Comment identifier les promoteurs contenant une sequence consensus d'intéret

[invite4ff9937a]

Bonjour,

Je connais la séquence consensus d'un facteur de transcription. J'aimerai identifier dans le génome humain l'ensemble des promoteurs qui possédent cette séquence.
Connaissez-vous une base donné pour celà?

Merci d'avance
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[jmbowie]

Bonjour,

Je connais la séquence consensus d'un facteur de transcription. J'aimerai identifier dans le génome humain l'ensemble des promoteurs qui possédent cette séquence.
Connaissez-vous une base donné pour celà?

Merci d'avance

- Tu peux essayer par Blast pour commencer, ou chercher des revues traitant de ce FT.
- Je connais l'Eukaryote Promoter Database mais je ne crois pas qu'il y soit question des FT
- Sinon il y a la DBD: Transcription factor prediction database, mais pas sûr qu'il s'agisse de FT décrits expérimentalement

En fouillant sur le net et pubmed, on trouve aussi cela:
http://www.biomedcentral.com/1471-2164/8/441

Il y a beaucoup d'autres réponses, et tu peux aussi chercher sur des portails de bioinfo (123Genomics , etc.)

Bon courage