Besoin d'un protocole pour étudier l'implication des miRNA dans une pathologie

[invitef133ba11]

Bonjour à tous,


Je dois pondre un protocole qui me permettrait d'étudier l'implication de miRNA sur le développement d'une pathologie. Le problème c'est que je n'ai jamais bossé sur les miRNA, je connais bien la théorie maintenant pour ce qui est de la pratique... En lisant un peu dans la littérature, j'ai déjà imaginé le début comme réaliser une extraction ARN sur les cellules de patients sain et malades dans le but d'évaluer l'expression de gènes impliqués dans la pathologie (surexprimés/sous-exprimés entre les conditions). Une fois ceci fait, j'envisageais de retenir quelques gènes d'intérêts et puis de consulter dans les banque de miRNA pour voir si, sur base de la séquence 3'UTR disponible du gène d'intérêt, il n'y aurait pas d'éventuels miRNA candidats sur base de leur complémentarité. Pour le reste, je cogite encore mais c'est pas facile... Y-a-t-il une personne bienveillante qui a déjà travaillé sur le sujet et qui saurait m'aiguiller sur les manips qu'il faudrait envisager pour ce genre d'étude???

Merci!
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[invite14397db8]

Déjà ne cibler que les 3' UTR est une mauvaise idée puisque les miRNAs peuvent cibler n'importe quelle région d'un ARNm. En plus, tu raisonnes à l'envers je trouve. A ta place je chercherais à savoir si des miRNAs sont différemment exprimés entre la condition "sain" et la condition "malade"...

J'utiliserais du miRNA microArray ensuite Northern Blot pour validation. Une fois que tu as trouvé des miRNAs exprimés différemment tu peux chercher des gènes cibles potentiels et vérifier si leur niveau d'expression varie bien.

Puis il ne reste "plus que" à vérifier si les miRNAs sont bien la cause du changement d'expression :S

[invitef133ba11]

Merci de ta réponse ,


Mais comparer les niveaux d'expression des miRNA entre les conditions à l'aide du microarray ne peut se faire que si tu connais, dès le départ, les miRNA avec lesquels tu comptes travailler. Ici je pars d'une situation ou je ne connais rien des miRNA exprimés entre les deux conditions.

[invite14397db8]

Je sais pas si tu es au courant mais le génome humain est séquencé :S

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitef133ba11]

Lol Oui je suis bien au courant mais je n'ai jamais dit non plus que j'allais bosser sur l'humain mais sur un modèle soit ovin ou guinea pig.

[invite14397db8]

Commence déjà par vérifier si tu as des données type "deep sequencing" sur les bestioles en questions. Tu peux aussi regarder sur le site web "mirbase"