Phenotype MicroArray Technology

[invite899b80e1]

Bonjour,

Je voulais juste parler un peu de cette nouvelle technologie vous avis voir même votre expérience dans le domaine on ne sait jamais! Cette technique concurrence directement les galeries API® et consiste également à la caractérisation phénotypique de cellules. Personnellement j'ai fait quelques mois d'analyse de pyrosquencage et pour moi cette technologie m'a l'aire assez prometteuse en complément du pyrosequancage. Cependant cette technique semble voir quelque point faible notamment le fait que cette puce ne permet pas d'identifier des activités jusqu'alors inconnu. Tout ca sans parler du prix évidement!

Extrait :

"Phenotype MicroArray technology provides a comprehensive scan of nearly 2,000 phenotypes of a microbial cell. It is ideal for use in studies to compare mutant vs. wild type cells, either verifying phenotypic effects that you expect or detecting additional effects of mutations that you were not aware of. The technology is a powerful new tool to help determine gene function and it is now applicable to most microbial species (bacteria and fungi) of interest as well as human and animal cell lines. More than 200 scientific publications and presentations document the successful use of PM technology in diverse projects. These publications are listed at http://www.biolog.com/mID_section_13.html."
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[akla]

Bonjour,

Je n'ai pas d'expérience dans ce super-domaine, mais on voit bien la puissance de ses technologies, le future de la recherche et de la médecine moléculaire. je pense que le problème n'est pas nécessairement relié au coût, mais un investissement, étant donné qu'elle offre des retombés prometteuse si les résultats sont bien exploités bien sûr. Le problème de telles expériences serais plutôt relié (ce n'est qu'une opinion personnelle) au traitement de la quantité énorme d'information engendrée et leur mise en commun avec d'autres recherches similaires. Bref assez d'info pour faire des pages et des pages d'interprétation!

Merci pour le lien

Cordialement

[invite899b80e1]

Effectivement ce genre d’outil génère énormément d’information en un temps très court ! (grosso modo le temps d’une PCR). Si je prends l’exemple du pyrosequencage il a fallu presque 1 an d’analyse pour près de 140 000 séquences ! Par contre personnellement je pense que le cout est tout de même un facteur important bien que d’un point vue globale cette méthode ne coute pas trop cher (exemple encore du pyrosequencage quelques centimes par séquençage, mais le prix d’une seule plaque est dans les 20 000 euros). Sinon je suis d’accord qu’avec ce genre de manip on n’a vraiment pas le temps de s’ennuyer !

Cordialement

[MaliciaR]

Les 140 000 séquences, c'est cool. Mais pour quoi faire ?
Ca veut dire que faut tout de même dire dans quel but on estime que la techno est bien.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite899b80e1]

Et bien ces séquence te permet de connaitre exactement la composition de ce que tu étude. De cette manière si tu veux savoir la composition d'un environnement donné de façon précise! Par exemple je sait qu’à l'INRA il y a en ce moment un projet de pyrosequencage du colon humain sain et atteint d'une pathologie. La ce n'est pas 140 000 séquences mais bien plus encore sans compter les organismes encore non identifier. Avec ce genre de technologie tu as réellement une vision télescopique de ce qui peut se passer mais comme tu le but tout dépend du but!

[MaliciaR]

Je connais le pyroséquençage...
Ce que je dis, c'est que cette techno ne te permet pas de tout faire, en tout cas pas encore.

[akla]

Je connais le pyroséquençage...
Ce que je dis, c'est que cette techno ne te permet pas de tout faire, en tout cas pas encore.

Seulement de faire des avancés majeures en biologie des systèmes et faire des liens entre les génomes, protéomes, métabolomes, métabonolomes et Xomes au niveau intraindividuel, intra-espèce, inter-espèce dans des conditions différentes, mais vous avez raisons elles ne peuvent pas toutes faire ses technologies

Cordialement

[invite899b80e1]

Moi j'ai confiance en cette technology bien qu'elle connait des limites! Mais depuis ses débuts elle a évoluer et continuera à évoluer, je pense notamment à la puissance de séquençage, qui je croit est à passer à 500pb au lieu de 200 il n'y a pas si longtemps!

[MaliciaR]

Seulement de faire des avancés majeures en biologie des systèmes et faire des liens entre les génomes, protéomes, métabolomes, métabonolomes et Xomes au niveau intraindividuel, intra-espèce, inter-espèce dans des conditions différentes, mais vous avez raisons elles ne peuvent pas toutes faire ses technologies

Cordialement

Bon, ok, je vous l'accorde, c'est LA techno qui ira aussi eteindre le linge bientot...
Ce que je veux dire, ce n'est pas que le sequencage nouvelle generation est une m*rd*, mais qu'il y a encore pas mal de limitations : a commencer par le cout (je ne pense pas que tous les labos puissent se le permettre), puis par la commodite ou pas de faire certaines choses (pour faire des etudes d'expression, par exemple, ce n'est pas ce qu'il y a de mieux dans beaucoup de cas).