Bonsoir,
Lors ce que j'ai fais migrer mes protéines sur un gel dénaturant SDS Page, j'observe une différence entre le poids moléculaire apparent et le poids moléculaire théorique que j'ai calculé. A quoi cela peut être du?
Merci d'avance pour vos réponses.
Bonsoir,
Les raisons peuvent être multiples:
- modifications structurelles (glycosylations...)
- erreurs de manip (dénaturation partielle, dégradation de la protéine...)
- estimation imprécise due au marqueur de poids
La migration n'est la que pour donner une idée du PM.
Cordialement
Des conditions opératoires?
Doit t-on forcément avoir les mêmes valeurs en théorie et en pratique?
Pouviez-vous nous donner des valeurs sur ce que vous trouvez, peut être que c'est assez proche pour négliger d'une erreur de manipulation ou quoique ce soit.
Après je ne connais pas votre protocole mais peut être qu'il y a eu des modifications post traductionelle?
Oui, il nous faut des précisions sur le mode opératoire, l'oubli de béta-mercaptoethanol (ou de DTT) dans le bleu de migration peut poser problème.
Re bonsoir,
Merci pour vos réponses, j'arrive pas très bien a caractériser cette différence.
Après il y a environ 2kda de difference entre le PM théorique et le PM apparent pour ma proteine.
Pour le protocole, il n'y a pas eu d'oubli, j'ai bien mis du béta-mercaptoéthanol dans le bleu de migration.
C'est une protéine exprimée sous forme de proteine de fusion dans une bactérie, E.Coli, qu'on a cherché à purifié et à verifier la qualité de la purification par gel SDS Page. Donc est ce qu'on peut parler de modifications post- transcriptionnelles telle que la glycosylation?
modifications post - traductionnelles * désolée
Les glycosylations chez E. coli sont relativement rares, donc je miserai pas là dessus.
Une fois de plus je ne suis pas convaincu que l'électrophorèse donne un PM précis donc cette différence est à prendre avec prudence. D'autant que 2kD sur un gel, c'est pas énorme.
2 Kda... c'est vraiment fin comme différence, est-ce vraiment significatif? ^^ De plus, est-ce une valeur statistique sur 3 essais (par exemple) ou est-ce seulement le résultat d'une seule expérience?
Il y a quand meme des pourcentage d'erreur à prendre en considération aussi ^^
Vous calculer le poids moléculaire via un logiciel ou est-ce fait à la main?
Oui c'est ce que je pensais, qu'il n'y a normalement pas de modifications post - traductionnelles chez la bactérie.
C'est une seule expérience, et le calcul a été fait par strider et à la main et même la il y a de legères différences entre les résultats de 2 a 5KDa environs.
Je pense que c'est du aux erreurs de manip cette légères différences, je ne vois pas autre chose de possible!
Merci pour vos reponses qui me font réfléchir en tt cas!
Ce n'est pas tant une erreur de manip mais plutôt une imprécision induite par la technique
