A la recherche des bactéries tueuses.

[Bimini]

Bonjour à tous,

Pour les besoins d'un roman, j'effectue quelques recherches sur des bactéries. Certains d'entre vous auront peut-être suivi le fil "Virus ou Bactéries, j'ai du mal à me décider !" auquel je fait suite ici pour orienter la discussion sur l'études des bactéries en laboratoire.
Petite mise en situation :
Des extra-terrestres (les méchants ET) décident d'anéantir toute espèce de vie eucaryote sur Terre grâce à un cocktail de bactéries. Pour faire court, tout y passe ; hommes, animaux, plantes. De plus, les sols sont irradiés. La Terre devient donc au bout d'un certain temps un véritable désert. 500 ans plus tard, d'autres extra-terrestres (les gentils ET) arrivent. Ceux-là sont potentiellement sensibles aux bactéries susceptibles d'avoir survécu tout ce temps. Ils partent donc à la recherche des bactéries tueuses.

Qu'elles sont les procédures qu'ils vont suivre pour rechercher ces bactéries ?
Vont-ils, dans un premier temps, essayer d'imaginer dans une sorte de brainstorming quelles sont les caractéristiques de ces bactéries ?
J'imagine qu'ils devront recueillir des échantillons d'air, d'eau et de terre. A quelles altitudes maximales dans le ciel ? A quelles profondeurs maximales dans la terre et dans l'eau ?
Une fois les échantillons relevés, quels sont les différentes étapes (cultures ? séquençage ?) et analyses en laboratoire qui vont les menés à la découverte des bactéries tueuses ?

J'ai eu énormément d'aide sur l'autre discussion et j'espère que celle-ci suscitera autant d'intérêt.

Alors merci d'avance à qui y participeront.

A bientôt,

Michaël.
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[Vinc]

Bonjour!
Même si je ne crois pas au coktail de bactéries tueuses (mais ça reste de la science fiction), la stratégie la plus simples pour les ET serait la métagénomique:
- prélèvements d'eau, terre et de tout ce que tu veux
- extraction de l'ADN total de ces échantillons
- création de banque de séquences à partir de cet ADN total
- identification des espèces présentes déjà connues à partir de l'ADNr 16S et indépendemment recherche d'une "séquence pathogène" par criblage de la banque (en culture eucaryote par exemple)

V.

[Bimini]

Bonjour à tous,

Merci Vinc pour ta réponse. J'y reviens tardivement, mais je voulais étudier cette méthodologie pour savoir de quoi il retournait avant de répondre.
Dans l'ensemble et en fonction de mes besoins, je pense avoir saisi le principe. Mon histoire se passe dans le futur, donc bien que je ne vais pas décrire les procédés actuels, mais je tâche des respecter les diférentes étapes de cette méthodologie.
Je me suis posé quelques questions mais comme ce n'est pas sur la métagénomique en particulier, j'ai ouvert une autre discussion sur les ARNr 16S.

Encore merci,

Michaël.

[Josquin]

en supposant que ces bactéries, étant extraterrestres, ont bien un ARN 16S... certaines bactéries peuvent survivre très longtemps, et dans des conditions extrêmes, notamment en formant des spores (cf. les fameuses attaques à l'anthrax). on peut en trouver depuis les fonds des océans jusqu'au sommet des plus hautes montagnes, des déserts les plus chauds aux couches inférieures de calottes polaires ! donc en effet, il vaut mieux chercher partout, ne rien exclure. La métagénomique me parait être une meilleure approche. Comme tes ET sont très fort, ils pourront faire du séquençage super rapide, l'identification des bactéries ne sera pas facile. le principal problème restera pour moi de chercher les bactéries.
Un petit truc par contre, il est un peu gros d'admettre que toute forme de vie eucaryote ait disparu, sachant la diversité du monde eucaryote, et l'adaptabilité de la vie, surtout dans la mesure où la terre est irradiée : taux de mutation plus important, donc évolution plus rapide ! Attention aussi, la terre irradiée, ca pose plusieurs problèmes : ce n'a qu'une influence limitée sur les océans, et les bactéries tueuses sont susceptibles d'être détruites comme les autres être vivants, ou de muter de facon suffisemment pour être devenues non pathogènes, surtout en l'absence du moindre eucaryote à se mettre sous la dent penant 500 ans !

