Souris transgéniques - nomenclature

[lemonsky]

Bonjour, j'ai un article à lire et je ne sais pas quel type de souris ont été utilisées.

Quelqu'un peut-il me renseigner sur ce que veut dire fl dans ce type de souris Stim1 fl/fl. Que veut dire souris Stim1 fl/fl Stim 2 fl/fl Cd4-Cre ?
Quelle est la différence entre souris rag, rag1 et rag2 ?

En général, comment on peut savoir quel type de souris ont été utilisées en lisant le nom ? Existe-t-il un guide des souris transgéniques ?

Merci aux personnes qui se pencheront sur mon problème du moment !
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[Flyingbike]

fl fl fait référence au sites "LoxP" utilisés dans le système cre lox (google de donnera des infos la dessus)

xyz fl/fl signifie que le locus xyz contient des sites LoxP

abc-Cre signifie qu'il y a un transgène permettant l'expression de la recombinase Cre sous le contrôle du promoteur abc (voir système cre-lox également)

Je t'invite a te renseigner sur le systeme cre lox et a revenir pour d'autres questions

[Guillaume69]

Salut,

Sur le site du jax (the jackson laboratory), il y a toute une partie détaillée sur la nomenclature officielle des lignées de souris. Mais c'est un peu compliqué (et n'a pas vraiment d'intérêt, souvent il est plus rapide de lire la description d'une lignée que d'essayer de décripter la nomenclature brute).

Les gènes rag permettent la recombinaison VDJ au niveau du locus codant pour les anticorps/TCR/BCR. Une souris rag (plus précisément une souris rag knockout) ne dispose pas d'un des gènes rag (c'est volontairement imprécis). Une rag1 possède rag2, une rag2 possède rag1.

L'imprécision vient du fait qu'à la fois rag1 et rag2 ne disposent pas de lymphocytes ... du moins à l'époque où ces souris ont été générées. Depuis, pas mal de populations de lympho ont été mieux caractérisées, voire découvertes, notamment pour les T : Th17, T-reg, LTic, DETC, ... et l'homéostasie et/ou le développement de toutes ces sous-pop n'ont pas forcément été étudiées chez les deux mutants.

Concernant le système cre-lox, je pense que wikipédia l'explique bien. Mais en gros, ta souris Cd4-Cre exprime la cre sous le controle du promoteur CD4, et tes autres lignées ont des gènes floxés (d'où le fl/fl).
Donc, si tu croise une Cd4-cre avec une Stim1fl/fl, le gène stim1 va être rendu non-fonctionnel dans les cellules exprimant Cd4 : c'est ce qu'on appelle une inactivation conditionnelle (ou knock-out conditionnelle).

Par contre, elle est non-inductible : les cellules cd4+ n'auront pas stim1 à n'importe quel moment, et pas lorsque tu le décides. Pour cela, il faut disposer d'une Cre inductible (Mer-Cre-Mer, Cre-ERT2), active uniquement lorsqu'on injecte à la souris le ligand de la cre-inductible.

Enfin, deux derniers systèmes très utilisés avec les lignées cre : les croiser avec des lignées rapportrices, ou DTA.
Dans le cas des rapportrices, un transgène ubiquitaire (souvent avec le locus Rosa26 dont le promoteur est ubiquitaire) dispose d'un gène rapporteur (YFP, tomato, bgal) avec un stop floxé
Ainsi, si tu croises ta cd4-cre avec une telle lignée, les cellules cd4+ (qui exprime la cre) vont recombiner au locus Rosa pour exciser le codon stop et exprimer le rapporteur => tu peux donc marquer les cellules cd4+ et leur descendance.
Dans le cas des DTA : il s'agit d'une toxine avec un stop floxé. Donc si tu croises les cd4-cre avec cette lignée, les cd4+ vont exprimer la cre, recombiner et exciser le stop => la DTA s'exprime => toutes les cd4+ meurent.

Si tu combine ça avec une cre inductible, tu peux décider du moment où tu marques ta population d'intérêt ou du moment où tu tues ta population d'intérêt.

[lemonsky]

Merci beaucoup à Guillaume69 ! Tu expliques très bien.

[A voir en vidéo sur Futura]