Bonjour, je regrette de ne pas pouvoir donner de contexte, mais il y a une question que je me pose et j'ai du mal à y répondre. Est-ce qu'il est possible d'empêcher physiquement la transcription sur une région précise, sans toucher au promoteur ?
En utilisant une sonde spécifique avec des fluorochrome pour localiser l'emplacement peut être
Ou si tu as possibilité de muter ta séquence pour introduire un codon stop
- Attention Kamor, tu confonds transcription et traductionEnvoyé par lechemamie
- tu peux essayer d'introduire, entre le promoteur et le début du gène en question, un site de terminaison de transcription (Rho dependant ou non, j'ai des refs pour cela si tu veux).
Bon courage
Tu peux peut être toucher le facteur de transcription.
Le problème est que toucher un facteur de transcription aura une incidence sur virtuellement tous les autres gènes régulés par le facteur de transcription choisi. En plus, il faut être sûr que le facteur de transcription (FT) soit un régulateur maître de l'expression du gène concerné, c'est à dire que lui seul gouverne l'activation ou la répression du gène, et qu'un autre FT ne prendra pas le relai. Enfin, cela m'amène à penser que certains facteurs de transcription ont un rôle répresseur sur leurs gènes cibles. L'inactiver revient donc à favoriser la transcription du gène qu'il régule.
Je trouve que l'une des meilleures solutions, dans le sens où elle introduit le moins de biais, c'est celle qu'a proposé jmbowie qui revient à faire un KO promoter-trap.
Malgré que la question soit très intéressante, l'auteur est trop flou pour qu'on soit sûr que ce soit ce qu'il attend. A vrai dire, je n'aime pas trop le "physiquement", et le "empêcher la transcription sur une région précise".
Si c'est chez les procaryotes tu peux aussi inserer juste apres le promoteur un site represseur fort comme Tet par exemple. L'ARN pol va venir buter sur ce dernier et sera bloquee (sauf si l'elongation est deja bien amorcee).
Bonjour, merci pour vos réponses ! J'aurais effectivement pu préciser que l'organisme est eucaryote (S.cerevisiae). En fait par "physiquement" je me demande s'il était possible par exemple de modifier les acides aminés pour faire en sorte qu'ils ne soient pas lisibles par Pol II, ou faire en sorte que la double hélice ne puisse pas s'ouvrir sur une région précise. C'est peut-être de la science fiction, en tout cas ça ne coûte rien de demander ! Pour ce qui est du site de terminaison de la transcription, je vais creuser cette possibilité merci.
En fait l'ARN dont je veux empêcher la transcription est un ARN non codant transcrit en amont et en antisens d'un gène, il est de plus immédiatement dégradé, et les deux sont transcrits en même temps sous le contrôle du même promoteur. Je me demande si c'est une "simple" conséquence de la transcription de l'ARNm, ou si d'une façon ou d'une autre ça a un rôle dans la transcription de l'ARNm. L'une des expériences pour étudier ça serait d'empêcher cette séquence d'être transcrite et de voir si ça a un effet ou non sur le taux d'expression du gène d'à côté !
Sacrilège! Les acides nucléiques et non les acides aminés.je me demande s'il était possible par exemple de modifier les acides aminés pour faire en sorte qu'ils ne soient pas lisibles par Pol II
En tous cas, c'est très utilisé pour invalider l'expression d'un gène, donc ça a largement fait ses preuves.Pour ce qui est du site de terminaison de la transcription, je vais creuser cette possibilité merci.
Vu ton projet, pourquoi en avoir déduit qu'il ne fallait absolument pas que tu touches au promoteur "commun" de ces deux gènes?En fait l'ARN dont je veux empêcher la transcription est un ARN non codant transcrit en amont et en antisens d'un gène, il est de plus immédiatement dégradé, et les deux sont transcrits en même temps sous le contrôle du même promoteur. Je me demande si c'est une "simple" conséquence de la transcription de l'ARNm, ou si d'une façon ou d'une autre ça a un rôle dans la transcription de l'ARNm. L'une des expériences pour étudier ça serait d'empêcher cette séquence d'être transcrite et de voir si ça a un effet ou non sur le taux d'expression du gène d'à côté !
Certaines séquences sur le promoteur nécessite d'être à une distance précise du point +1 pour être fonctionnelle transcriptionnellement : c'est le cas de la TATAA Box. Ainsi, je suppose que ton promoteur a deux TATAA Box, une pour chaque gène, même si entre eux deux la régulation par les facteurs de transcriptions est commune. En mutant la TATAA Box du gène que tu veux, tu vas normalement invalider spécifiquement sa transcription.
Plutot que d'empecher la transcription, pourquoi est ce que tu n'enleves pas directement la sequence par recombinaison?
Je ne comprend pas comment ton truc est organise. C'est le meme promoteur que ton gene mais cette sequence est antisens? Comment c'est possible sur un seul promoteur d'avoir deux sens de transcription? (j'ai peut etre loupe un truc chez la levure)
A+
Hello, désolé pour "acide aminé" !
En fait c'est assez compliqué, la boite tata a déjà été mutée, les deux transcrits ont été totalement inhibés. Il n'y a pas de réponse actuellement à "comment c'est possible ?", juste des hypothèses. Je précise aussi que cette expérience répond à un résultat théorique d'autres expériences à faire au préalable. C'est plus de la curiosité d'étudiant rêveur en résumé !
