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question sur le logiciel ANAGENE



  1. #1
    ptitesoso

    Question question sur le logiciel ANAGENE

    Bonjour.
    Pour comparer l'homme avec les différents primates (chimpanzé, gorille...) je sais qu'il faut utiliser les données moléculaires car les données anatomiques na suffisent, pour cause de trop de ressemblances. Il faut donc se servir du logiciel Anagene, comme je l'aii fait durant mes séances de TP. Seulement je ne sais pas quelles séquences choisir pour faire une bonne comparaison et, ainsi, déterminer quelles sont les espèces les plus proches de l'homme...
    Merci de votre aide.

    -----


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  3. #2
    Yoyo

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Salut,

    en général on choisi les ARN ribosomiques, ou eEF1A qui sont tres conservés.

    Yoyo

  4. #3
    ptitesoso

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Merci. Donc après je compare les séquences et je met simplement en évidence les mutations?

  5. #4
    zwitterion

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Citation Envoyé par Yoyo
    en général on choisi les ARN ribosomiques, ou eEF1A qui sont tres conservés.
    Plus exactement, je crois que c'est l'ARN 16S.

  6. #5
    Guillmot

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Citation Envoyé par zwitterion
    Plus exactement, je crois que c'est l'ARN 16S.
    Hello

    Tu veux dire 18S pour des Primates, donc Eucaryotes
    Compte à supprimer

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    vero0oo

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Bonjour,
    je crois que le choix de la séquence dépend de la distance évolutive entre les espèces comparées.
    Par exemple, on utilise des gènes très conservés comme ceux de l'ARN 16S / 18S pour des organismes très éloignés entre eux (ex: phylogénie universelle, avec Bactéries, Archées et Eucaryotes).
    Pour comparer entre eux des primates, on utilisera plutôt des séquences mitochondriales, moins conservées, mais avec lesquelles on a plus de chances d'observer des différences pour des distances évolutives courtes.

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  10. #7
    vero0oo

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Donc après je compare les séquences et je met simplement en évidence les mutations?
    Pour les séquences codantes, il faut aussi distinguer les mutations synonymes et non synonymes, qui n'induisent pas la même "pénalité". Mais je crois que le logiciel fait ça tout seul, ça doit être juste une option à cocher....

  11. #8
    ptitesoso

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Citation Envoyé par vero0oo
    Pour les séquences codantes, il faut aussi distinguer les mutations synonymes et non synonymes, qui n'induisent pas la même "pénalité". Mais je crois que le logiciel fait ça tout seul, ça doit être juste une option à cocher....
    Je n'ai pas tout compri là!
    c'est quoi mutations synonymes et mutations non synonymes?

  12. #9
    vero0oo

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Désolée, je voulais parler de substitutions synonymes ou non

    substitution synonyme = substitution (touchant le 3eme nucléotide du codon) qui ne change pas le sens du codon (même acide aminé codé)

    substitution non synonyme = substitution qui change le sens du codon (mutation faux sens).

    Mais je ne me souviens plus si en phylogénie, on différencie les substitutions synonymes et non synonymes ou les substitutions touchant la 3eme base ou non.

  13. #10
    ptitesoso

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    d'accord merci. et entre ces différentes séquences, laquelle choisir pour comparer l'homme, le chimpanzé, le gibbon,le gorille et l'orang-outan?:
    séquence d'une portion d'un gène du complexe CMH
    séquence d'une portion d'un gène du complexe HLA
    séquences de gènes codant pour une enzyme impliquée dans la synthèse de NAD
    et pourquoi l'une plutôt que l'autre?
    désolée mais j'ai vraiment du mal avec ce chapitre!

  14. #11
    vero0oo

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Je ne saurais pas quelle séquence choisir mais il me semble juste que le HLA (Human Leucocyte Antigen) est le CMH (Complexe Majeur d'Histocompatibilité) humain. Donc pas de HLA chez les singes, normalement!

    Reste CMH et NAD. Je crois que NAD est assez conservée dans le monde vivant, alors que le CMH présente une grande variabilité (polymorphisme). Donc après réflexion, pour une comparaison entre primates (les espèces sont relativement proches) je choisirais plutôt le CMH... (les séquences du NAD doivent être trop semblables pour pouvoir en tirer quelque chose).
    D'autres avis?

    edit: je n'avais pas vu "impliqué dans la synthèse du NAD". En effet, le NAD c'est pas une protéine, pas de comparaison de gènes possible! Je ne sais pas si cela change qq ch à ma réflexion. Le mécanisme doit être conservé aussi...
    Dernière modification par vero0oo ; 03/05/2005 à 19h26.

  15. #12
    zwitterion

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Citation Envoyé par Guil
    Tu veux dire 18S pour des Primates, donc Eucaryotes
    ah oui, merde ... c'est vrai que j'avais vu ça en microbio !!

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  17. #13
    Lucas07

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Salut je passe le tp lundi et je peux pas m'entrainer, c normal que je trouve pas seq-mol.edi ou encore genes1_2.edi ?

  18. #14
    guy52

    Re : question sur le logiciel ANAGENE

    Bonjour,

    oui c'est nomal que tu ne trouves pas seq-mol.edi ou encore genes1_2.edi .

    tu découvriras ces fichiers le jour de l'examen si tu tombes sur ce TP.

    Cela serait un avantage par rapport aux autres.

    bon courage et bon travail pour lundi

    Guy52

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