Répondre à la discussion
Affichage des résultats 1 à 3 sur 3

Docking Protéine-Ligand



  1. #1
    Violette75

    Docking Protéine-Ligand


    ------

    Bonjour à tous,

    Je fais un stage sur la contextualisation du docking moléculaire. J'aurais voulu savoir si des personnes s'y connaissaient et pour celles-ci si elles pouvaient m'expliquer le déroulement du procédé de docking. Concrètement on vous demande de docker telle protéine, quelles démarches allez-vous effectuer ? A propos des protéines, y a-t-il un "palmarès" des protéines les plus dockées ?
    Si la contextualisation du docking moléculaire vous intéresse, vous pouvez aller consulter mon travail en allant sur le site http://sites.google.com/site/proteinliganddocking/. Si vous avez des remarques, des conseils, n'hésitez pas à m'en faire part.

    Merci d'avance pour vos futures réponses.

    Cordialement

    -----

  2. #2
    MaliciaR

    Re : Docking Protéine-Ligand

    Salut et bienvenue,

    Il y a un truc que je pige pas : tu ne comprends pas quoi au juste? Je veux dire, tu es censée avoir passé 6 mois minimum sur ce sujet, donc demander qu'on t'explique les bases me semble un peu bizarre.
    Sinon, pour tout ce qui est anglais, y aura des corrections à faire Et je te conseille de faire un schéma type workflow pour ce genre de choses : http://sites.google.com/site/protein...s-of-docking-1


    ++
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  3. #3
    Violette75

    Re : Docking Protéine-Ligand

    Salut,

    En fait, je cherche à savoir exactement ce que font les bioinformaticiens quand ils doivent docker des séries de ligands aux protéines. On s'intéresse pour l'instant à l'étape précédant le docking. Comment préparent-ils la structure de la protéine ? Y a-t-il des règles générales (enlever des molécules ou des atomes) ou bien c'est au cas par cas ? Dans le cas par exemple de la protéine neuroaminidase du virus H5N1, que font-ils exactement ? Quels logiciels utilisent-ils pour préparer la protéine et pourquoi ces logiciels et pas d'autres ? Quelles sont les raisons de ces choix ? De nombreux logiciels existent et sont plus ou moins utilisés pourquoi ?
    Le but étant d'essayer de faire partager les expériences de chacun.

Sur le même thème :

Discussions similaires

  1. [Biochimie] exercices sur l'interaction proteine ligand
    Par futur biologiste dans le forum Biologie
    Réponses: 1
    Dernier message: 22/11/2007, 22h57
  2. [Biologie Moléculaire] Base de données interactions protéine-protéine ?
    Par ananda dans le forum Biologie
    Réponses: 4
    Dernier message: 14/10/2007, 00h26
  3. docking
    Par Qyry dans le forum Biologie
    Réponses: 0
    Dernier message: 16/04/2007, 17h51
  4. Ligand
    Par Lyloute dans le forum Biologie
    Réponses: 4
    Dernier message: 28/12/2006, 15h46
  5. extraction protéine et famille de Protéine
    Par chrlto dans le forum Chimie
    Réponses: 0
    Dernier message: 27/11/2006, 06h54