une troisieme phylum chez les archae?

[John78]

cette discussion proviens de la séparation des messages fait en réponse a ce message. yoyo

Depuis le temps que l'un de mes profs en parle et qu'il nous conjure de nous taire
Maintenant, c'est officiel :

Mesophilic crenarchaeota: proposal for a third archaeal phylum, the Thaumarchaeota

Céline Brochier-Armanet, Bastien Boussau, Simonetta Gribaldo & Patrick Forterre, Nature Reviews Microbiology 6, 245-252 (March 2008) | doi:10.1038/nrmicro1852

Tu diras quand même a ton prof que lorsequ'on fusionne des genes pour faire une phylogénie, une précaution a prendre c'est d'analyser la congruence de chaqu'un des genes(= regarder si tout les gènes racontent bien la même histoire). Parceque chez les procaryotes, y a plein de transfers latéraux de gènes, y compris chez les protéïnes ribosomale. Si tu inclus les genes ayant eu des transfers, ca fausse complètement le résultat de la phylogénie de fusion. Là y a pas de vérification, et c'est pas bien, et ca pose des questions sur la validité du résultat...

A+
J
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[doubleD]

Là y a pas de vérification, et c'est pas bien, et ca pose des questions sur la validité du résultat...

Salut
Et si je me trompe pas t'as publié avec Forterre. Tu serais pas en train de vouloir tuer le père ?

[MaliciaR]

Salut
Et si je me trompe pas t'as publié avec Forterre. Tu serais pas en train de vouloir tuer le père ?

Je ne sais pas qui est Papy John, mais je trouve que sa critique est justifiée.
Et je ne pense pas que les éventuelles histoires personnelles doivent être amenées ici...

Cordialement,

[invited32a0869]

c'était une boutade

signé doubleD

[A voir en vidéo sur Futura]

[Vinc]

Oui c'est ce que j'allais dire!! Il me semble bien que Mr John78 a fait sa thèse chez Forterre.

Mais la remarque est effectivement tout à fait justifiée....

V.

[invite72953e70]

Bonjour,
Pour abonder - désolé pour Mr forterre - dans votre sens, j'ai lu récemment :

Dans MBE :
Alternative Methods for Concatenation of Core Genes Indicate a Lack of Resolution in Deep Nodes of the Prokaryotic Phylogeny
E. Bapteste*,1,2, E. Susko,2, J. Leigh*, I. Ruiz-Trillo*, J. Bucknam* and W.F. Doolittle*
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/co.../25/1/83#BIB10

qui met à mal les méthode de concaténations en construisant ( de ce que j'ai compris) des branches bien soutenues à partir de données "randomisées", et qui fait référence à:
The tree of one percent
Tal Dagan and William Martin (dans genome biology)
qui est aussi très critique vis a vis de ces méthodes (et un peu plus facile à lire pour moi ...)

Apparemment c'est LE sujet de débat du moment chez les phylogénéticiens. Un débat pas toujours très cordial d'après ce que j'ai cru comprendre

[invite755ead75]

Je connais bien le sujet et la biblio sur ce thème et tu as parfaitement raison de souligner que le débat est intense dans la communauté scientifique en ce qui concerne les transferts horizontaux de gènes.

Le travail de Brochier, Gribaldo & Forterre sur les archées s'inscrit dans une longue ligne de recherche qui a débuté il y a déjà quelques années avec Hervé Philippe. En particulier ils ont décrit dès 2002 l'utilisation d'une méthode pour tester la congruence des gènes utilisés avant de les utiliser dans une fusion (méthodes utilisant les ACP). Bapteste est d'ailleurs un des signataire de ce papier.

La plupart des papiers ultérieurs (aussi bien de Brochier et al. utilisant les ACP que de Bapteste et al. utilisant les heat-map) montrent par exemple que les protéines ribosomiques sont de bons marqueurs phylogénétiques (en particulier chez les archées) et qu'elles sont globalement peu sujettes au transferts de gènes. Des transferts clairs ont été mis en évidence (d'ailleurs les deux méthodes détectent a peu près les mêmes transferts).

Ce qui est plus intéressant c'est que les phylogénies obtenues en utilisant des marqueurs différents (transcription, traduction, exosome, proteasome...) ont montré que chez les archeae, il existe un coeur de gènes apparemment très peu transférés au cours de l'évolution (au moins chez les archaea qui ont été étudiées jusqu'à ce jour). Comment expliquer cette congruence entre marqueurs différents ?

Le papier récent de Brochier, Gribaldo et Forterre s'inscrit dans cette logique qui résulte de études successives des protéines ribosomiques et des transferts qui les affectent. Dans chacun de leur papier les protéines sont étudiées individuellement avant d'être concaténées.

Des travaux de Daubin et collaborateurs aboutissent aux mêmes conclusions mais en ayant étudié des organismes différents (voir son travail sur les gamma-protéobactéries par exemple).

D'après ce que j'ai compris de toutes ces lectures sur les transferts de gènes (pas que ceux décrivant les travaux de brochier et bapteste, voir par exemple les articles de Kurland), c'est qu'il y a parfois un amalgame (dommageable d'ailleurs) entre l'incongruence liée à des transferts de gènes et l'incongruence liée à d'autres facteurs exemple: biais de compositions, différences de vitesse d'évolution, artefact de reconstruction, stochasticité du signal phylogénétique etc...

Bonne soirée,

Gwell

[John78]

Salut
Je suis pas d'accords avec ce qu'a ecris Gwell, dans tout les papiers de Brochier et al. sur le jeu de donnée ribosomal et transcriptionnel depuis 2004 je vois pas mention de test de congruence des marqueurs. Ca ne veut pas dire que ces papiers sont faux, c'est probablement pas le cas, mais on ne sait pas en fait et c'est bien là que se situe le débat.
En plus de l'article cité par Sed/War/Peace, Bapteste et al. ont publié un autre article pour montrer les limitations des jeu de donnée, nottament dans le cas des Archea :

BMC Evol Biol. 2005 May 24;5(1):33.

Do orthologous gene phylogenies really support tree-thinking?

Bapteste E, Susko E, Leigh J, MacLeod D, Charlebois RL, Doolittle WF.

[...]Heat map analyses were used to investigate the congruence of orthologues in four datasets (archaeal, bacterial, eukaryotic and alpha-proteobacterial). We conclude that we simply cannot determine if a large portion of the genes have a common history. In addition, none of these datasets can be considered free of lateral gene transfer. CONCLUSION: Our phylogenetic analyses do not support tree-thinking. These results have important conceptual and practical implications. We argue that representations other than a tree should be investigated in this case because a non-critical concatenation of markers could be highly misleading.[...]

Texte intégral libre là :

http://www.biomedcentral.com/1471-2148/5/33

A+
J
PS : pour dissiper tout malentendu je connais tres bien les protagonistes de ce débat et y a rien de personnel dans tout ça, loin s'en faut.