Bonjour,
Pourriez vous me corriger mon exercice svp?je ne suis pas sur pour la probabilité
Une enzyme contient à l’état natif 5 ponts disulfure : (cys4-cys110), (cys14-cys80), (cys20-
cys42), (cys30-cys92), (cys56-cys146).
1. La protéine est dénaturée par l’urée 8 mol. L.-1 en présence de β-mercaptoéthanol. Décrire
le mode d’action de ces deux réactifs.
2. Dans trois expériences parallèles A, B et C, la protéine dénaturée ci-dessus est :
A : soumise à une dialyse prolongée permettant d’éliminer totalement et simultanément
l’urée et le β-mercaptoéthanol.
B : soumise à une première dialyse prolongée en présence d’urée 8 mol. L. -1
permettant d’éliminer d’abord le β-mercaptoéthanol, puis à une seconde dialyse prolongée en
l’absence d’urée.
C : le protéine obtenue dans l’expérience B est à nouveau soumise à l’action du β-
mercaptoéthanol, puis dialysée pour éliminer ce réactif.
Dans les trois cas de figure, l’activité enzymatique de la protéine traitée est mesurée et
comparée à celle de la protéine native :
Protéine native Expérience A Expérience B Expérience C
Activité en % 100 95 0,1 87
a) Commenter ces résultats.
b) Calculer la probabilité de reformer les 5 ponts disulfures natifs au cours de l’expérience B,
en admettant que le réappariement des cystéines en présence d’urée est aléatoire, et que la
formation d’un pont n’a aucune influence sur la formation des suivants. Cette probabilité
justifie-t-elle le résultat de l’expérience B ?
Mon travail :
1)
L'urée et le 2 mercapto sont des agents dénaturant chimique.L'urée est utilisé à forte concentration (8 mol.L-1),son action permet de détruire la structure spatiale des protéines.L'urée détourne les liaisons hydrogènes à son profit.La chaine polypeptidique est intacte mais n'est plus structuré : la protéine est dénaturé (phénomene reversible)
Le 2 mercapto agit au niveau des ponts disulfures.Il clive les liaisons disulfures ce qui perturbe la structure tertiaire et quaternaire des protéines.Il y a réduction des cysteines par le 2 mercapto.
2) a)
A: la protéine est soumise à une dialyse permettant d'éliminer totalement et simultanément l'Urée et le 2 mercapto.La protéine de référence est active à 100% et celle qui subit l'expérience A est active à 95%.La quasi totale activité de la protéine est due à la renaturation spontané de la protéine.
B :la proteine est active à 0,1% car on a ré-oxydé la protéine ce qui a permis aux ponts disulfures de se reformer mais l'urée 8M est toujours présente alors la chaine polypeptidique sera déroulée d'où la perte de sa structure quaternaire et de son activation.Après avec dialyse de l'urée,on dit que la protéine est brouillée
C : la protéine est active à 87 %.En effet si l'on ajoute du 2 mercapto à la protéine brouillée,elle peut devenir presque totalement active.Cette expérience catalysera des réactions de réarrangement des ponts disulfures.La protéine doit être soumise au 2 mercapto pendant une longue période (10h)
b)
La renaturation de la proteine nécessite que ses 5 ponts disulfures se reforment.La probabilité pour qu'un des 10 résidus Cys de la proteine reforme un pont disulfure au hasard avec son vrai partenaire parmi les 9 autres résidus Cys est de 1/9
Celle d'un des 8 résidus restant de se reformer au hasard son pont disulfure est de 1/7...
D'où :
1/9 x 1/7 x 1/5 x 1/3 x 1/1 = 1/945 = 0,001%
Voila
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