Répondre à la discussion
Affichage des résultats 1 à 8 sur 8

Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome



  1. #1
    gladounouss17

    Unhappy Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome


    ------

    Bonjour à tous,

    Voilà mon problème, je cherche à mettre au point une methode de quantification de bactérie par PCR quantitative.
    Or pour cela je dois tout d'abord déterminer des amorces spécifiques de mes souches, le problème est que les génomes de mes bactéries n'ont jamais été séquencés à ce jour et il n'est pas prévu car trop cher.
    Je cherche donc une technique qui pourrait mener à l'obtention d'amorces souches spécifiques.
    Pouvez vous m'aidez svp ?

    -----

  2. Publicité
  3. #2
    Zdravo

    Re : Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome

    tu cibles quoi ?
    Si tu cibles un gène très bien conservé chez d'autres souches bactériennes, tu peux "designer" tes amorces sur un consensus (à partir des leur séquences).


  4. #3
    gladounouss17

    Re : Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome

    En fait je travaille sur deux souches de bactéries très proches (mm espece)
    donc il faut que j'obtienne des amorces spécifiques vraiment de chacune d'elle
    pour à la fin par qPCR arriver à les identifier dans un mélange contenant plein d'autres souches bacteriennes.
    je fais en ce moment de la biblio sur les techniques d'amorces aleatoires type RAPD et la methode SSH...si quelqu'un connait ?! et peut m'en dire davantage sur le sujet ...
    En tout cas merci pour ta réponse je vais étudier cela
    Bonne journée

  5. #4
    wishangel

    Re : Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome

    Je sais pas si c'est courant de faire ça mais peut être amplification et séquençage du 16S et utilisation de sondes spécifiques pour la qPCR?

  6. #5
    Zdravo

    Re : Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome

    Donc peut importe le gène que tu cibles du moment que ce soit spécifique à l'espèce ?

    Essais de regarder du côté des banques d'EST si tu ne trouves pas ton bonheur car même si les génomes entiers ne sont pas là, j'imagine que du côté des EST ça doit être assez rempli ?

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    gladounouss17

    Re : Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome

    Citation Envoyé par wishangel Voir le message
    Je sais pas si c'est courant de faire ça mais peut être amplification et séquençage du 16S et utilisation de sondes spécifiques pour la qPCR?

    J'y ai déjà songé, mais d'après ce que je lis à droite à gauche j'ai peur que ce ne soit pas assez discrimant pour differencier 2 especes bacteriennes proches...mais je n'ai pas vraiment l'experience, je n'ai jamais fait ça !
    Merci en tout cas de ton aide !

  9. Publicité
  10. #7
    gladounouss17

    Re : Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome

    Citation Envoyé par Zdravo Voir le message
    Donc peut importe le gène que tu cibles du moment que ce soit spécifique à l'espèce ?

    Essais de regarder du côté des banques d'EST si tu ne trouves pas ton bonheur car même si les génomes entiers ne sont pas là, j'imagine que du côté des EST ça doit être assez rempli ?
    Oui tout à fait, peu importe le gène ciblé du moment qu'il est spécifique de l'espece.

    Je ne connais pas les banques d'EST mais je vais tout de suite commencer mes recherches sur le sujet !

    Merci beaucoup de ton aide

  11. #8
    kamor

    Re : Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome

    Tu récupères des séquences d'un même gène de ton espèce d'intérêt ainsi que d'autres que tu ne veux pas quantifier, tu les alignes avec un logiciel d'alignement, et tu "t'amuses" à trouver des endroits ou la séquence est différente. Après il te faut avoir de la chance et que des amorces puissent être créées dans cette zone.

Sur le même thème :

Discussions similaires

  1. Comment faire pour obtenir un organe avec la cellule souche?
    Par Gabriel Bolduc dans le forum Biologie
    Réponses: 9
    Dernier message: 25/01/2007, 00h27
  2. Comment faire pour obtenir un organe avec la cellule souche?
    Par Gabriel Bolduc dans le forum Biologie
    Réponses: 1
    Dernier message: 08/01/2007, 21h16
  3. Le génome du peuplier séquencé
    Par Dr_T dans le forum Biologie
    Réponses: 5
    Dernier message: 15/09/2006, 21h02
  4. Séquencé son propre Génome
    Par pluton74 dans le forum Biologie
    Réponses: 2
    Dernier message: 01/02/2006, 06h35
  5. génome non entièrement séquencé
    Par merman dans le forum Biologie
    Réponses: 2
    Dernier message: 08/04/2005, 12h57