Gènes = ? protéines
Bonjour à tous, voilà j'aimerais savoir quelles sont les mécanismes qui font qu'on a pas toujours la synthèse d'une protéine mais que l'on a malgré tout son expression génomique, son ARNm est identifié comme étant présent par une biopuce mais la protéine n'est pas identifiée par MS.
Bonjour,
TU peux par exemple avoir par exemple des phénomène de gène silencieux (gene silencing) qui fait que tes ARNm vont être supprimés pour empêcher la synthèse la protéine. J'imagie qu'il doit exister d'autres phénomènes que d'autres t'expliqueront mieux que moi
à l'inverse il y a des gènes dont l'expression est réduite mais où la protéine est augmentée, ...
Il est aussi possible que la proteine ne soit pas detectée car elle est en trop faible quantité.
La regulation post transcription peut passer par la desctruction de l'ARNm ou par un blocage de la traduction.
Bonjour.
Je pense qu'il peut aussi y avoir un problème de mutation, au niveau du RBS, le site de fixation du ribosome. Je pense qu'il faut envisager toutes sortes de solutions qui pourraient empecher la traduction d'une protéine ( problème sur l'ARN ou sur la machinerie )
Après, en un peu plus farfelu, il y a aussi des systèmes de dégradation de l'ARN, comme DICER et RISC.
Et puis ça dépend aussi des systèmes que tu utilises, mais mes idées partent surtout sur les phénomènes de dégradation des ARN double brin.
les complexes DICER/RISC sont ceux impliqués dans les siRNA et miRNA.
Je pensais aussi à un problème de dynamique de l'expérience, l'étude génomique n'a peut être pas été fait au meme instant que l'étude protéomique ce qui pourrait aussi expliquer cela, mais ce n'est pas mentionné dans l'article...
Salut
tu travailles sur un procaryote?
Sinon les trois raisons les plus probables sont:
- c'est un ARN non codant
- il y a une regulation traductionnelle
- protéine trop faiblement exprimée.
Apres tu peux toujours avoir un mutant qui fait que ta protéine n'est pas exprimée. Derniere solution ta protéine est restée sur ta grille en MS.
Yoyo
non ce sont des résultats d'un article, l'étude de l'hépatotoxicité du méthapyrilène chez le rat, c'est donc de l'eucaryote. ils ont utilisé une biopuce ADN, là on voit l'expression génique et puis il y a les résultats du MS, et quand je compare je vois que les expressions génomique ne veulent pas dire corrélation avec l'expression protéique...
Ou une dégradation de la protéine, ou la séquestration dans un compartiment peu accecible....Envoyé par Yoyo
V.
