Creer un anticorps
Bonjour,
je dois déterminer une séquence pour créer un anticorps (sous traitance) mais je ne sais pas quoi choisir! ma protéine est cytoplasmique. je n'ai pas une idée 3D de ma protéine (proteine peu étudiée) donc niveau conformation c'est au feeling. Une idée??
Si tu peux produire dans E coli une version recombinante de ta protéine et laisser faire la nature pour sélectionner les meilleurs épitopes, c'est souvent plus efficace que de faire le design d'un peptide. Sinon la plupart des boîtes qui sous-traitent la production d'anticorps te proposent un design de peptide.
Je suis tout à fait d'accord avec Kucing. Dans le cas où un peptide est absolument nécessaire, afin de déterminer la reconnaissance spécifique de ce peptide par un anticorps, le mieux est de faire un blastp du peptide. Ainsi la connaissance de la E-value te donneras une idée de la qualité de ce peptide pour cette application. Néanmoins ce n'est pas le seul paramètre rentrant en ligne de compte, il faut aussi que le peptide soit suffisamment immunogène pour induire une réponse immunitaire chez l'animal chez qui il sera injecté. Et certainement d'autres problèmes que je ne connais pas.
Greg
Bonjour,
D`abord quelques questions:
Est-ce que votre protéine ne ce situe qu`au niveau cytoplasmique? et avez vous toute la séquence?
Un bon départ et si vous avez la séquence, avec l`algorithme d`antigénéticité vous aurez plusieurs informations sur le potentiel de séquences candidate pour générer un fragment antigénique.
Cordialement
Je suis assez d'accord avec la première idée, E. coli peut le faire (oui elle peut), en revanche elle ne fera pas tout (je pense aux glycosylations si ta protéine l'est...)... du coup tu peux ne faire qu'une partie de ta protéine.
J'essayerais de me renseigner au labo, j'ai quelques collègues qui sont en se moment en train de fabriquer un recombinant.
