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Comment identifier les promoteurs contenant une sequence consensus d'intéret



  1. #1
    descmarc

    Comment identifier les promoteurs contenant une sequence consensus d'intéret


    ------

    Bonjour,

    Je connais la séquence consensus d'un facteur de transcription. J'aimerai identifier dans le génome humain l'ensemble des promoteurs qui possédent cette séquence.
    Connaissez-vous une base donné pour celà?

    Merci d'avance

    -----

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  3. #2
    jmbowie

    Re : comment identifier les promoteurs contenant une sequence consensus d'intéret

    Citation Envoyé par descmarc Voir le message
    Bonjour,

    Je connais la séquence consensus d'un facteur de transcription. J'aimerai identifier dans le génome humain l'ensemble des promoteurs qui possédent cette séquence.
    Connaissez-vous une base donné pour celà?

    Merci d'avance

    - Tu peux essayer par Blast pour commencer, ou chercher des revues traitant de ce FT.
    - Je connais l'Eukaryote Promoter Database mais je ne crois pas qu'il y soit question des FT
    - Sinon il y a la DBD: Transcription factor prediction database, mais pas sûr qu'il s'agisse de FT décrits expérimentalement

    En fouillant sur le net et pubmed, on trouve aussi cela:
    http://www.biomedcentral.com/1471-2164/8/441

    Il y a beaucoup d'autres réponses, et tu peux aussi chercher sur des portails de bioinfo (123Genomics , etc.)

    Bon courage
    Blast up your life!

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