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Dégradation des ARNm par la voie du NMD



  1. #1
    pet69

    Dégradation des ARNm par la voie du NMD

    bonjour à tous,
    J'ai un problème au sujet de la dégradation des ARNm par la voie du NMD
    En fait, je voulais savoir si cette dégradation été due à la "persistance", après le passage de la petite sous unité du ribosome, de quelques protéines EJC à une jonction exon/exon.
    En faisant des recherches sur internet j'ai pu lire que :
    - si le codon stop était situé à plus de 50 nucléotides de la dernière jonction exon/exon le ribosome ne pouvait enlever la dernière EJC et par conséquent l'ARNm été dégradé par la voie du NMD.
    - si le codon stop était situé à moins de 50 nucléotides de la dernière jonction exon/exon le ribosome pouvait enlever la dernière EJC et par conséquent l'ARNm n'été pas dégradé par la voie du NMD.
    Je voulais savoir si cette règle s'applique également aux autres jonctions exon/exon.
    Car si la dégradation de l'ARNm par la voie du NMD est liée à la "persistance" de protéine EJC, la présence d'un codon stop situé, par exemple, un peu n'importe où avant les 50 nucléotides en amont de la dernière jonction exon/exon conduit à la persistance, au moins au niveau de cette dernière jonction, de protéine EJC et par conséquent à la dégradation de l'ARNm.
    RMQ: mon prof de biochimie nous a dit que cela se passer a toutes les jonctions exon/exon. Mais cela me parait bizarre (pour la raison ci-dessus).
    Merci d'avance pour votre réponse.

    -----


  2. #2
    pet69

    Re : Dégradation des ARNm par la voie du NMD

    Est ce que quelqu'un aurait une idée ...
    svp

  3. #3
    Zellus

    Re : Dégradation des ARNm par la voie du NMD

    Salut,

    En fait, je voulais savoir si cette dégradation été due à la "persistance", après le passage de la petite sous unité du ribosome, de quelques protéines EJC à une jonction exon/exon.
    En fait, il va y avoir dégradation de l'ARNm si le ribosome (pourquoi tu ne parles que de la petite sous-unité ?) ne parvient pas à enlever tous les EJC (mon prof appelait ça les protéines de marque, je sais pas si tu as eu ce nom aussi en cours) qui sont aux jonctions otenues après épissage. S'il reste ne serait-ce qu'un seul EJC, l'ARN sera détruit.

    Je voulais savoir si cette règle s'applique également aux autres jonctions exon/exon.
    Je ne connaissais pas cette règle des 50 nucléotides. A mon avis, pour chaque EJC, si le codon stop (PTC pour premature termination codon) est situé à plus de 50 nucléotides de la jonction, le ribosome va se dissocier sans pouvoir déplacer l'EJC et il y aura dégradation de l'ARN.
    Si le PTC est à moins de 50 nucléotides de la jonction, le ribosome pourra d'après cette règle enlever l'EJC, mais vu que c'est un codon stop, il sera dissocier et ne pourra donc pas enlever tous les autres EJC qu'il reste en aval. Il y aura donc aussi dégradation, sauf dans le cas de la dernière jonction puisqu'il ne restera plus aucun EJC sur l'ARNm.

    Voilà, ce n'est que mon avis. J'espère avoir répondu à ta question.

  4. #4
    Yoyo

    Re : Dégradation des ARNm par la voie du NMD

    Salut

    en effet cela est vrai pour chaque jonction. Ce qui fait que si le codon stop est a moins de 50nt de la jonction 1 mais a + de 50 de la jonction 2, alors il y aura NMD. c'est pour cela que l'on parle de la distance par rapport a la derniere jonction.
    Il est donc interessant de se demander ce qu'il se passe lorsque le ribosome ne s'arrete pas au codon stop

    YOyo

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