Transcriptomiques : micro-arrays

[invite98939c3f]

Bonjour,

Je suis en M2 et j'ai eu un cours sur l'étude du transcriptome. Nous avons alors étudié les puces Affymetrix, et après relecture de mon cours, je n'ai pas comprit le principe de la photolithographie...si ce n'est que les oligos sont donc synthétisés in situ, qu'il y a 11 oligos "perfect match" et 11 oligos "mismatch", que l'on fait un marquage à la biotine et que c'est l'ARN qui est marqué. Je ne comprend pas l'utilisation de ces oligos, l'intérêt de la lumière....
Existe-t-il un livre (ou autre) qui m'aiderait à revoir mon cours sur la transcriptomique (macro/micro-array, pyrosequençage, technique 454, solexa.... ) ?

Je vous remercie par avance pour votre aide.
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[pinouf]

Je pense que ce que tu n'as pas bien compris est plus la technique de puce à ADN (microarrays) que la photolithographie qui est une technique spéciale pour la fabrication des puces. Les concepts que tu cites ont plus à voir avec les puces à ADN que la photolithographie.

Je te conseilles de lire les pages wikipedia sur les microarrays, elles sont très bien faites et survolent bien le sujet comparés aux pages homologues françaises.
http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray_experiment
http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray

La manière dont tu fabriques les puces n'a que peu d'importance sauf si tu t'y intéresse vraiment, auquel cas je pourrai pas vraiment t'aider. Mais globalement pour la fabrication des puces, soit tu synthétise à part ton oligo et tu le fixe après à la puce, soit tu synthétise directement l'oligo sur la puce en ajoutant petit à petit les nucléotides, entre chaque phase d'ajout ils mettent des couches d'un matériau pour bien laver, et ils l'enlèvent pour avant d'ajouter le nucléotide suivant.

Si tu as encore des doutes après avoir lus ces pages, n'hésite pas à poser des questions.

[invite98939c3f]

Bonsoir,

Je vous remercie pour votre réponse

Nous avons eu un cours de transcriptomique sur le pyrosequençage, la technique 454, solexa aujourd'hui...ouffff!!! Très bien expliqué

Sinon oui, il me fallait vraiment le principe de la fabrication de la puce... je vous remercie cependant pour ces liens qui vont m'aider à mieux comprendre tout de même.