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Bio-info BLAST



  1. #1
    valdu77

    Bio-info BLAST


    ------

    Bonjour,
    J'ai une question de Bio-info.
    Je suis uniquement bio...

    En gros, j'ai des Expressed Sequence Tags moutons (qques centaines), que je voudrais blaster de manière automatique chez l'homme, afin d'avoir en retour, en tableau, une colonne avec le transcrit avec le plus haut score de blast, et une colonne avec le query coverage, et enfin une colonne de max identity.

    Savez-vous s'il existe des interfaces simples pour faire ca?
    Merci d'avance.

    -----

  2. Publicité
  3. #2
    Bacillus 100

    Re : Bio-info BLAST


  4. #3
    MaliciaR

    Re : Bio-info BLAST

    BLAST te permettra de BLASTer, par contre pour avoir les resultats comme tu le souhaites, va falloir parser
    Je regarderai si j'ai un script pour ca qui traine
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  5. #4
    MaliciaR

    Re : Bio-info BLAST

    Alors, j'ai effectivement un truc qui pourrait faire l'affaire mais il y a plusieurs pré-requis à ça et je ne suis pas pas certaine que ceux-ci soient remplis :
    * avoir des connaissances en perl;
    * avoir installé la banque de données à indexer et le BLAST sur sa machine OU savoir créer un script qui interrogera la banque de données via l'interface web fournie (celle du NCBI en l'occurrence) et qui téléchargera les résultats pour les traiter ensuite.


    Donc, le plus simple que je vois (sans avoir regardé de près le site concernant les EST, désolée, pas trop le temps ces derniers jours) c'est de créer un fichier avec les EST, le donner à BLAST puis récupérer le résultat en fouillant dans les différents paramètres de téléchargement proposés. Si j'ai le temps, j'essaierai des trucs.
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  6. A voir en vidéo sur Futura

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