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DNA MAN et Chromas



  1. #1
    amino18

    DNA MAN et Chromas


    ------

    slt
    j'ai une question sur l'alignement des séquences
    ma question peut être bête mais je veux comprendre le truc
    lorsque par exemple je prend les deux séquences sens et antisens d'un produit PCR pour obtenir des chevauchements par le logiciel DNA MAN je trouve que la séquence antisens représentée puis les deux avec les chevauchements puis seulement la séquence sens en fin
    normalement les deux séquences sens et antisens ont la meme taille donc il ne faut pas avoir ces parties à droite et à guauche

    j'ai une autre question
    est ce qu'il est obligatoire de faire corriger mes séquences aprés séquençage par le logiciel chromas à l'aide des pics

    merci

    -----

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  3. #2
    jmbowie

    Re : DNA MAN et Chromas

    Citation Envoyé par amino18 Voir le message
    slt
    j'ai une question sur l'alignement des séquences
    ma question peut être bête mais je veux comprendre le truc
    lorsque par exemple je prend les deux séquences sens et antisens d'un produit PCR pour obtenir des chevauchements par le logiciel DNA MAN je trouve que la séquence antisens représentée puis les deux avec les chevauchements puis seulement la séquence sens en fin
    normalement les deux séquences sens et antisens ont la meme taille donc il ne faut pas avoir ces parties à droite et à guauche

    j'ai une autre question
    est ce qu'il est obligatoire de faire corriger mes séquences aprés séquençage par le logiciel chromas à l'aide des pics

    merci
    Bonsoir,

    - Au sujet de votre première question, votre remarque est juste: cependant, les résultats d'une réaction de séquençage réalisée avec une amorce ne commence pas par le début de cette amorce mais toujours 5 à 20pbs plus tard; de plus, les 10-15 premiers pics obtenus sont souvent brouillons et ne correspondent pas à la réalité. En fonction des amorces et d'autres paramètres, la taille de ces régions non séquencée est variable, ce qui explique probablement l'existence de bases non chevauchantes.
    - Il vaut mieux corriger les séquences manuellement en suivant attentivement les pics. Je ne savais pas que chromas proposait cela mais je trouve cela louche (se base-t-il sur les données brutes ?). Dans tous les cas ,faites attention aux paramètres
    Blast up your life!

  4. #3
    amino18

    merci pour la réponse

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