Conformation préférentielle des acides aminés ??

[invite4835876b]

Bonjour.

Voilà j'ai pas très bien commpris à quoi correspondait au niveau des conformations préférentielles des acides aminés : Chou et Fasman.

Je vous remercie d'avance si vous pouvez m'expliquer !
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[inviteecedecbd]

Bonjour déja voici un lien que j'ai trouvé sur Wikipedia :
http://en.wikipedia.org/wiki/Chou-Fasman_method

Donc si j'ai bien compris c'est une méthode empirique pour déterminer des éléments de structures secondaires connaissant la séquence d'un peptide ou d'une protéine.

Pour cela ils ont tout d'abord analyser des structures 3D de protéines déterminer par cristallographie des rayons X. Ces structures sont stockées sur une banque de données la PDB (Protein Data Bank). Ils ont observés (analyse statistique) que certaines séquences en acides aminés allaient données préferentiellement des Helices alpha, des brins/feuillets béta ou des coudes.
Donc voici un exemple arbitraire : Gly-Lys-Glu-Phe-His. Eh bien ces aminés vont préferentiellement prendrent des conformations qui vont conduire à la formation d'une helice alpha.

Donc ensuite ils ont construit un algorithme où tu rentres la séquences de ta protéine et le logiciel va prédire les éléments de structures secondaires de ta protéine.

Voila j'espère avoir été clair

Bon courage pour la suite

Fabien