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splicing+mutation



  1. #1
    Bacillus 100

    splicing+mutation

    Bonjour,

    Une mutation génétique dans une zone d'épissage peut provoquer entre autre;
    le saut d'exon
    une rétention intronique
    une activation d'un site donneur ou activateurs provoquant une délétion partielle.

    Connaissez-vous des épissages plus aberrant? Quelqu'un à t-il des papiers intéressant traitant des maladies d'epissage??

    Merci beaucoup

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    fxmulder

    Re : splicing+mutation

    Salut alors très vite fait parce que j'ai pas trop le temps, je travaille sur une maladie, la dystrophie myotonique, qui est du à un dérèglement de la balance des facteurs d'épissage ce qui provoque des isoformes protéiques de type foetales chez les patients adultes, et celles ci sont incapables de remplir leurs fonctions. Tu dois pouvoir facilement trouver des infos sur ncbi en tapant "myotonic dystrophy".

    Bon courage et peut-être à plus si tu veux plus d'infos.

    FX

  4. #3
    Bacillus 100

    Re : splicing+mutation

    Ok,

    Ces mutations d'épissages tu vas directement les pêcher sur l'ADN génomique? et ensuite tu vas étudier son rôle sur l'ADNc? Tu fais du séquençage ou t'utilise d'autres techniques?

    Je vais exposer mon probléme:

    J'ai un patient homme maladie lié à l' X qui obligatoirement posséde une mutation homozygote sur le gène X. Le problème est que je ne trouve pas de mutations sur les zones codantes, par conséquent j'ai vérifié les zones de splice et la je retouve une mutation à -11 d'un exon. Ces 2 soeurs qui sont également malade posséde la même mutation mais hétérozygote ok super! Le problème et que je trouve pas l'effet qu'elle produit sur le cDNA, j'ai séquençé toute la région cDNA aprés la mutation et rien je ne trouve ni délétion ni retention intronique. L'effet d'une mutation sur une zone de splice modifie obligatoirement l'exon aprés la mutation ou bien il y a d'autres moyens??? J'y comprend pas grand choses, le phénoméne d'epissage est super compliqué beaucoup de protéines intervenant à plusieurs niveau c'est compliqué à pour ma petite tête.

    Quelqu'un à t-il des idées??? Cette mutation que je retouve mêmes chez ces deux soeurs!! peut être un polymorphisme ? ou je peux continuer à y croire ???

  5. #4
    Yoyo

    Re : splicing+mutation

    salut

    est-ce que ta mutation ne pourrait pas jouer sur la stabilité de ton ARNm? tu le detecterait normalement mais il serait moins abandondant, donc moins de protéine, donc probleme...
    Sinon si ton cDNA est correcte que tu as tous tes exons et aucun intron, ta mutation n'affecte pas l'epissage.
    Tu as séquencé les parents pour voir? pour savoir si c'est du polymorphisme il te faudrait des sequences d'individus non malades de la famille.

    YOyo

  6. #5
    Bacillus 100

    Re : splicing+mutation

    L'ARN de ce patient me semble pas instable car on à comme même reussis à RT et amplifier assez facilement par contre j'ai pas amplifié le cDNA en entier (environ 5000pb)certaines parties du cDNA manque au séquençage (cause spécificité des amorces) mais ces parties sont du côté 5' de la mutation donc j'imagine mal un mauvais épissage avant cette mutation, mais bon il faut que j'optimise les primers pour tout amplifier pour être sure parceque parfois une mutation peut apparaitre comme par surprise aprés la transcription.



    Je devrais avoir la semaine prochaine le résultat de séquençage de la mère qui est également malade par contre malheuresement je n'aie pas à diposition des membres de la familles sains

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Yoyo

    Re : splicing+mutation

    Salut

    Il y a autant de raison d'affecter le site donneur que le site accepteur d'epissage. CA signifie donc qu'il n'y a pas de raison que cela affecte plus le coté 3' que le coté 5'.
    De plus la RT n'est certainement pas quantitative, tu ne peux donc rien conclure quant a la stabilité de ton ARNm.

    YOyo

  9. Publicité
  10. #7
    MaliciaR

    Re : splicing+mutation

    Citation Envoyé par Yoyo Voir le message
    Salut

    Il y a autant de raison d'affecter le site donneur que le site accepteur d'epissage. CA signifie donc qu'il n'y a pas de raison que cela affecte plus le coté 3' que le coté 5'.
    Exact, étant donné que les séquences non codantes ne subissent pas les mêmes pressions que les codantes

    De plus la RT n'est certainement pas quantitative, tu ne peux donc rien conclure quant a la stabilité de ton ARNm.

    YOyo
    Encore une fois exact, Yoyo, faudra que tu penses un jour à faire des fautes, stp, sinon c'est pas marrant Je plaisante.
    Tu peux faire un pulse-chase histoire de voir la durée de vie de tes ARN et aussi des dosages protéiques.

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  11. #8
    Bacillus 100

    Re : splicing+mutation

    Lorsque je parle des "parties" du côté 5' ce sont les exons en amont de la mutation , mais la il y a pas de mutation dans ces zones la donc je devrais retouver un épissage correct c'est pour sa que je m'intéresse en priorité aux exons qui sont situés juste aprés la mutation ici sur le site donneur d'épissage.

    Désolé pour l'expression

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