sequençage de novo MS/MS

[invite8fe8b1a2]

Bonsoir,

j'ai une question concernant la spectrometrie de masse pour l'identification des protéines. Lorsqu'on on a un spectre de masse d'un fragment d'une protéine (peptide) on peut de temps en temps le comparer avec une base de données pour trouver la protéine correspondante, mais de plus en plus on effectue un sequençade de novo. C'est ce concept que je n'ai pas bien compris.

Cela veut dire, que on effectue à nouveau une MS d'un fragment et après on le compare avec des MS/MS virtuelle qu'on aurait fait sur la base de donnée dans le but cette fois-ci de déterminer la protéine que l'on a?
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[Edelweiss68]

Bonjour,

Cela signifie que la plupart du temps les protéines recherchées ne sont pas enregistrées dans des bases de données et qu'il est donc nécessaire de déterminer leur séquence.

La détermination de la séquence en acides aminés de protéines par spectrométrie de masse correspond au séquençage de novo.
Exemple : séparation par chromatographie liquide haute performance suivie d'une détection par MS/MS.