séquençage d'ADN: quel brin choisir?

[invite986312212]

bonjour,

pour séquencer l'ADN on commence par séparer les deux brins. Ensuite un seul brin est séquencé. Mais comment choisit-on ce brin?
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[Flyingbike]

Ben, indirectement si tu en as un, tu as l'autre. Ce qui est plus important c'est le sens dans lequel tu veux séquencer.

[invite986312212]

merci. Je sais bien que si on en connaît un on connaît l'autre, mais souvent les séquences d'ADN de différentes provenances sont comparées. Dans ce cas il me semble nécessaire de toujours prendre le même brin, si ça a un sens (?)

[inviteb4e69e1e]

Oui oui, ça a un sens... Il y a un brin sens qui porte le gène et un brin anti-sens qui n'en est que le négatif. Après, pour les différencier, il faut déceler les ORFs. Pour faire simple, on va repérer les gènes par les codons START et STOP qui sont à chaque bout d'un gène. Comme ça on sait quel est le brin sens et quel est le brin anti-sens...

Cordialement,
Astro

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite986312212]

merci, c'est très clair.

et comment on fait pour les séquences non codantes?

autre question: tous les gènes sur un même chromosome sont orientés dans le même sens, ou ça dépend?

[noir_ecaille]

Justement non : il y a des gènes sur chacun des brins -- d'où l'importance du sens de séquençage

[invite02e16773]

J'ai également entendu parler de certains cas où une même séquence peut être lue dans les deux sens et appartenir ainsi à deux gènes différents.

Je ne me rappelle plus dans quel contexte :/

[invite986312212]

merci.
mais ma question n'a toujours pas trouvé une réponse complète. Peut-être est-elle mal formulée. Je vais essayer de la préciser.

je ne suis pas biologiste mais je travaille sur des questions de génétique des populations. Il m'arrive d'analyser des données de microsatellites. Elles se présentent comme des tableaux contenant des nombres de répétitions d'un certain motif à un certain locus. Je n'ai pas besoin d'en savoir plus pour travailler, mais je suis curieux et j'aime bien connaître les détails des problèmes qui me sont soumis.
Si par exemple on me dit que le motif élémentaire est CAG, je peux avoir l'allèle CAGCAGCAG (3 répétitions). Mais je sais qu'à C correspond G sur l'autre brin et à A correspond T. Donc sur l'autre brin on avait CTGCTGCTG (on le lit à l'envers du premier si j'ai bien compris). Maintenant je comprends bien que la donnée de CAGCAGCAG est équivalente à celle de CTGCTGCTG mais ma question est:

pourquoi CAGCAGCAG et pas CTGCTGCTG ?

est-ce totalement arbitraire, un brin ayant été choisi au hasard pour le premier individu observé, ou bien y a-t-il une raison de ce choix?

[Flyingbike]

ah oui, dans le cas du non-codant, il n'y a pas de raison de parler de l'un plus que de l'autre. Ca doit être arbitraire.

[invite986312212]

merci. Cette fois toute la lumière a été faite!!