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Souche bactérienne : qu'est-ce que ce génotype...?



  1. #1
    MaliciaR

    Souche bactérienne : qu'est-ce que ce génotype...?


    ------

    Bonjour,

    Je suis en train de lire une publi (rapport, quand tu nous tiens... ) et dans le M&M il y a une de ces souches... Je ne comprends pas la moitié des mutations
    Donc, il s'agit d'une E. coli DH5 alpha [(phi80 dlacZdeltaM15) endA1 recA1 hsdR17 (r - m - ) supE44 thi - 1 lambda - gyrA relA1 F - delta (lacZYA-argF) U169].
    C'est tout, oui

    Bon, ce que j'y comprends (ou essaie d'y comprendre) :
    * recA1 : ne fait pas de recombinaison homologue;
    * thi - 1 : ne peut pas utiliser la thiamine;
    * lambda - : il n'y a pas de lambda lysogénique?
    * gyrA : sous-unité A de la topoisomérase II; confère résistance aux quinolones si mutée, donc ici ce serait une souche sensible aux quinolones?
    * relA1 : il y a une histoire de production bizarre de lipides, mais dans des conditions particulières...
    * F - : pas de plasmide conjugatif F;
    * delta (lacZYA-argF) : délétion de toute la région comprise entre lacZ et le gène argF (?)

    Mais alors les autres... J'y comprends pas un traitre mot

    Si quelqu'un a des idées, je suis preneuse
    Ah, oui, l'article est de Ye et al., JB (1994)...


    Merci beaucoup


    Cordialement,

    -----
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  3. #2
    rouskaou

    Re : Souche bactérienne : qu'est-ce que ce génotype...?

    Salut,

    le produit de argF est impliqué dans la voie de biosynthèse de l'arginine, donc sans complémentation ta bactérie est hétérotrophe pour l'Arg (séléction),
    et le produit de lacZdeltaM15 est donc LacZ mais tronquée de ses 15 premier AA (alpha peptide) => inactive.
    Si tu lui apportes ses 15 premiers AA (alpha complémentation) => enzyme active (screen).

    Mais pour tout le reste?
    Et je suis bien interessé aussi pour les autres réponses!

  4. #3
    MaliciaR

    Re : Souche bactérienne : qu'est-ce que ce génotype...?

    Citation Envoyé par rouskaou Voir le message
    Salut,

    le produit de argF est impliqué dans la voie de biosynthèse de l'arginine, donc sans complémentation ta bactérie est hétérotrophe pour l'Arg (séléction),
    Oki doki


    et le produit de lacZdeltaM15 est donc LacZ mais tronquée de ses 15 premier AA (alpha peptide) => inactive.
    Si tu lui apportes ses 15 premiers AA (alpha complémentation) => enzyme active (screen).
    Ah, ok! Je connais l'alpha complémentation, mais je ne savais pas que génotypiquement on l'écrivait ainsi... Merci


    Cordialement,
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  5. #4
    gorben

    Re : Souche bactérienne : qu'est-ce que ce génotype...?

    Salut,

    Alors ca
    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    [delta (lacZYA-argF) U169
    c'est la deletion de tout l'operon lacZ (enorme deletion)

    Ca :
    Citation Envoyé par Malicia
    (phi80 dlacZdeltaM15)
    C'est ce qui te permet l'alpha complementation avec LacZ tronque qui est ramene par un phage.

    et ca :
    relA1[/I]]
    .
    c'est une mutation dans relA, ce qui te permet d'avoir un "relaxed phenotype" (desole je connais pas le terme francais). RelA est une proteine associee aux ribosomes qui lorsque le niveau d'AA diminue (tRNA non charge dans le site actif du ribosome) va synthetiser une alarmone (ppGpp) qui va inhiber la synthese des rRNA et "rediriger" la transcription vers une reponse de type "famine".
    Ta mutation va donc empecher ce process, et donc tu vas continuer a avoir synthese mRNA/rRNA meme en absence de traduction.

    A+

  6. #5
    gorben

    Re : Souche bactérienne : qu'est-ce que ce génotype...?

    salut,

    je relance le topic parce que je viens de retrouver la bible des genotypes, et ayant autrefois passe de nombreuses heures a sa recherche, je me dis que ca peut interesser quelqu'un ici.

    La bible des genotypes est donc ici

    A+

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    piwi

    Re : Souche bactérienne : qu'est-ce que ce génotype...?

    Je vais le mettre directement dans la bibliothèque tant ce problème de génotype procaryote est un jour ou l'autre délicat pour tous les étudiants (et en plus à force de ne plus s'en servir on les oublie).

    Très bonne pioche!
    Merci Gorben.

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  9. Publicité
  10. #7
    MaliciaR

    Re : Souche bactérienne : qu'est-ce que ce génotype...?

    Wahou, Gorben, voilà ce qui est beau Merci!


    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  11. #8
    Yoyo

    Re : Souche bactérienne : qu'est-ce que ce génotype...?

    Citation Envoyé par gorben Voir le message
    salut,

    je relance le topic parce que je viens de retrouver la bible des genotypes, et ayant autrefois passe de nombreuses heures a sa recherche, je me dis que ca peut interesser quelqu'un ici.

    La bible des genotypes est donc ici

    A+
    Super!!!!
    merci beaucoup de partager ce lien avec nous! c'est vrai que parfois c'est difficile de savoir et l'info quasi impossible a trouver!
    un lien qui va etre tres utile!!!

    YOyo

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