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swiss prot



  1. #1
    ?chabou?

    swiss prot

    Salut à tous, je cherche le poids moléculaire de plusieurs protéines phosphorylées, comment y accéder dans swiss prot? merci de vos réponses

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    Vinc

    Re : swiss prot

    Bonjour!
    Tu n'as pas besoin de swiss prot et d'ailleurs je ne suis pas certain que cette fonction existe, en tout cas dans swiss prot! La phosphorylation ne modifie pas le poids moléculaire global de la protéine (la masse du phosphate est complètement négligeable).
    La plupart des protéines phosphoryllées "shiftent" juste au dessus de la forme non modifiée car le phosphate perturbe la migration de la protéine dans le gel : donc le shift n'est pas dû à un réel changement de poids moléculaire.
    Tu peux regarder dans les catalogues d'anticorps si tu veux avoir une image de ce fameux shift (si bien entendu il existe un anticorps contre la forme phosphoryllée et non phosphoryllée de la protéine que tu étudies).
    De quelle protéines s'agit-il??

    A+
    V.
    Dernière modification par Vinc ; 24/01/2008 à 15h23.
    Primum non nocere.

  4. #3
    Pseudomonas

    Re : swiss prot

    Citation Envoyé par Vinc Voir le message
    Bonjour!
    Tu n'as pas besoin de swiss prot et d'ailleurs je ne suis pas certain que cette fonction existe, en tout cas dans swiss prot! La phosphorylation ne modifie pas le poids moléculaire global de la protéine (la masse du phosphate est complètement négligeable).
    La plupart des protéines phosphoryllées "shiftent" juste au dessus de la forme non modifiée car le phosphate perturbe la migration de la protéine dans le gel : donc le shift n'est pas dû à un réel changement de poids moléculaire.
    Tu peux regarder dans les catalogues d'anticorps si tu veux avoir une image de ce fameux shift (si bien entendu il existe un anticorps contre la forme phosphoryllée et non phosphoryllée de la protéine que tu étudies).
    De quelle protéines s'agit-il??

    A+
    V.
    Bonsoir,

    J'aurai aimé savoir en quoi le phosphate va perturber la migration? Par là j'entend est-ce que le phosphate intéragit avec le gel d'une quelconque manière?

    Merci d'avance.

    Cordialement,


  5. #4
    MaliciaR

    Re : swiss prot

    Salut,

    Je ne crois pas en une quelconque interaction entre les groupements phosphate (Vinc, tu en dis quoi?). Il s'agit plutôt d'un encombrement stérique qui fait que sur gel on a l'impression que le poids moléculaire de la protéine est supérieur de 2-3 Da. Dans ce cas, tu as ce shift dont parle Vinc (tu as deux bandes correspondant à ta protéine, légèrement espécées).

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  6. #5
    Pseudomonas

    Re : swiss prot

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Salut,

    Je ne crois pas en une quelconque interaction entre les groupements phosphate (Vinc, tu en dis quoi?). Il s'agit plutôt d'un encombrement stérique qui fait que sur gel on a l'impression que le poids moléculaire de la protéine est supérieur de 2-3 Da. Dans ce cas, tu as ce shift dont parle Vinc (tu as deux bandes correspondant à ta protéine, légèrement espécées).

    Cordialement,
    Effectivement c'est ce qui semble le plus probable. Honte à moi d'avoir posé la question . Merci MaliciaR

    Bonne soirée.


  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Yoyo

    Re : swiss prot

    Salut

    En effet Malicia a raison

    Yoyo

  9. Publicité
  10. #7
    ?chabou?

    Re : swiss prot

    En fait ce sont les protéines phospho-cmyc, phospho-lyn et phospho-syk car je dois determiner le pourcentage d'acrylamide à utiliser pour mon gel de western, merci de vos réponses ca m'a bien éclairé!

  11. #8
    Vinc

    Re : swiss prot

    Salut!
    Citation Envoyé par ?chabou? Voir le message
    En fait ce sont les protéines phospho-cmyc, phospho-lyn et phospho-syk car je dois determiner le pourcentage d'acrylamide à utiliser pour mon gel de western, merci de vos réponses ca m'a bien éclairé!
    Tu n'as pas besoin de modifier ton pourcentage d'acrylamide : comme l'a signalé Malicia l'encombrement stérique du phosphate fait shifter de quelques kDa seulement. Donc utilise le même pourcentage que pour la forme non modifiée et de toute façon si tu veux être rigoureuse il te faut passer un anti phospho puis faire un stripping (si ce sont 2 Ab de la même espèce) et enfin passer l'anticorps dirigé contre la forme total SUR LA MEME MEMBRANE.

    Myc migre aux alentour de 60kDa donc je te conseille un gel 8 ou 10%. La forme phospho migre dans la même gamme.
    - P-myc
    http://www.cellsignal.com/products/9401.html
    - myc
    http://www.cellsignal.com/products/9402.html


    Pour Lyn les deux formes migrent à environ 55 kDa. Un 10% suffit.
    - P-Lyn
    http://www.cellsignal.com/products/2731.html
    - Lyn
    http://www.cellsignal.com/products/2732.html


    Et enfin pour Syk, la migration se fait aux alentour de 72kDa. Un gel à 8 ou 10% sera parfait.
    - P-syk
    http://www.cellsignal.com/products/2715.html
    - syk
    http://www.cellsignal.com/products/2712.html

    Bon courage

    V.
    Dernière modification par Vinc ; 25/01/2008 à 09h31.
    Primum non nocere.

  12. #9
    ?chabou?

    Re : swiss prot

    Merci beaucoup je suis sauvée, c'est la première fois que je m'inscrit et que je participe a un forum c'est vraiment super, merci encore pour ces réponses je vais pouvoir faire un super western je vous tiens au courant si je trouve des résultats d'enfer!!!!

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