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Phylogénie des transporteurs CAT. (recherche de relations)



  1. #1
    Neronne

    Phylogénie des transporteurs CAT. (recherche de relations)

    Bonjour,

    Tout d'abord petite introduction sur mon travail, qui est plutot compliqué :

    J'ai du étudier les transporteurs CAT (cationic-aminoacid transporters) famille de transporteurs issue de la super-famille des transporteurs APC.
    J'ai du déterminer les relations phylogénétiques entre les séquences protéiques d'un transporteur CAT ( AAT1, alias AAP1 chez arabidopsis thaliana) et les bases de données protéiques des 6 espèces (riz, peuplier, vigne, arabidopsis, maïs et ricinus)
    Rq: Ces données protéiques concernent les domaines spécifiques pfam.
    J'ai alors réalisé un alignement de séquence entre les les domaines pfam de mes 6 espèces et mon transporteur CAT.
    J'ai ensuite obtenu les similitudes entre les séquences (sous format FASTA) avec lesquelles j'ai refait un alignement sur CLUSTALW.

    Ainsi j'ai obtenu l'arbre phylogénétique montrant le transporteur AAT1 (CAT familly) chez 6 espèces : On a alors plus ou moins de similitudes entre les séquences de AAT1 et les espèces...

    J'aurai alors pensé observer 6 clusters différents (1 pour chaque espèce), ou 4 clusters (1 pour les plantes pérennes : vignes + peuplier, 1 pour les pour les poacées : riz et maïs, et 1 pr arabido, 1 pour le ricinus).
    Hors je n'observe rien de tel... Pour moi l'arbre est impossible à interpréter, et c'est là que j'en appel à votre aide !!!

    Comment interpréter cet arbre, pourquoi n'y a t il pas de clusters spécifiques ?

    (Rq: J'ai joint l'arbre phylogénétique en question)

    -----

    Fichiers attachés Fichiers attachés

  2. #2
    Neronne

    Re : Phylogénie des transporteurs CAT. (recherche de relations)

    Bon, si ca intéresse quelqu'un : La divergence des especes au sein des 2 clusters représenté est due au fait que le gène qui code pour le transporteur CAT était présent chez un ancètre commun à toutes ces espèces. Les divergences entre une même espèce sont dues à des duplications du génome, mutations etc...
    (J'ai quelques détail supplémentaires concernant le sujet n'hésitez pas à demander)

    Sujet clos...

  3. #3
    black adder

    Re : Phylogénie des transporteurs CAT. (recherche de relations)

    Salut,
    Juste pour info, tu l'as faite comment ton analyse phylogénétique ? c'est de la distance, du maximum de vraisemblance, du bayésien, de la parcimonie ? Sinon oui, il doit y avoir beaucoup de duplication de gène et de paralogie là-dedans, et peut-être aussi des transferts horizontaux.

  4. #4
    Neronne

    Re : Phylogénie des transporteurs CAT. (recherche de relations)

    C'est un dendrogramme avec longueur des branches, basé sur le nombre de différences entre la séquence pfam de mon CAT et les séquences pfam des différentes espèces.
    (l'abre est fait directement sur un site qui fait des multi alignements : http://align.genome.jp/ )

    J'espère avoir été clair.

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