Docking Protéine-Ligand

[invitebad010e9]

Bonjour à tous,

Je fais un stage sur la contextualisation du docking moléculaire. J'aurais voulu savoir si des personnes s'y connaissaient et pour celles-ci si elles pouvaient m'expliquer le déroulement du procédé de docking. Concrètement on vous demande de docker telle protéine, quelles démarches allez-vous effectuer ? A propos des protéines, y a-t-il un "palmarès" des protéines les plus dockées ?
Si la contextualisation du docking moléculaire vous intéresse, vous pouvez aller consulter mon travail en allant sur le site http://sites.google.com/site/proteinliganddocking/. Si vous avez des remarques, des conseils, n'hésitez pas à m'en faire part.

Merci d'avance pour vos futures réponses.

Cordialement
-----

[invite17a570c1]

Salut et bienvenue,

Il y a un truc que je pige pas : tu ne comprends pas quoi au juste? Je veux dire, tu es censée avoir passé 6 mois minimum sur ce sujet, donc demander qu'on t'explique les bases me semble un peu bizarre.
Sinon, pour tout ce qui est anglais, y aura des corrections à faire Et je te conseille de faire un schéma type workflow pour ce genre de choses : http://sites.google.com/site/protein...s-of-docking-1


++

[invitebad010e9]

Salut,

En fait, je cherche à savoir exactement ce que font les bioinformaticiens quand ils doivent docker des séries de ligands aux protéines. On s'intéresse pour l'instant à l'étape précédant le docking. Comment préparent-ils la structure de la protéine ? Y a-t-il des règles générales (enlever des molécules ou des atomes) ou bien c'est au cas par cas ? Dans le cas par exemple de la protéine neuroaminidase du virus H5N1, que font-ils exactement ? Quels logiciels utilisent-ils pour préparer la protéine et pourquoi ces logiciels et pas d'autres ? Quelles sont les raisons de ces choix ? De nombreux logiciels existent et sont plus ou moins utilisés pourquoi ?
Le but étant d'essayer de faire partager les expériences de chacun.