Le sybr Green et l'ADN

[invite853321bf]

Bonjour,
Voilà, j'ai appris il y a déjà quelque temps que le Sybr Green s'intercale dans l'ADN tous les... 20-25 paires de bases. Je voulais vérifier que mon cerveau arrivait encore à ne pas modifier mes souvenirs ou même qu'on avait pas fait de nouvelles découvertes là dessus, mais impossible de trouver une publi ou même une page sur le web parlant de cela. J'ai appris grâce à cette petite envie pas mal de choses sur les relations entre ce fluorophore et l'ADN (Zipper et al, Nucleic Acids Research 2004, vol 32;12 je vous le conseille; très intéressant) mais rien sur cette info.

Quelqu'un aurait il des indications à me fournir.
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[inviteae6c05c4]

Bonsoir,

Cette contribution ne te sera sans doute pas d'une grande utilité, mais sait-on jamais... Quelques ref trouvées dans les fiches techniques, au cas où tu les aurais manqué :

1. Biophys J 66, A159 (1994);
2. Biomed Products 19, 68 (1994);
3. Proc Natl Acad Sci USA 94, 12419 (1997);
4. J Virol Methods 55, 153 (1995);
5. FASEB J 10, A1128, abstract #751 (1996);
6. Methods Cell Sci 17, 1 (1995);
7. Biotechniques 23, 1029 (1997);
8. Nucleic Acids Res 25, 2945 (1997);
9. Methods Enzymol 217, 414 (1993);
10. Clin Chem 43, 267 (1997);
11. Biotechniques 22, 1107 (1997);
12. Mutat Res 439, 37 (1999).

Et je n'ai pas trouvé d'info sur la fréquence d'insertion dans les deux ou trois fiches techniques que j'ai regardé.

[Edelweiss68]

Bonsoir,

Pour l'intercalant de type SYBR®Green I, il s’intègre au niveau du petit sillon de l’ADN, en moyenne toutes les six à sept paires de bases.

[invite853321bf]

Merci Edelweiss68, tu me confirmes que ma cervelle se transforme en gruyère
Aurais tu une réf quelconque là dessus ?
Merci aussi fabien.che, je vais lire toutes tes fiches techniques

[A voir en vidéo sur Futura]

[Edelweiss68]

Merci Edelweiss68, tu me confirmes que ma cervelle se transforme en gruyère
Aurais tu une réf quelconque là dessus ?

Arf j'ai essayé de retrouver où j'avais récupéré l'info mais je n'ai rien de très fructueux. Cela dit, je l'ai mis dans ma thèse qui a été soutenue, acceptée et relue ! Je pense que ça devait venir en direct de mon maître de thèse ou d'un bouquin...

C'est pas grand chose et je ne sais pas ce que ça vaut mais c'est le seul truc que j'ai trouvé :

"En effet, le Sybr ne s'insère pas d'une manière optimum au sein de l'ADN (aux alentours de toutes les 10 bases), ce qui permet de laisser passer des informations comme les mutations ponctuelles ou les petites séquences différentes."

http://pcr-et-compagnie.over-blog.co...-20523973.html

[invite853321bf]

C'est vraiment marrant la recherche, je voulais mettre une ligne dans un diaporama et comme d'habitude, je suis en train de remettre en cause toutes mes connaissances
Le principe de fixation, relation ou interaction entre l'ADN et le Sybr Green n'a pas l'air aussi bien connu que je le pensais.
Merci en tout cas pour votre aide.

[Edelweiss68]

je suis en train de remettre en cause toutes mes connaissances

C'est ça qui est bien ! Mais parfois j'aimerais bien que le bouton "mise à jour automatique de mon cerveau" existe ...

Le principe de fixation, relation ou interaction entre l'ADN et le Sybr Green n'a pas l'air aussi bien connu que je le pensais.
Merci en tout cas pour votre aide.

De rien et bon courage.

[inviteab9fd4ae]

Bonjour,
J'aimerais prolonger sur cette discussion notamment sur la référence citée par Kamor dans le premier post.
Quelqu'un a t il lu cet article? Les auteurs déterminent (entre autres) la concentration du SybrGreen commercial, le coeff d'extinction molaire, la structure, la mobilité electrophoretique, l'intensité de fluo en présence de DNA. Il s'agit d'un papier de 2004, le SyberGreen est utilisé depuis les années 1990.
Il est évident que plus un produit de laboratoire est connu et son usage maitrisé, plus il sera utilisé de manière optimal. Mais je suis surpris de constater dans, dans ce papier, les auteurs ont utilisé des techniques tels que la RMN, la mass spec, la chromato pour déterminer un grand nombre de paramètres quant au SybrGreen. Mais n'est ce pas le travail du fabriquant???? Surtout vu le prix du SybrGreen? En fait je suis surpris de trouver tout cela dans un article publié dans une revue à comité de lecture....
Quel est votre avis sur cette réflexion ?

[Edelweiss68]

Il s'agit d'un papier de 2004, le SyberGreen est utilisé depuis les années 1990.

Euh fin des années 1998 plutôt, nan ?

Mais n'est ce pas le travail du fabriquant???? Surtout vu le prix du SybrGreen?

Sûrement que ces paramètres n'étaient pas jugés extrêmement importants au point d'empêcher la commercialisation de la molécule. Surtout sachant que l'alternative comme agent intercalant, le bromure d'éthidium était (est) très toxique.

[invite7825c20b]

Salut

Mo j'avais ça comme référence pour les intercalants de type cyanine

Lee,L.G., Chen,C.H. and Chiu,L.A. (1986) Thiazole orange: a
new dye for reticulocyte analysis. Cytometry, 7, 508–517.

Rye,H.S., Quesada,M.A., Peck,K., Mathies,R.A. and Glazer,A.N.
(1991) High-sensitivity two-color detection of double-stranded
DNA with a confocal fluorescence gel scanner using ethidium
homodimer and thiazole orange. Nucleic Acids Res., 19, 327–333

[invite853321bf]

Euh ben oui moi je l'ai lu quand même.
Effectivement c'est très intéressant mais ça ne me choque pas. La plupart des fabricants sous traitent maintenant ce type d'étude aux labos publics : ça leur coute moins cher et le résultat parait moins... suspect, sujet à controverse.
Quand au temps entre son utilisation et la parution... Déjà je pense que tout leur travail ne s'est pas réalisé en 6 mois, donc ils ont du commencer peut être 3-4 ans avant la parution.
Et puis, je dirais qu'on étudie toujours les bactéries des fromages alors que ça fait 2 000 ans qu'on en fabrique. Molecular Probes a sorti une molécule qui fluoresce dans l'ADN, d'autres se sont dit "tiens ça serait intéressant dans une PCR". Même le pourquoi de la fluorescence parait peu claire, du moins d'après certaines sources que j'ai lue mais bon elles avaient 4 à 5 ans, c'est peut être mieux connu maitenant.