Souche bactérienne : qu'est-ce que ce génotype...?

[MaliciaR]

Bonjour,

Je suis en train de lire une publi (rapport, quand tu nous tiens... ) et dans le M&M il y a une de ces souches... Je ne comprends pas la moitié des mutations
Donc, il s'agit d'une E. coli DH5 alpha [(phi80 dlacZdeltaM15) endA1 recA1 hsdR17 (r ^- m ^- ) supE44 thi ^- 1 lambda ^- gyrA relA1 F ^- delta (lacZYA-argF) U169].
C'est tout, oui

Bon, ce que j'y comprends (ou essaie d'y comprendre) :
* recA1 : ne fait pas de recombinaison homologue;
* thi ^- 1 : ne peut pas utiliser la thiamine;
* lambda ^- : il n'y a pas de lambda lysogénique?
* gyrA : sous-unité A de la topoisomérase II; confère résistance aux quinolones si mutée, donc ici ce serait une souche sensible aux quinolones?
* relA1 : il y a une histoire de production bizarre de lipides, mais dans des conditions particulières...
* F ^- : pas de plasmide conjugatif F;
* delta (lacZYA-argF) : délétion de toute la région comprise entre lacZ et le gène argF (?)

Mais alors les autres... J'y comprends pas un traitre mot

Si quelqu'un a des idées, je suis preneuse
Ah, oui, l'article est de Ye et al., JB (1994)...


Merci beaucoup


Cordialement,
-----

[invitebe38ce14]

Salut,

le produit de argF est impliqué dans la voie de biosynthèse de l'arginine, donc sans complémentation ta bactérie est hétérotrophe pour l'Arg (séléction),
et le produit de lacZdeltaM15 est donc LacZ mais tronquée de ses 15 premier AA (alpha peptide) => inactive.
Si tu lui apportes ses 15 premiers AA (alpha complémentation) => enzyme active (screen).

Mais pour tout le reste?
Et je suis bien interessé aussi pour les autres réponses!

[MaliciaR]

Salut,

le produit de argF est impliqué dans la voie de biosynthèse de l'arginine, donc sans complémentation ta bactérie est hétérotrophe pour l'Arg (séléction),

Oki doki

et le produit de lacZdeltaM15 est donc LacZ mais tronquée de ses 15 premier AA (alpha peptide) => inactive.
Si tu lui apportes ses 15 premiers AA (alpha complémentation) => enzyme active (screen).

Ah, ok! Je connais l'alpha complémentation, mais je ne savais pas que génotypiquement on l'écrivait ainsi... Merci


Cordialement,

[gorben]

Salut,

Alors ca

[delta (lacZYA-argF) U169

c'est la deletion de tout l'operon lacZ (enorme deletion)

Ca :

(phi80 dlacZdeltaM15)

C'est ce qui te permet l'alpha complementation avec LacZ tronque qui est ramene par un phage.

et ca :

relA1[/I]]

.
c'est une mutation dans relA, ce qui te permet d'avoir un "relaxed phenotype" (desole je connais pas le terme francais). RelA est une proteine associee aux ribosomes qui lorsque le niveau d'AA diminue (tRNA non charge dans le site actif du ribosome) va synthetiser une alarmone (ppGpp) qui va inhiber la synthese des rRNA et "rediriger" la transcription vers une reponse de type "famine".
Ta mutation va donc empecher ce process, et donc tu vas continuer a avoir synthese mRNA/rRNA meme en absence de traduction.

A+

[A voir en vidéo sur Futura]

[gorben]

salut,

je relance le topic parce que je viens de retrouver la bible des genotypes, et ayant autrefois passe de nombreuses heures a sa recherche, je me dis que ca peut interesser quelqu'un ici.

La bible des genotypes est donc ici

A+

[piwi]

Je vais le mettre directement dans la bibliothèque tant ce problème de génotype procaryote est un jour ou l'autre délicat pour tous les étudiants (et en plus à force de ne plus s'en servir on les oublie).

Très bonne pioche!
Merci Gorben.

Cordialement,
piwi

[MaliciaR]

Wahou, Gorben, voilà ce qui est beau Merci!


Cordialement,

[Yoyo]

salut,

je relance le topic parce que je viens de retrouver la bible des genotypes, et ayant autrefois passe de nombreuses heures a sa recherche, je me dis que ca peut interesser quelqu'un ici.

La bible des genotypes est donc ici

A+

Super!!!!
merci beaucoup de partager ce lien avec nous! c'est vrai que parfois c'est difficile de savoir et l'info quasi impossible a trouver!
un lien qui va etre tres utile!!!

YOyo