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Amorces dégénérées ???



  1. #1
    cla1

    Amorces dégénérées ???


    ------

    bonjours à tous,
    J'aurais 2 questions:

    1/ Mon projet consiste à cloner des séquences de gènes impliqués dans la résistance aux métaux lourds,d'un champignons endémiques (non séquencés et annotés)!
    après un gros travail de blastX et P sur plusieurs banques, j'ai pu obtenir des alignements inter espèces qui mettent en lumière des zones relativement conservées.. A partir de ses alignements je dois designer des amorces dégénérées afin d'amplifier des séquences de mon espèces endémique pour les séquencer et faire de la semi qPCR !!!
    Ma question est la suivante : Y-a-t-il des conditions particulières pour désigner les amorces et la réaction PCR (tailles, %GC et AT? DMSO ou non? Nested PCR ou touch downPCR?
    peut-on faire la PCR à partie d'ARNt extrait? et quels sont les conditions PCR?
    Merci d'avance pour vos réponses????

    2/ Je fais une banque d'ADNc de ce champignon en parallèle, mais je n'ai pas la possibilité d'avoir de la radioactivité (IRD, centre Nouméa!!!) pour suivre le sADNc néosynthètisés...
    Comment puisse-je fractionner les ADNc ?
    1-sur un gel d'agarose 1% pour m'affranchir des petits ADNC et des primers????
    2-Colonne CL4B, mais forte dilution et pas de traçabilité???
    bref suis dans la pannade....
    Merci d'avance
    Cla+

    -----

  2. #2
    Yoyo
    coresponsable des forums

    Re : Amorces dégénérées ???

    Salut

    je peux te demander ton niveau d'étude?
    ah oui deuxieme question, pourquoi tu ne demandes pas cela a la personne qui t'encadre?

    YOyo

  3. #3
    cla1

    Re : Amorces dégénérées ???

    j'ai un DESS et je suis ingénieur maintenant dans une équipe...
    Pour la deuxième question, j'ai fait le tour des collègues proches ou lointains pour avoir des réponses, mais nous sommes incertains et je suis isolée sur le centre de Nouméa ou je suis la seule a avoir une expérience en BM!!!
    Voila...
    Pourquoi ses questions, juste comme ça?
    A bientôt

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