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Bioinfo et entropie maximale




  1. #1
    tchou tchou

    Bioinfo et entropie maximale

    Bonjour, je suis un étudiant d'écologie microbienne. Je travaille sur le logiciel Bioedit sur des séquences d'ARNr 16S. J'ai trouvé des régions conservées suite à un alignement de 200 séquences 16S. Pour cela j'ai été dans l'option Find conserved regions. Un des paramètres variables était "max have entropy" en parlant de la region conservée. C'est une valeur que l'on peut faire varier de 0 à plus de 1. Mais plus elle est basse et plus ma région conservée est petite et conservée. Quelle est cette valeur? Comment est elle calculée? Y a-t-il un lien avec l'entropie d'une réaction?
    Merci pour ceux qui éclaireront ma lanterne.

    -----


  2. #2
    Annaick_R

    Re : Bioinfo et entropie maximale

    Bonjour,

    je n'ai plus que de vagues souvenir de biofino... Souvent, cela indique la stabilité d'une interaction mais pour une région conservée, je ne vois pas.

    Le paramètre ne serait-il pas décrit dans l'aide du logiciel ?

    D'après wikipédia, l'entropie maximale (égale à 1) correspond à l'état d'équilibre d'un systeme, celui dans lequel le desordre est le plus grand. Cela explique peut-être pourquoi plus la valeur est proche de zero, plus la région est conservée (désordre plus faible).

    En espérant t'avoir peut-être mis sur une piste...

  3. #3
    tchou tchou

    Re : Bioinfo et entropie maximale

    oui j'avais lu aussi cette définition. Mais je ne sais pas si on ne se trompe pas de valeur et si il y a une autre définition "statistique" de l'entropie maximale.
    merci de ton aide.


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