Protein database

[invite240ac937]

Bonjour à tous !

Cela fait plusieurs fois que je me retrouve face à la même question, et celle-ci demeure sans réponse.
Il me faut généralement écumer un grand nombre d'articles ayant traité du sujet avant de trouver la réponse qui me convient.
Je suppose pourtant que cela doit exister.

Cette fois-ci, c'est en cherchant la séquence d'acides aminés du TNF-alpha que je me la suis posé :
Mais où donc pourrais-je trouver une base de données qui contienne (entre-autres) ce genre d'informations ?

Une base de données qui renseigne par exemple sur :
- la séquence d'acides aminés
- la masse moléculaire
- le pH isoélectrique
- la fonction biologique
... etc
... et ceci pour un grand nombre (sinon les plus courants) de peptides et protéines.

D'avance merci de divulguer vos bonnes adresses
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[piwi]

Ensembl!
Par exemple pour TNF alpha: http://www.ensembl.org/Mus_musculus/...UST00000025263

Le site donne toutes vos infos sauf pour la fonction.

Cordialement,
piwi

[invite02e16773]

Uniprot, qui recense à la fois les prédictions protéiques à partir des séquences génomiques d'ensembl (trEMBL), et les séquences / structures protéiques élucidées expérimentalement (RMN, cristallo).

http://www.uniprot.org/uniprot/?quer...man&sort=score
http://www.uniprot.org/uniprot/P01375
Là y'a une petite étoile jaune, ce qui veut dire que la protéine a été cristallographiée et/ou décrite par RMN.

Pour la fonction, tu peux chercher dans gene ontology ou regarder les publis (articles ou reviews) associées.

[invite240ac937]

Magnifique !

La fonction m'est ici connues. Je voulais juste anticiper sur de futures inconnues.

Un grand merci à tous les deux pour ces réponses que je considère comme un cadeau de Noël

[A voir en vidéo sur Futura]