Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome
Bonjour à tous,
Voilà mon problème, je cherche à mettre au point une methode de quantification de bactérie par PCR quantitative.
Or pour cela je dois tout d'abord déterminer des amorces spécifiques de mes souches, le problème est que les génomes de mes bactéries n'ont jamais été séquencés à ce jour et il n'est pas prévu car trop cher.
Je cherche donc une technique qui pourrait mener à l'obtention d'amorces souches spécifiques.
Pouvez vous m'aidez svp ?
tu cibles quoi ?
Si tu cibles un gène très bien conservé chez d'autres souches bactériennes, tu peux "designer" tes amorces sur un consensus (à partir des leur séquences).
En fait je travaille sur deux souches de bactéries très proches (mm espece)
donc il faut que j'obtienne des amorces spécifiques vraiment de chacune d'elle
pour à la fin par qPCR arriver à les identifier dans un mélange contenant plein d'autres souches bacteriennes.
je fais en ce moment de la biblio sur les techniques d'amorces aleatoires type RAPD et la methode SSH...si quelqu'un connait ?! et peut m'en dire davantage sur le sujet ...
En tout cas merci pour ta réponse je vais étudier cela
Bonne journée
Je sais pas si c'est courant de faire ça mais peut être amplification et séquençage du 16S et utilisation de sondes spécifiques pour la qPCR?
Donc peut importe le gène que tu cibles du moment que ce soit spécifique à l'espèce ?
Essais de regarder du côté des banques d'EST si tu ne trouves pas ton bonheur car même si les génomes entiers ne sont pas là, j'imagine que du côté des EST ça doit être assez rempli ?
Envoyé par wishangel
J'y ai déjà songé, mais d'après ce que je lis à droite à gauche j'ai peur que ce ne soit pas assez discrimant pour differencier 2 especes bacteriennes proches...mais je n'ai pas vraiment l'experience, je n'ai jamais fait ça !
Merci en tout cas de ton aide !
Oui tout à fait, peu importe le gène ciblé du moment qu'il est spécifique de l'espece.
Je ne connais pas les banques d'EST mais je vais tout de suite commencer mes recherches sur le sujet !
Merci beaucoup de ton aide
Tu récupères des séquences d'un même gène de ton espèce d'intérêt ainsi que d'autres que tu ne veux pas quantifier, tu les alignes avec un logiciel d'alignement, et tu "t'amuses" à trouver des endroits ou la séquence est différente. Après il te faut avoir de la chance et que des amorces puissent être créées dans cette zone.