[A voir en vidéo sur Futura]

[Bimini]

Salut à tous,

Merci Josquin d'être passé par là et me donner ton avis...

en supposant que ces bactéries, étant extraterrestres, ont bien un ARN 16S...

Je n'avais effectivement pas pensé à ce point. Pour la simple raison que les bactéries utilisées auront forcément un ARNr 16S. Ça fait partie de l'intrigue et je ne vais donc pas approfondir la réponse. Cela dit, c'est suffisamment important pour que mes personnages se posent la questions. Je retiens donc ta remarque.

certaines bactéries peuvent survivre très longtemps, et dans des conditions extrêmes, notamment en formant des spores.

J'ai déterminé le type de bactérie éventuellement utilisé par les méchants E.T. suite à cette discussion : Virus ou Bactéries, j'ai du mal à me décider !. Et bien que mes personnages utilisent la métgénomique pour rechercher ces bactéries, ils soupçonnent des bactéries sporulantes.

Comme tes ET sont très fort, ils pourront faire du séquençage super rapide

Effectivement, mes gentils E.T. sont très forts. J'ai décortiqué les différentes étapes de la métagénomique (déjà pour tâcher d'y comprendre quelque-chose à mon niveau) afin d'appliquer la nanotechnologie sur cette méthodologie. Pour le criblage biologique, ils vont utiliser un appareil que j'appelle simplement "incubateur" pour accélérer le processus (la majeur partie de mon histoire se passe en quelques heures seulement). Attention, nous sommes d'accord sur le fait que ça reste de la Science Fiction.

...l'identification des bactéries ne sera pas facile. le principal problème restera pour moi de chercher les bactéries.

D'où mes nombreuses questions sur les différentes discussions pour savoir sur quels points précis je peux développer et jouer avec des rebondissements. Je suis en train d'élaborer une chronologie des événements liés à cette recherche de bactéries sans pour autant dévoiler l'intrigue. Je soumettrait cette chronologie afin de corriger des invraisemblances grossières et ajouter des détails allant dans le sens de l'intrigue générale.

...il est un peu gros d'admettre que toute forme de vie eucaryote ait disparu, sachant la diversité du monde eucaryote, et l'adaptabilité de la vie, surtout dans la mesure où la terre est irradiée.

C'est effectivement une question qui revient souvent notamment dans la discussion que j'ai cité plus haut. En fait, je n'ai pas besoin de détruire tout le règne animal. On va dire, tout ce qui dépasse 15 centimètres et qui pèse plus de 200 grammes (c'est un exemple grossier et qui ne s'appuie sur aucune recherche). Je veux donner l'impression qu'on se retrouve dans un désert où il n'y a pas âme qui vive et surtout pas d'animaux doués d'intelligence développée tels que l'homme. Les insectes sur terre et les poissons sous l'eau et tout ceux qui résisteront à l'irradiation des sols pourront en profiter pour se refaire une santé face à l'extinction de leur espèces respectives, ça ne me pose pas de problème d'autant plus qu'il y a très peu de chance que je parle d'eux. Quand aux bactéries, le fait qu'on ne sache pas si elles ont résisté au temps, à l'irradiation et à la "famine" ou si elles sont toujours pathogènes fait aussi partie de l'intrigue générale.

Ta participation était pour moi comme un petit test qui m'a permis de voir si le sujet était bien cerné. Une fois que j'aurai fini de rédiger la chronologie dont je parlais plus haut, je verrai bien si dans l'ensemble, ça tient la route.

A bientôt,

Michaël.