sûrement pas mal d'analyse en routine.
    Cela ne veut pas dire que sa prise en main soit quantité négligeable dans votre temps de travail. D'autres part, ce genre d'outil clef en main a tendance a fidéliser le client grâce a des format propriétaire. Ce sont des commerçant avant tout.

    A votre place, j'essayerai de me rapprocher d'un bioinformaticien de votre institution.


    NB :
    Ensembl et Entrez ne sont pas très annotés pour les genes variations de mes gènes
    Vous ne trouverez pas de "meilleures" annotations avec Alamut. Il se contentera d'aller chercher pour vous les informations sur ces bases.
    Et ce pour une somme très modique, j'imagine

    A+
    Sed
    aui q encore touch2 q ,on clqvier ??

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