Bonsoir à toutes et à tous.
Je suis nouvelle ici, et je dois me résoudre à faire une chose que je déteste : demander de l'aide pour des exercices, car après maintes recherches, je n'arrive toujours pas à trouver de réponses aux questions... Rien à faire, je ne suis pas douée en bio mol, faut dire qu'après un cours d'une semaine sans aucun TD, il ne fallait pas s'attendre à un miracle de ma part. Bref, je dois quand même fournir un bon travail, ce devoir compte pour 50% de la note du module, j'aimerais si possible avoir au moins la moyenne... Et surtout comprendre.
Voici l'énoncé :
[/quote]Question 1.
Pour un gène codant une protéine P, le modèle d’évolution choisi a donné les valeurs suivantes pour le paramètre a :
Position x : a = 0.03
Position y : a = 2.5
Position z : a = 0.9
1 / Que représente le paramètre alpha ?
2/ Que sert-il à modéliser ? Citer une autre manière de modéliser le même phénomène.
3/ A partir des valeurs données ci-dessus pour a, retrouver les différents positions de la protéine P (paramètre x, y et z). Justifier votre réponse.
Question 2.
On vous demande d’identifier des têtards de grenouille présents dans des mares d’une forêt tropicale. Il y a 4 espèces possibles de grenouille dont les adultes sont tous aisément identifiables morphologiquement mais dont les stades précoces ne peuvent être distingués. Aucune de ces espèces n’a fait l’objet d’une analyse génétique auparavant.
Quelle(s) stratégies allez vous mettre en place et quelle(s) techniques proposez vous d’utiliser pour identifier sans ambiguïté l’espèce à laquelle appartient chaque têtard ?
Question 3. Cette question (parties 1 et 2) a déjà été posée au cours de l’évaluation de fin de module. Vous pouvez bien entendu changer de réponse par rapport à votre première copie, les 2 évaluations étant indépendantes.
Soient les zymogrammes de sept enzymes (sept locus) d’organismes quelconques (du même genre) représentés schématiquement ci-après :
On admettra que les dénominations a, b, c… des allozymes se font dans le sens cathode à anode.
Ces organismes proviennent de deux localités différentes (allopatriques) et ont été placés sur le gel de façon groupée (Pop. 1 = de 1 à x et Pop. 2 = de x+1 à 20).
http://www.servimg.com/image_preview...=18&u=12556547
A l’examen de ces zymogrammes
Où situez-vous la limite probable entre les deux populations ? Pourquoi ?
Si ces organismes avaient été sympatriques, quelle aurait pu être votre conclusion concernant leur statut taxinomique ?
Il vous est demandé de compléter le tableau ci-après
http://i75.servimg.com/u/f75/12/55/65/47/tablea10.jpg
Question 4.
Vous venez de capturer des spécimens d’une espèce de mammifères dans 6 localités en Guyane. Vous avez préparé les caryotypes et obtenez les résultats suivants :
Localité A : 2n=26, NF=40
Localité B : 2n=24, NF=40
Localité C : 2n=26, NF=40
Localité D : 2n=38, NF=40
Localité E: 2n=40, NF=40
Localité F: 2n=38, NF=38
1) Sachant que le caryotype 2n=40 est ancestral et est composé entièrement de chromosomes acrocentriques, que pouvez-vous en déduire des remaniements chromosomiques à l’origine des caryotypes des autres spécimens ? Comment pouvez-vous le confirmer ?
2) Vous avez réussi à identifier les associations de chromosomes suivantes, les autres chromosomes des différents caryotypes étant identiques :
http://i75.servimg.com/u/f75/12/55/65/47/tablea11.jpg
Indiquer par un point où se situent les centromères.
Ecrivez la matrice des caractères en utilisant comme caractères les différents types
d’associations chromosomiques et deux états de caractère (absent=0 et présent=1).
Reconstruisez l’arbre phylogénétique retraçant les relations de parenté entre les différents spécimens en utilisant le critère de parcimonie.
Y a-t-il plusieurs arbres possibles ? Si oui, quels sont les caractères homoplasiques et quelles analyses complémentaires proposez-vous pour les résoudre ?
Et voici mes maigres réponses :
Et ça s'arrête là. J'ai été bloquée pour le 4, je pige pas comment on peut figurer les centromères par des points dans le tableau...Question 1.
1) Le paramètre alpha (paramètre de la loi Gamma) représente la forme de la courbe de distribution de la loi Gamma.
2) Le paramètre alpha renseigne sur le niveau d'hétérogénéité : si le paramètre alpha est plus grand que 1, la distribution des taux tend vers une répartition de type loi normale c'est-à-dire une faible hétérogénéité, et inversement pour un paramètre inférieur à 1 qui représente une forte hétérogénéité.
On peut modéliser le même phénomène avec la méthode du maximum de vraisemblance : c'est le calcul de la vraisemblance d'un arbre pour un site donné et sous le modèle d'évolution choisi ainsi que le calcul de la vraisemblance pour le jeu de données (produit des probabilités des différents sites). La vraisemblance est un nombre compris entre 0 et 1.
Question 2.
Dans cette situation, il est nécessaire d'utiliser une technique où l'on n'a pas besoin de connaître le génome des espèces analysées ; il existe plusieurs techniques pertinentes au niveau de l'espèce n'ayant pas recours à la connaissance du génome telles que RAPD, ISSR, AFLP/DALP et les allozymes (électrophorèse).
Afin de d'identifier l'espèce à laquelle appartient chaque têtard, il faudrait réaliser deux séries de tests : une première série sur des adultes facilement identifiables qui deviendraient donc des échantillons « témoins » et une seconde série de tests sur des têtards. Il suffirait ensuite d'associer les têtards aux échantillons témoins suivant les ressemblances pour les identifier.
L'ALFP et la DALP semblent les meilleurs choix, car l'observation du polymorphisme est très élevé pour ces deux techniques.
Question 3.
1) La limite probable entre les deux population se situe entre l'individu 10 et l'individu 11 (l'individu 10 faisant parti de la population 1 et l'individu 11 faisant parti de la population 2) car le zymmogramme de l'enzyme GPD montre clairement une scission entre ces deux individus. La population 1 possède un allèle que la population 2 ne possède pas, tandis que la population 2 possède deux allèles différents que la population 1 ne possède pas, ce qui indique que ces deux populations ne se sont pas mélangées.
2) Si ces organismes avaient été sympatriques, on aurait pu conclure qu'ils pouvaient être des espèces différentes car il n'y a pas d'échange de génome pour l'enzyme GPD. En revanche, il pourrait s'agir d'espèces très proches sur le plan taxinomique car elles ont en commun plusieurs allèles (visible en particulier pour les enzymes HRDH et MDH).
Question 4.
1) Si NF = 40 est ancestral, alors pour les localités A à E, comme NF est toujours égal à 40, on peut imaginer des remaniements du style fusion centrique qui ne change pas le nombre de bras mais seulement le nombre de chromosomes. En revanche pour la localité F où NF = 38, on peut penser qu'il y a eu deux fusions en tandem, ce qui a eu pour effet de diminuer le nombre de bras.
On pourrait le confirmer grâce à la technique du banding G : elle révèle une organisation de l'ADN de composition en bases homogènes (les isochores). Chaque chromosome possède une alternance de bande G qui lui est propre.
Si vous pouviez au moins me donner des pistes, ce serait vraiment gentil.
Merci.
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